166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2691 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2691  transcriptional regulator, CdaR  100 
 
 		 365 aa  717    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3177  CdaR transcriptional regulator  90.68 
 
 		 389 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2539  transcriptional regulator, CdaR  90.96 
 
 		 365 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2673  transcriptional regulator, CdaR  89.59 
 
 		 365 aa  592  1e-168  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0615728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2909  CdaR family transcriptional regulator  76.29 
 
 		 374 aa  552  1e-156  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.437395 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43380  carbohydrate diacid transcriptional regulator  70.37 
 
 		 367 aa  485  1e-136  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251481  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3116  putative sugar diacid recognition  53.02 
 
 		 363 aa  349  6e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3281  carbohydrate diacid regulator, putative  53.72 
 
 		 363 aa  342  7e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.173442  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50790  hypothetical protein  50.7 
 
 		 370 aa  315  8e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.937212  hitchhiker  0.00694417 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4330  hypothetical protein  51.41 
 
 		 370 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.123543  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1437  CdaR family transcriptional regulator  51.69 
 
 		 371 aa  288  1e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3130  transcriptional regulator, CdaR  35.45 
 
 		 382 aa  226  6e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2528  transcriptional regulator, CdaR  35.96 
 
 		 387 aa  222  7e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2516  CdaR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 410 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.882452  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2584  CdaR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 410 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0253074 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2804  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  39.31 
 
 		 385 aa  219  7e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1043  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  39.21 
 
 		 385 aa  217  2e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3095  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  39.21 
 
 		 385 aa  215  8e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1182  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  38.9 
 
 		 385 aa  215  9.999999999999999e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0230  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  38.16 
 
 		 385 aa  215  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0231  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  38.16 
 
 		 385 aa  215  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.982671 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0247  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  38.16 
 
 		 385 aa  215  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0233  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  38.16 
 
 		 385 aa  215  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0249  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  38.16 
 
 		 385 aa  215  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0172  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  37.89 
 
 		 385 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2682  CdaR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 410 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.250773 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00161  DNA-binding transcriptional activator  37.89 
 
 		 385 aa  214  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00160  hypothetical protein  37.89 
 
 		 385 aa  214  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1473  transcriptional regulator, CdaR  34.24 
 
 		 413 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0166  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  37.89 
 
 		 385 aa  214  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0174  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  37.89 
 
 		 385 aa  213  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3440  transcriptional regulator, CdaR  37.63 
 
 		 385 aa  213  5.999999999999999e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3497  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  37.63 
 
 		 385 aa  213  5.999999999999999e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3621  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  36.68 
 
 		 384 aa  212  7.999999999999999e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.420208  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0167  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  37.97 
 
 		 376 aa  210  3e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2703  transcriptional regulator, CdaR  33.86 
 
 		 383 aa  210  3e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.601624  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2640  transcriptional regulator, CdaR  34.48 
 
 		 413 aa  209  4e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.513243  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2770  transcriptional regulator, CdaR  34.6 
 
 		 413 aa  208  1e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0333515  hitchhiker  0.000000603935 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0702  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  37.89 
 
 		 385 aa  208  1e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1518  transcriptional regulator, CdaR  34.48 
 
 		 385 aa  207  2e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1607  transcriptional regulator, CdaR  34.6 
 
 		 413 aa  207  3e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0115925 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1573  transcriptional regulator, CdaR  34.34 
 
 		 413 aa  205  1e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06864  transcriptional regulator  35.48 
 
 		 376 aa  205  1e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1774  putative sugar diacid utilization regulator  33.59 
 
 		 407 aa  200  3e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000884  sugar diacid utilization regulator SdaR  31.65 
 
 		 380 aa  199  7.999999999999999e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0150  transcriptional regulator, CdaR  39.9 
 
 		 384 aa  193  3e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.252544  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2728  transcriptional regulator, CdaR  32.89 
 
 		 393 aa  179  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2639  transcriptional regulator, CdaR  32.89 
 
 		 387 aa  179  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2687  transcriptional regulator, CdaR  32.89 
 
 		 387 aa  179  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2860  transcriptional regulator CdaR  32.62 
 
 		 387 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1382  transcriptional regulator, CdaR  36.98 
 
 		 400 aa  176  5e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0332  hypothetical protein  32.02 
 
 		 379 aa  170  3e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2592  carbohydrate diacid regulator (sugar diacid regulator)  29.84 
 
