More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_B5671 on replicon NC_007348
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_3798  helix-turn-helix, Fis-type  58.93 
 
 
558 aa  660    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.852136  hitchhiker  0.00299193 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5671  helix-turn-helix, Fis-type  100 
 
 
564 aa  1138    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4640  putative sigma54 specific transcriptional regulator  86.32 
 
 
564 aa  994    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277441  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3117  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  60.14 
 
 
555 aa  655    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124819  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3564  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  86.32 
 
 
564 aa  994    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.592238  normal  0.192769 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2797  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  75.81 
 
 
560 aa  852    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.284817  normal  0.341611 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3364  putative sigma54 specific transcriptional regulator  58.27 
 
 
585 aa  610  1e-173  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2972  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  55.86 
 
 
562 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  57.76 
 
 
566 aa  575  1.0000000000000001e-163  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2114  Fis family transcriptional regulator  52.69 
 
 
573 aa  572  1.0000000000000001e-162  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2116  Fis family transcriptional regulator  51.26 
 
 
579 aa  567  1e-160  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2855  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  51.45 
 
 
582 aa  560  1e-158  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2099  Fis family transcriptional regulator  51.45 
 
 
574 aa  554  1e-156  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2286  phenol-degradation regulator  54.55 
 
 
550 aa  550  1e-155  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1698  helix-turn-helix, Fis-type  51.52 
 
 
540 aa  543  1e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1788  sigma-54 factor, interaction region  51.91 
 
 
542 aa  539  9.999999999999999e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.337598  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1542  Fis family transcriptional regulator  49.02 
 
 
586 aa  533  1e-150  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.332914  normal  0.115616 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30810  sigma54-dependent activator protein  52.46 
 
 
564 aa  510  1e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3312  putative sigma54 specific transcriptional regulator  46.93 
 
 
562 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1305  sigma-54 factor, interaction region  46.71 
 
 
614 aa  502  1e-141  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.506042  normal  0.0778502 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08880  sigma54-dependent activator protein, XylR/DmpR family  49.37 
 
 
564 aa  500  1e-140  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.493647  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3204  Fis family transcriptional regulator  46.63 
 
 
570 aa  498  1e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.832965  normal  0.0333314 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5673  helix-turn-helix, Fis-type  47.76 
 
 
592 aa  488  1e-136  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450699  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4638  putative sigma54 specific transcriptional regulator  47.06 
 
 
592 aa  485  1e-136  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.335351  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3310  Fis family transcriptional regulator  47.64 
 
 
587 aa  487  1e-136  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3562  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.06 
 
 
592 aa  485  1e-136  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.705523 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3476  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.63 
 
 
540 aa  481  1e-134  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0505  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.26 
 
 
587 aa  477  1e-133  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3898  Fis family transcriptional regulator  45.16 
 
 
590 aa  475  1e-133  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2951  sigma-54 dependent transcriptional regulator  46.44 
 
 
561 aa  473  1e-132  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.201799  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05195  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  46.76 
 
 
623 aa  468  9.999999999999999e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000454847  normal  0.120965 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2735  helix-turn-helix, Fis-type  45.65 
 
 
587 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.366185 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0127  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.66 
 
 
604 aa  457  1e-127  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1494  Fis family transcriptional regulator  44.92 
 
 
574 aa  449  1e-125  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3262  Fis family transcriptional regulator  44.4 
 
 
581 aa  451  1e-125  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0731246  hitchhiker  0.00134549 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1002  phenol-degradation regulator  45.7 
 
 
570 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0962  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  41.64 
 
 
623 aa  432  1e-120  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6646  xylR-like aromatic hydrocarbon degradgation transcriptional regulatory protein  43.6 
 
 
587 aa  419  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3839  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40 
 
 
546 aa  375  1e-102  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.719613  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3095  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.08 
 
 
575 aa  338  9.999999999999999e-92  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.458911 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0299  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.6 
 
 
547 aa  337  2.9999999999999997e-91  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00444177  hitchhiker  0.000000221219 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3191  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.72 
 
