More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_2855 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_2855  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  100 
 
 
582 aa  1196    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1542  Fis family transcriptional regulator  59.57 
 
 
586 aa  676    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.332914  normal  0.115616 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2099  Fis family transcriptional regulator  65.07 
 
 
574 aa  787    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2114  Fis family transcriptional regulator  72.26 
 
 
573 aa  863    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2116  Fis family transcriptional regulator  66.55 
 
 
579 aa  788    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3798  helix-turn-helix, Fis-type  54.23 
 
 
558 aa  602  1.0000000000000001e-171  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.852136  hitchhiker  0.00299193 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3117  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  51.57 
 
 
555 aa  574  1.0000000000000001e-162  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124819  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3564  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  51.65 
 
 
564 aa  565  1e-160  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.592238  normal  0.192769 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4640  putative sigma54 specific transcriptional regulator  51.65 
 
 
564 aa  565  1e-160  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277441  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5671  helix-turn-helix, Fis-type  51.45 
 
 
564 aa  560  1e-158  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2797  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.27 
 
 
560 aa  559  1e-158  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.284817  normal  0.341611 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2286  phenol-degradation regulator  52.3 
 
 
550 aa  541  9.999999999999999e-153  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1698  helix-turn-helix, Fis-type  49.72 
 
 
540 aa  538  1e-151  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1788  sigma-54 factor, interaction region  49.08 
 
 
542 aa  534  1e-150  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.337598  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30810  sigma54-dependent activator protein  51.75 
 
 
564 aa  526  1e-148  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3364  putative sigma54 specific transcriptional regulator  48.81 
 
 
585 aa  520  1e-146  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2972  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.34 
 
 
562 aa  520  1e-146  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.54 
 
 
566 aa  512  1e-144  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3204  Fis family transcriptional regulator  48.06 
 
 
570 aa  508  9.999999999999999e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.832965  normal  0.0333314 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08880  sigma54-dependent activator protein, XylR/DmpR family  48.73 
 
 
564 aa  501  1e-140  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.493647  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3310  Fis family transcriptional regulator  44.77 
 
 
587 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3312  putative sigma54 specific transcriptional regulator  47.87 
 
 
562 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3476  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.59 
 
 
540 aa  487  1e-136  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4638  putative sigma54 specific transcriptional regulator  44.73 
 
 
592 aa  487  1e-136  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.335351  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3562  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.73 
 
 
592 aa  487  1e-136  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.705523 
 
 
-
 
NC_003296  RS05195  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  45.16 
 
 
623 aa  483  1e-135  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000454847  normal  0.120965 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5673  helix-turn-helix, Fis-type  45.57 
 
 
592 aa  482  1e-135  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450699  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0505  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.96 
 
 
587 aa  479  1e-134  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1305  sigma-54 factor, interaction region  44.29 
 
 
614 aa  474  1e-132  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.506042  normal  0.0778502 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3898  Fis family transcriptional regulator  44.67 
 
 
590 aa  464  1e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0127  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.94 
 
 
604 aa  460  9.999999999999999e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2951  sigma-54 dependent transcriptional regulator  43.35 
 
 
561 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.201799  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2735  helix-turn-helix, Fis-type  42.68 
 
 
587 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.366185 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1494  Fis family transcriptional regulator  42.75 
 
 
574 aa  450  1e-125  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1002  phenol-degradation regulator  45.14 
 
 
570 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3262  Fis family transcriptional regulator  43.85 
 
 
581 aa  435  1e-120  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0731246  hitchhiker  0.00134549 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6646  xylR-like aromatic hydrocarbon degradgation transcriptional regulatory protein  43.27 
 
 
587 aa  427  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0962  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  39.48 
 
 
623 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3839  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.29 
 
 
546 aa  412  1e-114  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.719613  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3191  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.93 
 
 
553 aa  339  9.999999999999999e-92  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0299  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.56 
 
 
547 aa  337  3.9999999999999995e-91  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00444177  hitchhiker  0.000000221219 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0917  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.48 
 
 
568 aa  335  2e-90  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2730  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.88 
 
 
535 aa  330  6e-89  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.928628  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0365  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.61 
 
