More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A1002 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008825  Mpe_A1002  phenol-degradation regulator  100 
 
 
570 aa  1156    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4638  putative sigma54 specific transcriptional regulator  49.38 
 
 
592 aa  531  1e-149  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.335351  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3562  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.38 
 
 
592 aa  531  1e-149  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.705523 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5673  helix-turn-helix, Fis-type  49.1 
 
 
592 aa  518  1.0000000000000001e-145  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450699  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3117  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.29 
 
 
555 aa  502  1e-141  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124819  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3310  Fis family transcriptional regulator  48.55 
 
 
587 aa  498  1e-139  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2735  helix-turn-helix, Fis-type  47.67 
 
 
587 aa  496  1e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.366185 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3798  helix-turn-helix, Fis-type  45.93 
 
 
558 aa  485  1e-136  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.852136  hitchhiker  0.00299193 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1305  sigma-54 factor, interaction region  45.66 
 
 
614 aa  488  1e-136  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.506042  normal  0.0778502 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2951  sigma-54 dependent transcriptional regulator  48.21 
 
 
561 aa  482  1e-135  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.201799  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0127  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.76 
 
 
604 aa  484  1e-135  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2116  Fis family transcriptional regulator  45.67 
 
 
579 aa  481  1e-134  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2099  Fis family transcriptional regulator  45.21 
 
 
574 aa  476  1e-133  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3476  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49 
 
 
540 aa  478  1e-133  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3898  Fis family transcriptional regulator  42.93 
 
 
590 aa  473  1e-132  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05195  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  46.69 
 
 
623 aa  471  1.0000000000000001e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000454847  normal  0.120965 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4640  putative sigma54 specific transcriptional regulator  47.22 
 
 
564 aa  463  1e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277441  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2797  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.58 
 
 
560 aa  463  1e-129  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.284817  normal  0.341611 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2114  Fis family transcriptional regulator  45.54 
 
 
573 aa  464  1e-129  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3564  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.22 
 
 
564 aa  463  1e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.592238  normal  0.192769 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6646  xylR-like aromatic hydrocarbon degradgation transcriptional regulatory protein  47.47 
 
 
587 aa  460  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2855  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.14 
 
 
582 aa  459  9.999999999999999e-129  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1542  Fis family transcriptional regulator  44.29 
 
 
586 aa  454  1.0000000000000001e-126  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.332914  normal  0.115616 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5671  helix-turn-helix, Fis-type  45.7 
 
 
564 aa  449  1e-125  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0505  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.09 
 
 
587 aa  451  1e-125  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0962  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  44.37 
 
 
623 aa  451  1e-125  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2972  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.41 
 
 
562 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3262  Fis family transcriptional regulator  44.97 
 
 
581 aa  436  1e-121  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0731246  hitchhiker  0.00134549 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1494  Fis family transcriptional regulator  45.08 
 
 
574 aa  438  1e-121  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3204  Fis family transcriptional regulator  43.24 
 
 
570 aa  436  1e-121  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.832965  normal  0.0333314 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2286  phenol-degradation regulator  45.87 
 
 
550 aa  437  1e-121  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1788  sigma-54 factor, interaction region  43.45 
 
 
542 aa  434  1e-120  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.337598  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1698  helix-turn-helix, Fis-type  42.55 
 
 
540 aa  429  1e-119  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30810  sigma54-dependent activator protein  46.65 
 
 
564 aa  429  1e-119  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3364  putative sigma54 specific transcriptional regulator  44.37 
 
 
585 aa  431  1e-119  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3312  putative sigma54 specific transcriptional regulator  44.13 
 
 
562 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.62 
 
 
566 aa  414  1e-114  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08880  sigma54-dependent activator protein, XylR/DmpR family  41.93 
 
 
564 aa  406  1.0000000000000001e-112  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.493647  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3839  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.32 
 
 
546 aa  380  1e-104  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.719613  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0888  putative sigma54 specific transcriptional regulator  41.28 
 
 
543 aa  325  1e-87  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2730  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.57 
 
 
535 aa  321  1.9999999999999998e-86  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.928628  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0917  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.51 
 
 
568 aa  321  3e-86  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3095  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.06 
 
 
575 aa  318  1e-85  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.458911 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3191  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.35 
 
 
553 aa  318  2e-85  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0890  putative sigma54 specific transcriptional regulator  41.04 
 
