More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A0962 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008825  Mpe_A0962  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  100 
 
 
623 aa  1277    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05195  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  55.11 
 
 
623 aa  625  1e-178  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000454847  normal  0.120965 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0505  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.48 
 
 
587 aa  609  1e-173  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0127  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.51 
 
 
604 aa  603  1.0000000000000001e-171  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2951  sigma-54 dependent transcriptional regulator  51.04 
 
 
561 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.201799  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2735  helix-turn-helix, Fis-type  49.24 
 
 
587 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.366185 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3310  Fis family transcriptional regulator  47.89 
 
 
587 aa  534  1e-150  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4638  putative sigma54 specific transcriptional regulator  46.76 
 
 
592 aa  518  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.335351  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3562  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.76 
 
 
592 aa  518  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.705523 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6646  xylR-like aromatic hydrocarbon degradgation transcriptional regulatory protein  47.92 
 
 
587 aa  509  1e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5673  helix-turn-helix, Fis-type  45.24 
 
 
592 aa  508  9.999999999999999e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450699  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1305  sigma-54 factor, interaction region  42.64 
 
 
614 aa  496  1e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.506042  normal  0.0778502 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1494  Fis family transcriptional regulator  43.01 
 
 
574 aa  459  9.999999999999999e-129  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3476  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.19 
 
 
540 aa  457  1e-127  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2116  Fis family transcriptional regulator  42.35 
 
 
579 aa  456  1e-127  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3798  helix-turn-helix, Fis-type  41.26 
 
 
558 aa  450  1e-125  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.852136  hitchhiker  0.00299193 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3117  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.11 
 
 
555 aa  449  1e-125  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124819  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3564  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.73 
 
 
564 aa  442  1e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.592238  normal  0.192769 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4640  putative sigma54 specific transcriptional regulator  42.73 
 
 
564 aa  442  1e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277441  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2114  Fis family transcriptional regulator  40.6 
 
 
573 aa  442  9.999999999999999e-123  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1002  phenol-degradation regulator  44.37 
 
 
570 aa  437  1e-121  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2286  phenol-degradation regulator  42.88 
 
 
550 aa  437  1e-121  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3898  Fis family transcriptional regulator  41.11 
 
 
590 aa  434  1e-120  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5671  helix-turn-helix, Fis-type  41.64 
 
 
564 aa  432  1e-119  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3262  Fis family transcriptional regulator  42.39 
 
 
581 aa  431  1e-119  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0731246  hitchhiker  0.00134549 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2797  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.01 
 
 
560 aa  431  1e-119  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.284817  normal  0.341611 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2099  Fis family transcriptional regulator  40.62 
 
 
574 aa  426  1e-118  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1698  helix-turn-helix, Fis-type  39.72 
 
 
540 aa  419  1e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2855  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.48 
 
 
582 aa  416  9.999999999999999e-116  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3312  putative sigma54 specific transcriptional regulator  39.41 
 
 
562 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1788  sigma-54 factor, interaction region  39.12 
 
 
542 aa  411  1e-113  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.337598  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1542  Fis family transcriptional regulator  38.88 
 
 
586 aa  403  1e-111  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.332914  normal  0.115616 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3839  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.72 
 
 
546 aa  404  1e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.719613  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08880  sigma54-dependent activator protein, XylR/DmpR family  39.56 
 
 
564 aa  397  1e-109  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.493647  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3364  putative sigma54 specific transcriptional regulator  41.74 
 
 
585 aa  398  1e-109  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.58 
 
 
566 aa  396  1e-109  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30810  sigma54-dependent activator protein  41.31 
 
 
564 aa  398  1e-109  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3204  Fis family transcriptional regulator  36.7 
 
 
570 aa  392  1e-107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.832965  normal  0.0333314 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2972  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.1 
 
 
562 aa  388  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0365  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.8 
 
 
554 aa  320  3.9999999999999996e-86  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0352  putative sigma54 specific transcriptional regulator  34.58 
 
 
554 aa  316  8e-85  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3095  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.52 
 
 
575 aa  304  4.0000000000000003e-81  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.458911 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0299  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.21 
 
