126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1365 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1365  hypothetical protein  100 
 
 		 477 aa  954    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.26016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4200  XRE family transcriptional regulator  45.97 
 
 		 481 aa  423  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.306631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4054  hypothetical protein  45.13 
 
 		 480 aa  420  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.568607  normal  0.0971132 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1378  XRE family transcriptional regulator  45.13 
 
 		 480 aa  414  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.151662  normal  0.880216 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4879  transcriptional regulator, XRE family  44.92 
 
 		 480 aa  414  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80038  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2986  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 483 aa  409  1e-113  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.199434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1096  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 483 aa  407  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0594  hypothetical protein  46.2 
 
 		 481 aa  407  1.0000000000000001e-112  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.150494  normal  0.432719 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2254  XRE family transcriptional regulator  44.09 
 
 		 482 aa  403  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0048  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 488 aa  378  1e-103  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3598  XRE family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 477 aa  361  1e-98  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.149473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3197  transcriptional regulator, XRE family  42.34 
 
 		 477 aa  359  7e-98  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3096  transcriptional regulator, XRE family  42.13 
 
 		 477 aa  358  9.999999999999999e-98  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4240  hypothetical protein  41 
 
 		 472 aa  353  4e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.726169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2997  XRE family transcriptional regulator  42.06 
 
 		 477 aa  352  8.999999999999999e-96  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.940113  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  41.67 
 
 		 476 aa  352  1e-95  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1879  XRE family transcriptional regulator  41.97 
 
 		 491 aa  351  2e-95  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.639599  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3376  XRE family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 469 aa  348  1e-94  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.307758  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6436  transcriptional regulator, XRE family  42.43 
 
 		 483 aa  346  6e-94  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4449  hypothetical protein  43.51 
 
 		 524 aa  345  1e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.106317  normal  0.892861 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1147  hypothetical protein  41.94 
 
 		 472 aa  345  1e-93  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1187  Cro/CI family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 470 aa  344  2e-93  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28370  predicted transcriptional regulator  41.49 
 
 		 475 aa  344  2e-93  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2004  hypothetical protein  41.51 
 
 		 470 aa  344  2e-93  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.860284  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4792  XRE family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 490 aa  343  2.9999999999999997e-93  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.118224  normal  0.264382 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0716  transcriptional regulator  40.88 
 
 		 464 aa  339  5.9999999999999996e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.582865  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3788  transcriptional regulator, XRE family  41.09 
 
 		 477 aa  339  5.9999999999999996e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.432624 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3514  XRE family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 471 aa  339  8e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.15562 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5864  XRE family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 470 aa  337  3.9999999999999995e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2316  XRE family transcriptional regulator  44.04 
 
 		 474 aa  336  5e-91  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 474 aa  336  5.999999999999999e-91  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1626  XRE family transcriptional regulator  42.74 
 
 		 476 aa  336  7e-91  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.928013  normal  0.297966 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1813  hypothetical protein  43.71 
 
 		 474 aa  330  3e-89  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2077  transcriptional regulator, XRE family  43.01 
 
 		 490 aa  328  1.0000000000000001e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1350  hypothetical protein  44.9 
 
 		 461 aa  327  3e-88  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.248791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1500  hypothetical protein  42.68 
 
 		 469 aa  327  4.0000000000000003e-88  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.983319  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0807  XRE family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 506 aa  323  3e-87  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2998  XRE family transcriptional regulator  40.17 
 
 		 474 aa  324  3e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2531  transcriptional regulator, XRE family  42.76 
 
 		 479 aa  323  6e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4724  hypothetical protein  39.41 
 
 		 474 aa  322  8e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1637  XRE family transcriptional regulator  43.22 
 
 		 490 aa  321  1.9999999999999998e-86  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.375822 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1221  transcriptional regulator  37.93 
 
 		 468 aa  321  1.9999999999999998e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  0.453619 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2308  hypothetical protein  41.08 
 
 		 461 aa  320  5e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0761  hypothetical protein  38.35 
 
 		 475 aa  316  5e-85  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2186  MerR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 461 aa  314  1.9999999999999998e-84  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0858  hypothetical protein  41.2 
 
 		 461 aa  314  1.9999999999999998e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0175977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0627  hypothetical protein  38.43 
 
 		 475 aa  314  2.9999999999999996e-84  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.995567  normal  0.329246 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0634  XRE family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 475 aa  313  4.999999999999999e-84  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0647  hypothetical protein  38.43 
 
 		 475 aa  313  4.999999999999999e-84  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.385996 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0799  hypothetical protein  38.61 
 
