More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1844 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  100 
 
 		 456 aa  922    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3523  diguanylate cyclase  71.27 
 
 		 452 aa  629  1e-179  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3377  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.75 
 
 		 563 aa  264  3e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.528008  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3610  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  50 
 
 		 563 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.735593  normal  0.400148 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4286  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.13 
 
 		 563 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1857  chemotaxis sensory transducer  46.79 
 
 		 563 aa  241  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3378  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.48 
 
 		 563 aa  239  9e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.104618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4809  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  51.29 
 
 		 563 aa  233  8.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0772  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.21 
 
 		 561 aa  232  1e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4580  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.64 
 
 		 563 aa  231  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.174371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2902  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.64 
 
 		 563 aa  210  4e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.32606  normal  0.0943242 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  53.71 
 
 		 738 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  52.28 
 
 		 753 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0337  chemotaxis sensory transducer  41.73 
 
 		 563 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.760858  normal  0.789667 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0489  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.67 
 
 		 564 aa  197  3e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.301128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  55.23 
 
 		 735 aa  195  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0336  chemotaxis sensory transducer  38.87 
 
 		 563 aa  192  1e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  50.25 
 
 		 736 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  56.14 
 
 		 227 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2367  putative methyl-accepting chemotaxis receptor/sensory transducer precursor  43.73 
 
 		 562 aa  191  2.9999999999999997e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.287749 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5119  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.91 
 
 		 563 aa  178  2e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5120  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.77 
 
 		 563 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2368  putative methyl-accepting chemotaxis receptor/sensory transducer precursor  38.16 
 
 		 561 aa  175  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.280114 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  43.94 
 
 		 768 aa  174  3.9999999999999995e-42  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  48.21 
 
 		 340 aa  171  3e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  42.36 
 
 		 689 aa  162  9e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  49.41 
 
 		 669 aa  161  3e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1830  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.44 
 
 		 563 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  47.19 
 
 		 432 aa  160  4e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.08 
 
 		 1078 aa  160  5e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 659 aa  160  6e-38  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  38.21 
 
 		 487 aa  156  9e-37  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.39 
 
 		 610 aa  155  1e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.52 
 
 		 772 aa  154  2.9999999999999998e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  48.82 
 
 		 336 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.5 
 
 		 476 aa  153  5e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  45.55 
 
 		 432 aa  152  1e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50.64 
 
 		 424 aa  152  1e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  42.19 
 
 		 634 aa  151  3e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.72 
 
 		 901 aa  150  3e-35  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  47.53 
 
 		 366 aa  150  4e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  34.6 
 
 		 539 aa  149  7e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  47.5 
 
 		 451 aa  149  9e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  47.9 
 
 		 362 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0214  diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 362 aa  147  6e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2743  diguanylate cyclase  43.26 
 
 		 431 aa  146  9e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.241398  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1085  putative sensory box/GGDEF family protein  46.15 
 
 		 430 aa  145  1e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4153  putative sensory box/GGDEF family protein  44.31 
 
 		 430 aa  145  1e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.36181  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3873  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 430 aa  145  1e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1336  diguanylate cyclase  36.05 
 
 		 439 aa  145  1e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0220322  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  47.34 
 
 		 237 aa  145  1e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4064  putative sensory box/GGDEF family protein  44.91 
 
 		 431 aa  144  2e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3954  sensory box/GGDEF family protein  44.91 
 
 		 431 aa  144  2e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3800  sensory box/GGDEF family protein  44.91 
 
 		 431 aa  144  2e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0221299  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 778 aa  144  2e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4111  sensory box/GGDEF family protein, putative  44.91 
 
 		 430 aa  144  3e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3785  sensory box/GGDEF family protein  44.91 
 
 		 431 aa  144  3e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4175  putative sensory box/GGDEF family protein  44.91 
 
 		 430 aa  144  3e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00125122  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4263  sensory box/GGDEF family protein  44.91 
 
 		 430 aa  144  3e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 555 aa  144  3e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  44.58 
 
 		 418 aa  143  5e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.6 
 
 		 800 aa  143  7e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  42.53 
 
 		 531 aa  143  8e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  43.86 
 
 		 425 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  46.71 
 
 		 454 aa  142  9.999999999999999e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.6 
 
 		 796 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  36.36 
 
 		 722 aa  141  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 373 aa  141  1.9999999999999998e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.94 
 
 		 438 aa  141  1.9999999999999998e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2750  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 380 aa  141  3e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 460 aa  141  3e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  44.63 
 
 		 321 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 420 aa  140  4.999999999999999e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 578 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  45.57 
 
 		 492 aa  140  6e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  40.89 
 
 		 332 aa  140  6e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  43.21 
 
 		 620 aa  140  7e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.74 
 
 		 302 aa  139  1e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0803  diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 346 aa  139  1e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.21 
 
 		 419 aa  139  1e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0138  diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 355 aa  138  2e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.508736 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 775 aa  138  2e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 341 aa  138  2e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  41.4 
 
 		 428 aa  137  3.0000000000000003e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  46.83 
 
 		 502 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.28 
 
 		 796 aa  137  4e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  42.24 
 
 		 427 aa  137  5e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 714 aa  136  6.0000000000000005e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3838  diguanylate cyclase  36.94 
 
 		 452 aa  137  6.0000000000000005e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.210475  normal  0.0305933 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.43 
 
 		 646 aa  136  7.000000000000001e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 354 aa  136  7.000000000000001e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  44.44 
 
 		 319 aa  136  8e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 491 aa  136  8e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  44.83 
 
 		 1643 aa  136  8e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 351 aa  136  8e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  46.51 
 
 		 405 aa  136  9e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  45.09 
 
 		 407 aa  136  9e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3837  diguanylate cyclase  37.02 
 
 		 452 aa  136  9e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0314898  normal  0.0363493 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  43.1 
 
 		 578 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.37 
 
 		 353 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>