More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_2116 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007517  Gmet_1542  Fis family transcriptional regulator  62.03 
 
 
586 aa  697    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.332914  normal  0.115616 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2099  Fis family transcriptional regulator  71.98 
 
 
574 aa  865    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2114  Fis family transcriptional regulator  74.43 
 
 
573 aa  889    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2116  Fis family transcriptional regulator  100 
 
 
579 aa  1194    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2855  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  66.55 
 
 
582 aa  788    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3117  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  55.21 
 
 
555 aa  623  1e-177  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124819  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3798  helix-turn-helix, Fis-type  54.58 
 
 
558 aa  618  1e-176  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.852136  hitchhiker  0.00299193 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4640  putative sigma54 specific transcriptional regulator  52.91 
 
 
564 aa  587  1e-166  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277441  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3564  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  52.91 
 
 
564 aa  587  1e-166  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.592238  normal  0.192769 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2797  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.9 
 
 
560 aa  580  1e-164  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.284817  normal  0.341611 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5671  helix-turn-helix, Fis-type  51.26 
 
 
564 aa  567  1e-160  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2286  phenol-degradation regulator  53.21 
 
 
550 aa  567  1e-160  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1788  sigma-54 factor, interaction region  50.73 
 
 
542 aa  559  1e-158  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.337598  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1698  helix-turn-helix, Fis-type  50.09 
 
 
540 aa  553  1e-156  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30810  sigma54-dependent activator protein  51.62 
 
 
564 aa  553  1e-156  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1305  sigma-54 factor, interaction region  49.05 
 
 
614 aa  545  1e-154  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.506042  normal  0.0778502 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2972  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.9 
 
 
562 aa  543  1e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3364  putative sigma54 specific transcriptional regulator  49.91 
 
 
585 aa  543  1e-153  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3310  Fis family transcriptional regulator  47.95 
 
 
587 aa  533  1e-150  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4638  putative sigma54 specific transcriptional regulator  46.66 
 
 
592 aa  528  1e-148  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.335351  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3204  Fis family transcriptional regulator  48.17 
 
 
570 aa  526  1e-148  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.832965  normal  0.0333314 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3562  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.66 
 
 
592 aa  528  1e-148  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.705523 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.73 
 
 
566 aa  526  1e-148  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3312  putative sigma54 specific transcriptional regulator  49.91 
 
 
562 aa  525  1e-147  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08880  sigma54-dependent activator protein, XylR/DmpR family  49.26 
 
 
564 aa  523  1e-147  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.493647  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5673  helix-turn-helix, Fis-type  47.64 
 
 
592 aa  515  1.0000000000000001e-145  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450699  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3476  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.71 
 
 
540 aa  502  1e-141  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05195  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  46.55 
 
 
623 aa  498  1e-139  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000454847  normal  0.120965 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3898  Fis family transcriptional regulator  45.59 
 
 
590 aa  496  1e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0505  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.75 
 
 
587 aa  492  9.999999999999999e-139  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0127  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.63 
 
 
604 aa  487  1e-136  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2951  sigma-54 dependent transcriptional regulator  43.47 
 
 
561 aa  472  1e-132  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.201799  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1494  Fis family transcriptional regulator  44.98 
 
 
574 aa  473  1e-132  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1002  phenol-degradation regulator  45.67 
 
 
570 aa  470  1.0000000000000001e-131  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2735  helix-turn-helix, Fis-type  43.04 
 
 
587 aa  465  1e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.366185 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0962  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  42.35 
 
 
623 aa  456  1e-127  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6646  xylR-like aromatic hydrocarbon degradgation transcriptional regulatory protein  45.16 
 
 
587 aa  451  1e-125  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3262  Fis family transcriptional regulator  42.73 
 
 
581 aa  447  1.0000000000000001e-124  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0731246  hitchhiker  0.00134549 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3839  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.24 
 
 
546 aa  429  1e-119  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.719613  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2730  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.88 
 
 
535 aa  350  5e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.928628  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3095  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.63 
 
 
575 aa  348  2e-94  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.458911 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0917  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.42 
 
 
568 aa  346  8e-94  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0299  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.61 
 
