More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0013 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007512  Plut_0007  preprotein translocase subunit SecD  71.47 
 
 		 595 aa  889    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0026  preprotein translocase subunit SecD  73.43 
 
 		 638 aa  919    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.943233  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0012  preprotein translocase subunit SecD  62.32 
 
 		 594 aa  797    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.216124  hitchhiker  0.00885825 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0012  preprotein translocase subunit SecD  73.91 
 
 		 607 aa  939    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000769208  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0011  preprotein translocase subunit SecD  62 
 
 		 605 aa  794    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.019109  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0013  preprotein translocase subunit SecD  100 
 
 		 624 aa  1262    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.295061  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0033  preprotein translocase subunit SecD  76.48 
 
 		 619 aa  972    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1455  protein-export membrane protein SecD  46.66 
 
 		 622 aa  519  1e-146  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.202191  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0092  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.06 
 
 		 995 aa  421  1e-116  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1420  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.54 
 
 		 990 aa  364  2e-99  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.469149  normal  0.319601 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5169  protein-export membrane protein SecD  35.29 
 
 		 1029 aa  362  2e-98  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.325981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3596  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.36 
 
 		 996 aa  355  1e-96  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.318172 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0113  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  38.16 
 
 		 991 aa  352  1e-95  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.758548 
 
 
-
 
NC_002950  PG1762  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.67 
 
 		 981 aa  333  5e-90  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08751  putative protein-export transmembrane SecDF protein  37.06 
 
 		 1001 aa  323  4e-87  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.392094  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2178  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.61 
 
 		 995 aa  317  4e-85  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.900836  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1323  protein-export membrane protein SecD  35.69 
 
 		 611 aa  312  1e-83  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.970602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1309  protein-export membrane protein SecD  35.77 
 
 		 613 aa  311  2.9999999999999997e-83  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.198651  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2540  protein-export membrane protein SecD  35.14 
 
 		 613 aa  308  2.0000000000000002e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712905  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1410  protein-export membrane protein SecD  35.45 
 
 		 613 aa  307  4.0000000000000004e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.447303  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6254  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.79 
 
 		 1055 aa  303  9e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3212  protein-export membrane protein SecD  52.54 
 
 		 525 aa  286  5.999999999999999e-76  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0681  preprotein translocase subunit SecD  55.13 
 
 		 531 aa  286  9e-76  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.565803  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0541  preprotein translocase subunit SecD  49.17 
 
 		 532 aa  283  8.000000000000001e-75  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0137043 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2442  protein-export membrane protein SecD  49.2 
 
 		 524 aa  281  4e-74  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000311445  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1892  preprotein translocase subunit SecD  48.68 
 
 		 533 aa  280  4e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000256259  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1818  preprotein translocase subunit SecD  53.53 
 
 		 530 aa  276  9e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00022831  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2256  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.97 
 
 		 991 aa  273  6e-72  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2396  protein-export membrane protein SecD  34.07 
 
 		 637 aa  272  1e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.564509  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1798  preprotein translocase subunit SecD  45.34 
 
 		 530 aa  270  8e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0846  preprotein translocase subunit SecD  51.49 
 
 		 533 aa  268  2e-70  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000476642  normal  0.132271 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1571  protein-export membrane protein SecD  30.73 
 
 		 503 aa  268  2e-70  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1575  preprotein translocase subunit SecD  51.82 
 
 		 521 aa  268  2.9999999999999995e-70  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1718  preprotein translocase subunit SecD  45.48 
 
 		 533 aa  268  2.9999999999999995e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2617  preprotein translocase subunit SecD  46.49 
 
 		 533 aa  267  5e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1784  preprotein translocase subunit SecD  47.46 
 
 		 532 aa  266  5.999999999999999e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00162006 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1341  preprotein translocase subunit SecD  51.7 
 
 		 532 aa  264  4e-69  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.087277  normal  0.613358 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0854  preprotein translocase subunit SecD  47.81 
 
 		 533 aa  263  4.999999999999999e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0563  protein-export membrane protein SecD  44.19 
 
 		 473 aa  263  8e-69  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0476  preprotein translocase subunit SecD  48.29 
 
 		 526 aa  262  1e-68  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2433  preprotein translocase subunit SecD  46.28 
 
 		 532 aa  263  1e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.932422  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0071  preprotein translocase subunit SecD  50.18 
 
 		 510 aa  261  3e-68  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4406  preprotein translocase subunit SecD  47.28 
 
 		 533 aa  260  4e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.638067  normal  0.207578 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2776  preprotein translocase subunit SecD  46.94 
 
 		 534 aa  260  5.0000000000000005e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.336703  normal  0.245371 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1769  preprotein translocase subunit SecD  47.28 
 
 		 532 aa  260  6e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462584  normal  0.0130342 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1799  preprotein translocase subunit SecD  47.28 
 
 		 533 aa  260  6e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.127943  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1230  preprotein translocase subunit SecD  33.8 
 
 		 614 aa  260  7e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.181896  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0707  preprotein translocase subunit SecD  48.71 
 
 		 521 aa  259  1e-67  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.907979  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3172  preprotein translocase subunit SecD  46.94 
 
 		 533 aa  256  7e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.881845  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1239  protein-export membrane protein SecD  51.85 
 