 
553 aa  337  3.9999999999999995e-91  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0890  putative sigma54 specific transcriptional regulator  38.27 
 
 
543 aa  333  4e-90  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0917  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.28 
 
 
568 aa  326  5e-88  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0888  putative sigma54 specific transcriptional regulator  37.21 
 
 
543 aa  316  7e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2730  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.46 
 
 
535 aa  310  5e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.928628  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0365  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.16 
 
 
554 aa  303  6.000000000000001e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0352  putative sigma54 specific transcriptional regulator  35.8 
 
 
554 aa  302  1e-80  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0349  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.84 
 
 
541 aa  301  3e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.497351  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0337  putative sigma54 specific transcriptional regulator  36.84 
 
 
541 aa  300  4e-80  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0944  putative sigma54 specific transcriptional regulator  39.1 
 
 
545 aa  292  1e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.84 
 
 
442 aa  290  4e-77  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  48.07 
 
 
466 aa  289  7e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47100  sigma54-dependent activator protein  46.99 
 
 
517 aa  288  1e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.536607  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.91 
 
 
552 aa  286  5.999999999999999e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.61 
 
 
454 aa  284  3.0000000000000004e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.76 
 
 
448 aa  281  2e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0823  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.04 
 
 
456 aa  281  2e-74  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.449732 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.15 
 
 
451 aa  280  6e-74  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.87 
 
 
472 aa  279  1e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.27 
 
 
502 aa  278  2e-73  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0097  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.46 
 
 
448 aa  278  2e-73  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2688  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.54 
 
 
597 aa  278  3e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0879  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.03 
 
 
489 aa  277  4e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.318917 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6499  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.89 
 
 
458 aa  277  4e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6734  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.89 
 
 
458 aa  277  4e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.321079  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6322  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.89 
 
 
458 aa  276  5e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.385665 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4854  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.17 
 
 
541 aa  277  5e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.246176  normal  0.0147757 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33440  sigma54-dependent activator protein  45.63 
 
 
493 aa  276  6e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0508  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  31.48 
 
 
547 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0789  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.44 
 
 
448 aa  275  2.0000000000000002e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0187  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.97 
 
 
457 aa  274  3e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.79 
 
 
544 aa  274  4.0000000000000004e-72  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  51.75 
 
 
650 aa  273  5.000000000000001e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1146  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.92 
 
 
522 aa  273  7e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  46.13 
 
 
461 aa  272  1e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.97 
 
 
473 aa  272  1e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1886  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.02 
 
 
461 aa  271  2e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0344  two component Fis family transcriptional regulator  48.21 
 
 
452 aa  271  2e-71  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0882822  normal  0.355114 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2149  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.85 
 
 
477 aa  271  2e-71  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5338  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.39 
 
 
462 aa  271  2e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.83 
 
 
515 aa  271  2e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.09 
 
 
470 aa  271  2.9999999999999997e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  44.1 
 
 
549 aa  271  2.9999999999999997e-71  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1847  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.63 
 
 
459 aa  271  2.9999999999999997e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.122843  normal  0.436579 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2369  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  46.13 
 
 
461 aa  270  4e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0790211  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  44.41 
 
 
542 aa  270  4e-71  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.95 
 
 
473 aa  270  5e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1992  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.52 
 
 
460 aa  270  5e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.95 
 
 
473 aa  270  5e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0621  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.13 
 
 
472 aa  270  5.9999999999999995e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  45.82 
 
 
461 aa  270  7e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.82 
 
 
461 aa  270  7e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  45.82 
 
 
461 aa  270  7e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  45.82 
 
 
461 aa  270  7e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1919  Fis family transcriptional regulator  42.9 
 
 
545 aa  270  7e-71  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1010  NifA subfamily transcriptional regulator  42.18 
 
 
510 aa  269  8.999999999999999e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.502201  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3217  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  45.2 
 
 
501 aa  269  1e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1624  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.82 
 
 
561 aa  269  1e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.714408  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1017  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.58 
 
 
445 aa  269  1e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.246569  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>