 
547 aa  303  6.000000000000001e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00444177  hitchhiker  0.000000221219 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3191  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.43 
 
 
553 aa  303  6.000000000000001e-81  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0917  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.32 
 
 
568 aa  296  1e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.88 
 
 
552 aa  294  4e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2730  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.42 
 
 
535 aa  287  4e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.928628  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.65 
 
 
473 aa  282  1e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.06 
 
 
454 aa  280  7e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0890  putative sigma54 specific transcriptional regulator  37.47 
 
 
543 aa  278  2e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.15 
 
 
473 aa  278  2e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.15 
 
 
473 aa  278  2e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.55 
 
 
470 aa  278  3e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0888  putative sigma54 specific transcriptional regulator  36.17 
 
 
543 aa  273  1e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1312  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50 
 
 
455 aa  270  4e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.502008  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.91 
 
 
442 aa  270  7e-71  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0337  putative sigma54 specific transcriptional regulator  38.27 
 
 
541 aa  269  1e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0944  putative sigma54 specific transcriptional regulator  35.27 
 
 
545 aa  268  2e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3076  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.9 
 
 
454 aa  267  4e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0349  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.05 
 
 
541 aa  267  5e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.497351  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  43.18 
 
 
466 aa  266  5.999999999999999e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0958  Fis family transcriptional regulator  42.64 
 
 
486 aa  265  1e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.19 
 
 
502 aa  265  1e-69  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1027  Fis family transcriptional regulator  42.64 
 
 
486 aa  266  1e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.73 
 
 
472 aa  265  1e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5338  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.19 
 
 
462 aa  266  1e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3332  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  42.64 
 
 
486 aa  265  2e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1060  Fis family transcriptional regulator  42.64 
 
 
486 aa  265  3e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1926  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.92 
 
 
575 aa  264  3e-69  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0594  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.44 
 
 
529 aa  264  3e-69  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00846378  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2245  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.27 
 
 
460 aa  265  3e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2453  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.86 
 
 
461 aa  264  4e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000196128  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.53 
 
 
448 aa  263  6e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0339  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.67 
 
 
459 aa  263  6.999999999999999e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360791  unclonable  4.1095600000000004e-23 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0887  Fis family transcriptional regulator  41.74 
 
 
488 aa  263  6.999999999999999e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2924  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.59 
 
 
470 aa  263  8.999999999999999e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.777319  hitchhiker  0.0000000000564278 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3660  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  41.54 
 
 
488 aa  262  1e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3135  Fis family transcriptional regulator  41.74 
 
 
488 aa  262  1e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3227  Fis family transcriptional regulator  41.74 
 
 
488 aa  263  1e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.539563  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  40.34 
 
 
549 aa  262  2e-68  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0823  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.28 
 
 
456 aa  261  2e-68  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.449732 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0789  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.69 
 
 
448 aa  260  4e-68  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4737  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.64 
 
 
515 aa  260  5.0000000000000005e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0920124  hitchhiker  0.000878873 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  41.4 
 
 
455 aa  260  6e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06720  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.6 
 
 
581 aa  259  8e-68  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.28 
 
 
458 aa  259  9e-68  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2381  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.54 
 
 
505 aa  259  9e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1320  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  42.94 
 
 
460 aa  259  1e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0359  sensory box protein/sigma-54 dependent transcriptional regulator  54.15 
 
 
458 aa  258  2e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0379318  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.52 
 
 
515 aa  259  2e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1013  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50.85 
 
 
456 aa  258  2e-67  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0616674 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0769  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.22 
 
 
453 aa  258  3e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165448  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4396  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.37 
 
 
469 aa  258  3e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4373  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.37 
 
 
469 aa  258  3e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.37 
 
 
469 aa  256  6e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0260  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.06 
 
 
687 aa  256  6e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3740  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.47 
 
 
454 aa  256  7e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0840186  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1567  sigma-54 factor, interaction region  42.01 
 
 
381 aa  256  7e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0116194  hitchhiker  0.0000311693 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1366  sigma-54 factor, interaction region  39.66 
 
 
469 aa  256  7e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.49 
 
 
463 aa  256  9e-67  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>