More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_2099 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_2855  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  65.07 
 
 
582 aa  787    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1542  Fis family transcriptional regulator  60.85 
 
 
586 aa  706    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.332914  normal  0.115616 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2099  Fis family transcriptional regulator  100 
 
 
574 aa  1183    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2114  Fis family transcriptional regulator  71.81 
 
 
573 aa  847    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2116  Fis family transcriptional regulator  71.98 
 
 
579 aa  865    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3798  helix-turn-helix, Fis-type  54.95 
 
 
558 aa  612  9.999999999999999e-175  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.852136  hitchhiker  0.00299193 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3117  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  52.01 
 
 
555 aa  589  1e-167  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124819  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3564  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  52.63 
 
 
564 aa  579  1e-164  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.592238  normal  0.192769 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4640  putative sigma54 specific transcriptional regulator  52.63 
 
 
564 aa  579  1e-164  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277441  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2797  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.65 
 
 
560 aa  580  1e-164  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.284817  normal  0.341611 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2286  phenol-degradation regulator  54.4 
 
 
550 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5671  helix-turn-helix, Fis-type  51.45 
 
 
564 aa  554  1e-156  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1788  sigma-54 factor, interaction region  50.84 
 
 
542 aa  554  1e-156  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.337598  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2972  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.3 
 
 
562 aa  545  1e-154  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1698  helix-turn-helix, Fis-type  49.18 
 
 
540 aa  539  9.999999999999999e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30810  sigma54-dependent activator protein  51.44 
 
 
564 aa  531  1e-149  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3364  putative sigma54 specific transcriptional regulator  51.18 
 
 
585 aa  527  1e-148  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3310  Fis family transcriptional regulator  47.06 
 
 
587 aa  521  1e-147  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08880  sigma54-dependent activator protein, XylR/DmpR family  49.72 
 
 
564 aa  516  1.0000000000000001e-145  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.493647  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1305  sigma-54 factor, interaction region  48.35 
 
 
614 aa  515  1.0000000000000001e-145  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.506042  normal  0.0778502 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3204  Fis family transcriptional regulator  48.08 
 
 
570 aa  514  1e-144  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.832965  normal  0.0333314 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.47 
 
 
566 aa  512  1e-144  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3476  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.71 
 
 
540 aa  512  1e-144  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3312  putative sigma54 specific transcriptional regulator  47.42 
 
 
562 aa  508  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4638  putative sigma54 specific transcriptional regulator  45.59 
 
 
592 aa  502  1e-141  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.335351  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3562  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.59 
 
 
592 aa  502  1e-141  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.705523 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5673  helix-turn-helix, Fis-type  45.99 
 
 
592 aa  497  1e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450699  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05195  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  47.25 
 
 
623 aa  494  9.999999999999999e-139  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000454847  normal  0.120965 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3898  Fis family transcriptional regulator  45.32 
 
 
590 aa  491  1e-137  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2735  helix-turn-helix, Fis-type  45.2 
 
 
587 aa  474  1e-132  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.366185 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0505  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.51 
 
 
587 aa  472  1.0000000000000001e-131  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1002  phenol-degradation regulator  45.21 
 
 
570 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0127  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.34 
 
 
604 aa  465  9.999999999999999e-131  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2951  sigma-54 dependent transcriptional regulator  45.5 
 
 
561 aa  465  1e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.201799  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3262  Fis family transcriptional regulator  44.46 
 
 
581 aa  460  9.999999999999999e-129  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0731246  hitchhiker  0.00134549 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1494  Fis family transcriptional regulator  43.17 
 
 
574 aa  458  1e-127  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6646  xylR-like aromatic hydrocarbon degradgation transcriptional regulatory protein  43.99 
 
 
587 aa  436  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0962  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  40.62 
 
 
623 aa  426  1e-118  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3839  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.38 
 
 
546 aa  415  1e-114  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.719613  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2730  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.52 
 
 
535 aa  347  2e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.928628  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3095  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.38 
 
 
575 aa  343  4e-93  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.458911 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0888  putative sigma54 specific transcriptional regulator  37.93 
 