 		 533 aa  255  2.0000000000000002e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1048  preprotein translocase subunit SecD  48.36 
 
 		 526 aa  254  3e-66  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2009  preprotein translocase subunit SecD  45.72 
 
 		 530 aa  253  5.000000000000001e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0503  preprotein translocase subunit SecD  33.69 
 
 		 534 aa  253  6e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.153104  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0728  preprotein translocase subunit SecD  47.81 
 
 		 529 aa  253  8.000000000000001e-66  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.347162  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1929  preprotein translocase subunit SecD  50 
 
 		 526 aa  252  1e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.991559  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0996  preprotein translocase subunit SecD  33.7 
 
 		 554 aa  251  2e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2057  protein-export membrane protein SecD  46.89 
 
 		 594 aa  251  3e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1715  protein-export membrane protein SecD  46.89 
 
 		 594 aa  251  3e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2777  preprotein translocase subunit SecD  46.95 
 
 		 533 aa  250  4e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.626907  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3280  preprotein translocase subunit SecD  43.29 
 
 		 625 aa  248  2e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.527735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1669  preprotein translocase subunit SecD  48.45 
 
 		 413 aa  248  2e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000293049  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4005  preprotein translocase subunit SecD  44.1 
 
 		 632 aa  246  9e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1769  protein-export membrane protein SecD  41.69 
 
 		 512 aa  246  9e-64  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3036  preprotein translocase subunit SecD  49.44 
 
 		 535 aa  246  9.999999999999999e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1859  preprotein translocase subunit SecD  32.27 
 
 		 554 aa  246  9.999999999999999e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.182959  normal  0.940484 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  45.48 
 
 		 853 aa  246  9.999999999999999e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2073  preprotein translocase subunit SecD  44.33 
 
 		 535 aa  246  9.999999999999999e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1621  protein-export membrane protein SecD  45.62 
 
 		 522 aa  244  3e-63  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03171  Acriflavin resistance protein  45.74 
 
 		 843 aa  242  1e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3355  preprotein translocase subunit SecD  43.75 
 
 		 632 aa  243  1e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0456  preprotein translocase subunit SecD  44.19 
 
 		 554 aa  241  2e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.171448  normal  0.0964807 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1798  preprotein translocase subunit SecD  46.18 
 
 		 554 aa  241  2e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2732  preprotein translocase subunit SecD  48.63 
 
 		 533 aa  242  2e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.735593  normal  0.282861 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0444  preprotein translocase subunit SecD  46.18 
 
 		 554 aa  241  2e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0562014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4644  preprotein translocase subunit SecD  44.18 
 
 		 632 aa  240  5e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1691  protein-export membrane protein SecD  44.36 
 
 		 461 aa  239  8e-62  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0199339  normal  0.405053 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1356  preprotein translocase subunit SecD  44.74 
 
 		 410 aa  238  3e-61  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.066873  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2066  preprotein translocase subunit SecD  45.3 
 
 		 623 aa  237  4e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.666611  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1453  preprotein translocase subunit SecD  45.02 
 
 		 531 aa  237  4e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1604  protein-export membrane protein SecD  43.32 
 
 		 399 aa  237  6e-61  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0444022  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2184  protein-export membrane protein SecD  44.62 
 
 		 620 aa  236  6e-61  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0512  protein-export membrane protein SecD  30.04 
 
 		 609 aa  236  8e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1714  preprotein translocase subunit SecD  46.44 
 
 		 537 aa  235  2.0000000000000002e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1416  preprotein translocase subunit SecD  46.27 
 
 		 554 aa  234  3e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.457453  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1123  preprotein translocase subunit SecD  42.65 
 
 		 416 aa  234  4.0000000000000004e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000301062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1084  preprotein translocase subunit SecD  45.09 
 
 		 556 aa  234  4.0000000000000004e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.111435 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1001  protein-export membrane protein SecD  46.18 
 
 		 531 aa  233  6e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.541747  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1303  protein-export membrane protein SecD  44.95 
 
 		 622 aa  233  9e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1425  preprotein translocase subunit SecD  46.04 
 
 		 403 aa  233  9e-60  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000290493  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4309  preprotein translocase subunit SecD  43 
 
 		 535 aa  233  1e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1236  preprotein translocase subunit SecD  47.23 
 
 		 526 aa  232  2e-59  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.543695  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4087  preprotein translocase subunit SecD  32.01 
 
 		 636 aa  232  2e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.15751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1111  preprotein translocase subunit SecD  46.86 
 
 		 526 aa  231  2e-59  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.789718  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0630  preprotein translocase subunit SecD  46.86 
 
 		 526 aa  232  2e-59  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1796  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  45.9 
 
 		 856 aa  232  2e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0086  preprotein translocase subunit SecD  44.89 
 
 		 501 aa  230  7e-59  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.509625  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01347  preprotein translocase subunit SecD  46.05 
 
 		 599 aa  229  1e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0146  protein-export membrane protein SecD  44.49 
 
 		 535 aa  229  1e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00836416  hitchhiker  0.00269224 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0883  preprotein translocase subunit SecD  45.05 
 
 		 508 aa  228  3e-58  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2350  preprotein translocase subunit SecD  44.12 
 
 		 618 aa  227  5.0000000000000005e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.951904  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>