 
543 aa  317  4e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0299  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.69 
 
 
547 aa  313  6.999999999999999e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00444177  hitchhiker  0.000000221219 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.57 
 
 
473 aa  298  3e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.57 
 
 
473 aa  298  3e-79  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.46 
 
 
470 aa  297  4e-79  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.57 
 
 
473 aa  295  1e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0365  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.7 
 
 
554 aa  293  8e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.85 
 
 
515 aa  291  2e-77  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0352  putative sigma54 specific transcriptional regulator  37.3 
 
 
554 aa  291  2e-77  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0508  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  36.34 
 
 
547 aa  290  4e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.97 
 
 
472 aa  289  8e-77  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0349  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.26 
 
 
541 aa  288  1e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.497351  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0337  putative sigma54 specific transcriptional regulator  40.04 
 
 
541 aa  288  2e-76  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0944  putative sigma54 specific transcriptional regulator  38.33 
 
 
545 aa  286  7e-76  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.54 
 
 
502 aa  279  1e-73  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.65 
 
 
544 aa  278  2e-73  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1685  two component Fis family transcriptional regulator  47.09 
 
 
457 aa  278  2e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00529377  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.68 
 
 
552 aa  278  2e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0823  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.22 
 
 
456 aa  278  2e-73  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.449732 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0339  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.15 
 
 
459 aa  278  3e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360791  unclonable  4.1095600000000004e-23 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  45.97 
 
 
542 aa  277  4e-73  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1919  Fis family transcriptional regulator  45.07 
 
 
545 aa  275  1.0000000000000001e-72  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4024  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.48 
 
 
467 aa  275  2.0000000000000002e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.42797e-16 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.51 
 
 
544 aa  275  2.0000000000000002e-72  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3940  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45 
 
 
467 aa  274  3e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000637809  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  43.24 
 
 
549 aa  274  3e-72  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.74 
 
 
875 aa  274  3e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1713  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.5 
 
 
748 aa  274  3e-72  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000552259  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2667  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  41.21 
 
 
668 aa  273  5.000000000000001e-72  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  57.45 
 
 
488 aa  273  5.000000000000001e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3263  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.59 
 
 
464 aa  273  7e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000257125 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2353  phosphocarrier HPr/sensory box protein/sigma-54 dependent transcriptional regulator  40.94 
 
 
668 aa  272  1e-71  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  44.26 
 
 
537 aa  271  2e-71  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.94 
 
 
454 aa  271  2e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.2 
 
 
442 aa  271  2e-71  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.76 
 
 
451 aa  271  2.9999999999999997e-71  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0853  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  56.54 
 
 
502 aa  270  4e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2924  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.69 
 
 
470 aa  270  5e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.777319  hitchhiker  0.0000000000564278 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1802  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.69 
 
 
459 aa  269  8.999999999999999e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0135454  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1960  response regulator transcription factor  44.28 
 
 
471 aa  269  1e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0887  Fis family transcriptional regulator  56.36 
 
 
488 aa  269  1e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3135  Fis family transcriptional regulator  56.36 
 
 
488 aa  269  1e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3227  Fis family transcriptional regulator  56.36 
 
 
488 aa  269  1e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.539563  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0274  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  53.63 
 
 
474 aa  268  2e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1366  sigma-54 factor, interaction region  43.63 
 
 
469 aa  268  2e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1920  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.01 
 
 
543 aa  268  2e-70  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0127788  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2223  NifA subfamily transcriptional regulator  56.52 
 
 
556 aa  267  2.9999999999999995e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0251727  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1324  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.08 
 
 
350 aa  267  4e-70  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.02567 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0790  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.41 
 
 
466 aa  267  4e-70  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1739  Sigma 54 interacting domain protein  45.95 
 
 
479 aa  267  4e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3082  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  56.03 
 
 
482 aa  267  5e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3727  Fis family transcriptional regulator  56.54 
 
 
342 aa  267  5e-70  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2724  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  58.05 
 
 
723 aa  266  5.999999999999999e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00255153  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  55.17 
 
 
510 aa  266  5.999999999999999e-70  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0456  hypothetical protein  44.94 
 
 
586 aa  266  5.999999999999999e-70  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2312  sigma 54 dependent transcription regulator  44.76 
 
 
493 aa  266  5.999999999999999e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>