 
547 aa  344  2e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00444177  hitchhiker  0.000000221219 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3191  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.1 
 
 
553 aa  340  5.9999999999999996e-92  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0888  putative sigma54 specific transcriptional regulator  36.43 
 
 
543 aa  335  1e-90  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0890  putative sigma54 specific transcriptional regulator  41.13 
 
 
543 aa  332  2e-89  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0365  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.75 
 
 
554 aa  316  9e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0352  putative sigma54 specific transcriptional regulator  33.27 
 
 
554 aa  315  1.9999999999999998e-84  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.46 
 
 
470 aa  311  2.9999999999999997e-83  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.16 
 
 
552 aa  305  2.0000000000000002e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.51 
 
 
473 aa  301  2e-80  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.51 
 
 
473 aa  301  2e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0508  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  33.16 
 
 
547 aa  301  2e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.26 
 
 
473 aa  300  6e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0944  putative sigma54 specific transcriptional regulator  35.23 
 
 
545 aa  297  4e-79  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0337  putative sigma54 specific transcriptional regulator  35.4 
 
 
541 aa  294  3e-78  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0349  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.4 
 
 
541 aa  294  4e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.497351  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2606  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50.83 
 
 
501 aa  291  2e-77  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.955687 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  45.12 
 
 
549 aa  289  1e-76  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.22 
 
 
454 aa  288  2e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2362  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.8 
 
 
479 aa  287  4e-76  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  54.21 
 
 
664 aa  287  4e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0508  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.94 
 
 
495 aa  286  9e-76  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2869  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  53.48 
 
 
648 aa  283  5.000000000000001e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990966 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.11 
 
 
463 aa  283  6.000000000000001e-75  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.81 
 
 
458 aa  281  2e-74  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.09 
 
 
451 aa  281  2e-74  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.33 
 
 
544 aa  281  3e-74  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0823  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.71 
 
 
456 aa  280  4e-74  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.449732 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  43.23 
 
 
539 aa  280  6e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1405  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.65 
 
 
478 aa  280  6e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000117702 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.7 
 
 
483 aa  280  7e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.32 
 
 
472 aa  280  7e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2629  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.7 
 
 
483 aa  279  1e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.14604  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  44.44 
 
 
537 aa  279  1e-73  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.7 
 
 
485 aa  279  1e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.75 
 
 
544 aa  278  2e-73  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1920  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.88 
 
 
543 aa  278  3e-73  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0127788  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1003  nitrogen regulation protein NR(I)  43.3 
 
 
481 aa  277  4e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.158383  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.2 
 
 
502 aa  277  4e-73  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  54.1 
 
 
473 aa  277  4e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0168  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.91 
 
 
462 aa  277  5e-73  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.59199 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1954  transcriptional regulator FleQ  45.16 
 
 
491 aa  276  6e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.145885  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2786  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.32 
 
 
480 aa  276  7e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.543097  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1624  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.38 
 
 
561 aa  276  7e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.714408  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.7 
 
 
693 aa  276  8e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2724  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.75 
 
 
723 aa  276  9e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00255153  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47100  sigma54-dependent activator protein  42.45 
 
 
517 aa  275  1.0000000000000001e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.536607  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1919  Fis family transcriptional regulator  43.58 
 
 
545 aa  276  1.0000000000000001e-72  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3555  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.43 
 
 
489 aa  275  1.0000000000000001e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.369206  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3104  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.78 
 
 
448 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  54.81 
 
 
635 aa  276  1.0000000000000001e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3623  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.43 
 
 
489 aa  275  1.0000000000000001e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.568637  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0621  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.21 
 
 
472 aa  275  1.0000000000000001e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1152  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.56 
 
 
488 aa  275  2.0000000000000002e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0888361  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.16 
 
 
448 aa  275  2.0000000000000002e-72  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2805  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.09 
 
 
478 aa  275  2.0000000000000002e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.228775  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3461  helix-turn-helix, Fis-type  44.87 
 
 
491 aa  274  3e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.476212  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1798  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.33 
 
 
466 aa  274  3e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.634231  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0916  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.3 
 
 
480 aa  274  4.0000000000000004e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>