 
554 aa  323  4e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0352  putative sigma54 specific transcriptional regulator  35.43 
 
 
554 aa  323  7e-87  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3095  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.41 
 
 
575 aa  322  9.999999999999999e-87  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.458911 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0888  putative sigma54 specific transcriptional regulator  37.92 
 
 
543 aa  322  1.9999999999999998e-86  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0890  putative sigma54 specific transcriptional regulator  36.84 
 
 
543 aa  320  3.9999999999999996e-86  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.77 
 
 
552 aa  307  4.0000000000000004e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0508  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  32.5 
 
 
547 aa  291  2e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0944  putative sigma54 specific transcriptional regulator  37.72 
 
 
545 aa  290  4e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.64 
 
 
473 aa  287  4e-76  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.64 
 
 
473 aa  287  4e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.64 
 
 
473 aa  286  7e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.59 
 
 
470 aa  286  7e-76  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.33 
 
 
544 aa  281  2e-74  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0337  putative sigma54 specific transcriptional regulator  36.27 
 
 
541 aa  280  6e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  45.05 
 
 
537 aa  278  2e-73  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0349  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.07 
 
 
541 aa  278  2e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.497351  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2606  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  53.9 
 
 
501 aa  278  3e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.955687 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  46.71 
 
 
549 aa  277  4e-73  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.03 
 
 
454 aa  276  5e-73  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.25 
 
 
463 aa  276  9e-73  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0970  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.23 
 
 
459 aa  275  2.0000000000000002e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000694494  normal  0.524712 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1624  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.48 
 
 
561 aa  274  3e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.714408  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0769  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.91 
 
 
453 aa  274  3e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165448  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.65 
 
 
544 aa  274  4.0000000000000004e-72  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1919  Fis family transcriptional regulator  42.82 
 
 
545 aa  273  6e-72  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  44 
 
 
542 aa  271  2e-71  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  42.98 
 
 
539 aa  271  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.31 
 
 
472 aa  270  4e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.77 
 
 
451 aa  270  4e-71  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.21 
 
 
515 aa  270  5e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2034  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.68 
 
 
449 aa  270  8e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0792682  normal  0.101595 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1920  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.23 
 
 
543 aa  269  8.999999999999999e-71  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0127788  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0508  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.89 
 
 
495 aa  269  8.999999999999999e-71  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47100  sigma54-dependent activator protein  42.43 
 
 
517 aa  268  2e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.536607  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0437  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.82 
 
 
490 aa  267  2.9999999999999995e-70  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1405  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.84 
 
 
478 aa  267  4e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000117702 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3104  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.73 
 
 
448 aa  266  8.999999999999999e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.92 
 
 
442 aa  266  8.999999999999999e-70  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0823  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.81 
 
 
456 aa  266  1e-69  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.449732 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2361  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.03 
 
 
450 aa  265  2e-69  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5424  sigma-54 dependent transcriptional regulator  47.24 
 
 
505 aa  264  3e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  43.43 
 
 
533 aa  264  3e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.94 
 
 
483 aa  264  3e-69  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.94 
 
 
448 aa  264  4e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2629  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.94 
 
 
483 aa  263  4.999999999999999e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.14604  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3727  Fis family transcriptional regulator  55.74 
 
 
342 aa  263  4.999999999999999e-69  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2812  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.85 
 
 
466 aa  263  4.999999999999999e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  53.56 
 
 
664 aa  263  6.999999999999999e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3263  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.48 
 
 
464 aa  263  8e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000257125 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.94 
 
 
485 aa  263  8e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2805  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.82 
 
 
478 aa  263  8e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.228775  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1003  nitrogen regulation protein NR(I)  41.85 
 
 
481 aa  262  1e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.158383  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.52 
 
 
480 aa  262  1e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  52.46 
 
 
473 aa  262  1e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49020  sigma54-dependent transcriptional activator for the iron only nitrogenase, AnfA  40.74 
 
 
537 aa  262  1e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4383  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.49 
 
 
483 aa  262  1e-68  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.246116  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.24 
 
 
502 aa  261  2e-68  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>