 
543 aa  340  5e-92  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0299  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.4 
 
 
547 aa  333  4e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00444177  hitchhiker  0.000000221219 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3191  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.72 
 
 
553 aa  333  5e-90  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0917  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.16 
 
 
568 aa  332  8e-90  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0890  putative sigma54 specific transcriptional regulator  40.43 
 
 
543 aa  325  1e-87  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0365  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.76 
 
 
554 aa  305  2.0000000000000002e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.01 
 
 
470 aa  304  3.0000000000000004e-81  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0944  putative sigma54 specific transcriptional regulator  38.71 
 
 
545 aa  301  2e-80  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0352  putative sigma54 specific transcriptional regulator  34.4 
 
 
554 aa  301  2e-80  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.26 
 
 
473 aa  300  6e-80  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.26 
 
 
473 aa  300  6e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0337  putative sigma54 specific transcriptional regulator  37.73 
 
 
541 aa  297  3e-79  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.69 
 
 
473 aa  296  5e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0349  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.73 
 
 
541 aa  296  8e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.497351  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  46.81 
 
 
549 aa  291  2e-77  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.97 
 
 
552 aa  291  2e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0508  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  33.57 
 
 
547 aa  288  1e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1405  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.89 
 
 
478 aa  287  4e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000117702 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2606  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.32 
 
 
501 aa  285  1.0000000000000001e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.955687 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47100  sigma54-dependent activator protein  44.38 
 
 
517 aa  283  6.000000000000001e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.536607  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.55 
 
 
544 aa  283  7.000000000000001e-75  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1920  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.04 
 
 
543 aa  283  8.000000000000001e-75  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0127788  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2805  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.13 
 
 
478 aa  282  1e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.228775  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.05 
 
 
454 aa  282  1e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  44.82 
 
 
542 aa  281  2e-74  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.41 
 
 
693 aa  281  3e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.19 
 
 
463 aa  281  3e-74  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1919  Fis family transcriptional regulator  45.76 
 
 
545 aa  280  7e-74  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.68 
 
 
544 aa  279  8e-74  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  43.49 
 
 
539 aa  279  8e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0769  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.01 
 
 
453 aa  279  9e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165448  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0823  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.98 
 
 
456 aa  278  2e-73  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.449732 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  44.74 
 
 
537 aa  278  2e-73  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.79 
 
 
451 aa  278  3e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0916  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.79 
 
 
480 aa  276  5e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  43.39 
 
 
533 aa  277  5e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1624  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.13 
 
 
561 aa  276  6e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.714408  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  53.03 
 
 
473 aa  276  7e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  51.52 
 
 
664 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33440  sigma54-dependent activator protein  43.23 
 
 
493 aa  275  1.0000000000000001e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1032  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.82 
 
 
461 aa  275  2.0000000000000002e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0508  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.49 
 
 
495 aa  274  4.0000000000000004e-72  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1657  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.85 
 
 
456 aa  273  6e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0365007  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4383  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.37 
 
 
483 aa  272  1e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.246116  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.01 
 
 
448 aa  272  1e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.05 
 
 
472 aa  272  1e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2869  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  50.76 
 
 
648 aa  271  2e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990966 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.98 
 
 
480 aa  271  2.9999999999999997e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.9 
 
 
483 aa  271  2.9999999999999997e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4406  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.07 
 
 
483 aa  270  4e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.378923  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  53.53 
 
 
635 aa  270  4e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2145  two component signal transduction response regulator  42.78 
 
 
492 aa  270  4e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2629  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.9 
 
 
483 aa  270  4e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.14604  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0637  response regulator receiver domain-containing protein  53.88 
 
 
384 aa  270  5e-71  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00837548  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.9 
 
 
485 aa  270  5e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2057  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.37 
 
 
448 aa  270  5.9999999999999995e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51000  Nif-specific sigma54-dependent transcriptional activator protein, NifA  41.25 
 
 
522 aa  270  5.9999999999999995e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.519777  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.12 
 
 
502 aa  270  7e-71  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0437  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.09 
 
 
490 aa  270  7e-71  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>