 		 475 aa  313  5.999999999999999e-84  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.997092 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6140  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 466 aa  311  1e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29056  normal  0.20843 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3436  XRE family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 463 aa  310  2.9999999999999997e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.288452  normal  0.476438 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11152  transcriptional regulator  39.87 
 
 		 486 aa  310  4e-83  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1028  XRE family transcriptional regulator  40.04 
 
 		 464 aa  308  1.0000000000000001e-82  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4472  hypothetical protein  39.91 
 
 		 464 aa  308  2.0000000000000002e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0109  hypothetical protein  38.2 
 
 		 482 aa  307  2.0000000000000002e-82  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.07895 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0581  hypothetical protein  40.34 
 
 		 484 aa  307  3e-82  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0222358  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3158  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 472 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3669  transcriptional regulator, XRE family  38.14 
 
 		 466 aa  305  2.0000000000000002e-81  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10472  transcriptional regulator  37.84 
 
 		 474 aa  303  7.000000000000001e-81  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2895  XRE family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 473 aa  299  7e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.406623 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2488  hypothetical protein  37.53 
 
 		 467 aa  296  4e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0309  hypothetical protein  39.37 
 
 		 470 aa  293  5e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4189  XRE family transcriptional regulator  39.14 
 
 		 491 aa  290  4e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0115476  normal  0.171074 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2007  transcriptional regulator, XRE family  39.83 
 
 		 471 aa  288  1e-76  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.464836  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1217  XRE family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 495 aa  286  5.999999999999999e-76  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.778431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0310  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 474 aa  283  5.000000000000001e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0944  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 462 aa  280  5e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2985  DNA-binding protein  97.08 
 
 		 149 aa  279  9e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.765892  normal  0.231078 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01702  transcriptional regulator  40.04 
 
 		 461 aa  272  1e-71  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0697  transcriptional regulator, XRE family  36.59 
 
 		 475 aa  272  1e-71  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280462  normal  0.896724 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0218  transcriptional regulator, XRE family  39.55 
 
 		 455 aa  269  7e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.999471 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0818  transcriptional regulator  37.18 
 
 		 469 aa  261  2e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0406  transcriptional regulator, XRE family  36.6 
 
 		 469 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000157456 
 
 
-
 
NC_004310  BR1613  Cro/CI family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 470 aa  254  2.0000000000000002e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.1413  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1557  Cro/CI family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 470 aa  254  2.0000000000000002e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0374  transcriptional regulator, XRE family  37.02 
 
 		 469 aa  253  6e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.152873  decreased coverage  0.00046899 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3929  hypothetical protein  33.62 
 
 		 483 aa  252  1e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1405  transcriptional regulator  26.24 
 
 		 431 aa  86.3  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.157932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1510  XRE family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 443 aa  69.7  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.899196 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02070  predicted transcriptional regulator  24.09 
 
 		 488 aa  60.8  0.00000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1000  transcriptional regulator, XRE family  25.71 
 
 		 504 aa  60.5  0.00000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1378  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  24.13 
 
 		 481 aa  58.5  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.84072  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0924  transcriptional regulator, XRE family  25.43 
 
 		 505 aa  57.4  0.0000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0072  transcriptional regulator, XRE family  23.06 
 
 		 488 aa  55.8  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0809805 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0584  transcriptional regulator  27.92 
 
 		 495 aa  53.9  0.000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0712  transcriptional regulator, XRE family  30.46 
 
 		 504 aa  53.5  0.000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3536  helix-turn-helix domain protein  27.68 
 
 		 513 aa  49.7  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.948286 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4623  putative transcriptional regulator, XRE family  44.62 
 
 		 197 aa  48.9  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.155979 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0594  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 		 117 aa  48.9  0.0002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2999  transcriptional regulator, XRE family  43.08 
 
 		 200 aa  48.9  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.290253  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 292 aa  48.1  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02050  predicted transcriptional regulator  41.54 
 
 		 201 aa  48.1  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 490 aa  48.5  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1785  helix-turn-helix domain-containing protein  40.98 
 
 		 428 aa  48.1  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00231258  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1292  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 110 aa  47  0.0008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.020008  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2672  transcriptional regulator, XRE family  34.21 
 
 		 118 aa  47  0.0008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000679525  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1390  transcriptional regulator  39.06 
 
 		 252 aa  46.6  0.001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.163834  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5338  transcriptional regulator, XRE family  30.82 
 
 		 503 aa  46.6  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.81894 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  29.92 
 
 		 490 aa  45.8  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>