More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_5691 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_5691  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 308 aa  619  1e-176  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536168 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3226  LysR family transcriptional regulator  56.48 
 
 		 307 aa  331  1e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1198  LysR family transcriptional regulator  53.56 
 
 		 298 aa  323  2e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  53.22 
 
 		 298 aa  322  7e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4248  LysR family transcriptional regulator  53.92 
 
 		 298 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0927  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 298 aa  306  3e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355565  normal  0.387417 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1182  LysR family transcriptional regulator  51.54 
 
 		 298 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815774  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2494  transcriptional regulator, LysR family  52.72 
 
 		 302 aa  301  9e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395428  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0660  transcriptional regulator, LysR family  48.16 
 
 		 299 aa  301  1e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  51.54 
 
 		 299 aa  301  1e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3941  LysR family transcriptional regulator  48.49 
 
 		 299 aa  298  8e-80  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4052  putative LysR family transcriptional regulator  48.83 
 
 		 300 aa  288  6e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.880964 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3188  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  50.5 
 
 		 301 aa  287  1e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.872504  normal  0.155223 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5566  LysR family transcriptional regulator  49.33 
 
 		 316 aa  286  2e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0372777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1525  LysR family transcriptional regulator  53.14 
 
 		 313 aa  286  2e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2247  LysR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 310 aa  283  3.0000000000000004e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.711859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8514  transcriptional regulator, LysR family  52.17 
 
 		 302 aa  281  1e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.700949  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1345  LysR family transcriptional regulator  52.7 
 
 		 296 aa  279  5e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.902003  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4682  LysR family transcriptional regulator  51.17 
 
 		 296 aa  278  6e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4953  transcriptional regulator, LysR family  53.47 
 
 		 301 aa  278  6e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.179436 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3317  LysR family transcriptional regulator  51.01 
 
 		 317 aa  278  1e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.360288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 298 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3328  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 296 aa  271  1e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.317513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4490  LysR substrate-binding  53.14 
 
 		 301 aa  268  8.999999999999999e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2765  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 302 aa  268  1e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4728  LysR family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 299 aa  265  5e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1699  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5006  transcriptional regulator, LysR family  52.56 
 
 		 302 aa  260  2e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.396186  normal  0.238129 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  45.97 
 
 		 303 aa  259  4e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4126  LysR family transcriptional regulator  47.33 
 
 		 301 aa  258  8e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2123  transcriptional regulator, LysR family  43.14 
 
 		 319 aa  257  2e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2089  LysR family transcriptional regulator  48.16 
 
 		 307 aa  252  7e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6433  transcriptional regulator, LysR family  42.24 
 
 		 304 aa  248  1e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1700  LysR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 299 aa  247  2e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0463  LysR family transcriptional regulator  47.28 
 
 		 300 aa  247  2e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.417526 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1921  transcriptional regulator, LysR family  48.08 
 
 		 305 aa  245  8e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166389  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5003  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 320 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.104445 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6743  transcriptional regulator, LysR family  45.3 
 
 		 308 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.796721 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0583  transcriptional regulator, LysR family  46.69 
 
 		 319 aa  243  3e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3429  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 312 aa  243  3e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000310427 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0549  LysR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 322 aa  243  3.9999999999999997e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.308435  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1187  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 301 aa  242  5e-63  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0971  LysR family transcriptional regulator  48.31 
 
 		 309 aa  242  6e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.800707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7100  LysR family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 294 aa  236  5.0000000000000005e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1056  transcriptional regulator, LysR family  43.69 
 
 		 299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199163  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0579  transcriptional regulator, LysR family  47.39 
 
 		 319 aa  233  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3225  LysR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 296 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  44.04 
 
 		 342 aa  233  3e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6536  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 308 aa  231  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.268886 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1521  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 299 aa  229  6e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0909  transcriptional regulator, LysR family  42.66 
 
 		 308 aa  228  9e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.984815  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5526  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 317 aa  225  7e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.77187 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6852  transcriptional regulator, LysR family  42.42 
 
 		 310 aa  224  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.960415 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4963  transcriptional regulator, LysR family  42.01 
 
 		 296 aa  224  2e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.463042  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0820  transcriptional regulator, LysR family  45.12 
 
 		 311 aa  223  2e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3912  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 315 aa  222  4.9999999999999996e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1793  transcriptional regulator, LysR family  38.51 
 
 		 304 aa  217  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1872  transcriptional regulator, LysR family  42.18 
 
 		 297 aa  211  7.999999999999999e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3770  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 301 aa  210  2e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.14508  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0847  LysR family transcriptional regulator  44.27 
 
 		 289 aa  210  3e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0083  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 300 aa  209  3e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.670509  normal  0.78955 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1975  transcriptional regulator, LysR family  38.51 
 
 		 302 aa  209  5e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.718981  normal  0.0815311 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4867  LysR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 308 aa  209  6e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.169405 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0801  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 298 aa  207  2e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5569  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0364819 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2351  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 296 aa  205  9e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0828194 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0796  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 297 aa  204  2e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.71393  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3091  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  199  3.9999999999999996e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0637726 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  41.92 
 
 		 305 aa  199  6e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 300 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 295 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 327 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 300 aa  196  3e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 300 aa  196  3e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 300 aa  196  3e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 300 aa  196  3e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 327 aa  196  3e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 300 aa  196  3e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 327 aa  196  3e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 300 aa  196  3e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 301 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 301 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 301 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 301 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 301 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 310 aa  195  6e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0644  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 296 aa  195  8.000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 307 aa  195  9e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4493  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 307 aa  194  2e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.708471  normal  0.878724 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 296 aa  193  3e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23700  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 303 aa  193  3e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0115342 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 298 aa  193  4e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 304 aa  192  5e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 303 aa  192  5e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2393  transcriptional regulator, LysR family  38.51 
 
 		 304 aa  192  5e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2174  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.466728  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 300 aa  191  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 362 aa  190  2e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 301 aa  190  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>