 		 381 aa  170  4e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1140  transcriptional regulator, CdaR  33.6 
 
 		 377 aa  167  2.9999999999999998e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000252697 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4050  putative carbohydrate diacid regulator  29.92 
 
 		 375 aa  162  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0113  transcriptional regulator, CdaR  29.46 
 
 		 375 aa  160  4e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1521  CdaR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 372 aa  158  1e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000148841  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4083  putative carbohydrate diacid regulator  28.84 
 
 		 375 aa  156  6e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.329455 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0265  putative carbohydrate diacid regulator  33.42 
 
 		 483 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.18471  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1640  putative transcriptional regulator  33.42 
 
 		 488 aa  153  4e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0175  carbohydrate diacid regulator  33.93 
 
 		 488 aa  152  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0203  carbohydrate diacid regulator  33.68 
 
 		 402 aa  149  7e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0844  putative carbohydrate diacid regulator  25.48 
 
 		 353 aa  139  6e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.171192  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0851  putative carbohydrate diacid regulator  25.34 
 
 		 353 aa  137  2e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2351  CdaR family transcriptional regulator  24.93 
 
 		 390 aa  123  4e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000556727  normal  0.18392 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1897  transcriptional regulator, CdaR  21.12 
 
 		 381 aa  113  5e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1019  transcriptional regulator, CdaR  26.37 
 
 		 371 aa  110  5e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1191  carbohydrate diacid regulator  26.18 
 
 		 371 aa  103  6e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1411  transcriptional regulator, putative  26.3 
 
 		 371 aa  102  1e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1211  transcriptional regulator  25.58 
 
 		 371 aa  102  1e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1189  carbohydrate diacid regulator  25.58 
 
 		 371 aa  102  1e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1451  putative carbohydrate diacid regulator  26.3 
 
 		 371 aa  102  1e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1310  transcriptional regulator  25.58 
 
 		 371 aa  102  1e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26290  sugar diacid utilization regulator  29.52 
 
 		 360 aa  102  1e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.687043  normal  0.062078 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1387  putative carbohydrate diacid regulator  25.58 
 
 		 371 aa  102  1e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1213  transcriptional regulator, CdaR  25.84 
 
 		 371 aa  102  1e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3995  putative carbohydrate diacid regulator  26.04 
 
 		 371 aa  100  4e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.859873 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1136  transcriptional regulator, CdaR  19.29 
 
 		 387 aa  99  1e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1349  putative carbohydrate diacid regulator  25.26 
 
 		 371 aa  97.4  3e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2110  transcriptional regulator, CdaR  22.92 
 
 		 386 aa  82.8  0.000000000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0792  hypothetical protein  22.16 
 
 		 364 aa  74.3  0.000000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.60027  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  28.46 
 
 		 518 aa  73.6  0.000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2516  transcriptional regulator CdaR  25.95 
 
 		 650 aa  70.9  0.00000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.664559  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03504  sugar diacide regulator  35.14 
 
 		 168 aa  70.1  0.00000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  28.25 
 
 		 525 aa  66.6  0.0000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  29.24 
 
 		 525 aa  64.7  0.000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  28.37 
 
 		 555 aa  63.2  0.000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2904  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  34.29 
 
 		 269 aa  58.2  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4276  CdaR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 552 aa  57.8  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.416478  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4258  putative transcriptional regulator, PucR family  45.45 
 
 		 547 aa  55.8  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.484226  normal  0.267228 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0691  helix-turn-helix, Fis-type  32.66 
 
 		 486 aa  54.7  0.000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.819144  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3096  purine catabolism PurC domain-containing protein  36.25 
 
 		 480 aa  54.3  0.000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.578802  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3379  putative transcriptional regulator, PucR family  27.56 
 
 		 412 aa  53.9  0.000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.670117  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1742  transcriptional regulator, CdaR  27.87 
 
 		 520 aa  53.5  0.000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5594  PucR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 410 aa  53.5  0.000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0645  transcriptional regulator, CdaR  30.85 
 
 		 383 aa  52.8  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.867737 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3662  transcriptional regulator, PucR family  50 
 
 		 481 aa  52  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0446387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4325  hypothetical protein  36.56 
 
 		 602 aa  52  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0842061 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4574  transcriptional regulator, CdaR  32.58 
 
 		 407 aa  51.6  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.325044  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3342  putative transcriptional regulator, PucR family  51.11 
 
 		 425 aa  51.6  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.455149  normal  0.209688 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>