More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1149 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1149  response regulator receiver protein  100 
 
 		 239 aa  494  1e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  34.96 
 
 		 255 aa  149  4e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  30.24 
 
 		 268 aa  142  4e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.82 
 
 		 266 aa  142  5e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1819  LytTr DNA-binding response regulator  31.45 
 
 		 260 aa  137  1e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.148301  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  31.33 
 
 		 265 aa  137  1e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  34.63 
 
 		 242 aa  138  1e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 317 aa  136  3.0000000000000003e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  29.37 
 
 		 276 aa  134  1.9999999999999998e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.39 
 
 		 257 aa  131  9e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 258 aa  130  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  30.24 
 
 		 255 aa  129  5.0000000000000004e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  30.65 
 
 		 246 aa  128  8.000000000000001e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.2 
 
 		 265 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  28.09 
 
 		 273 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.76 
 
 		 244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  34.13 
 
 		 245 aa  126  3e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  32.34 
 
 		 275 aa  125  5e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3900  response regulator receiver domain-containing protein  33.2 
 
 		 261 aa  125  8.000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.93 
 
 		 246 aa  124  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5384  response regulator LytR  31.47 
 
 		 246 aa  123  2e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.662493  normal  0.485514 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1151  response regulator receiver protein  30.57 
 
 		 276 aa  124  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5565  response regulator LytR  30.28 
 
 		 246 aa  123  3e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  30.53 
 
 		 268 aa  122  3e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  30.28 
 
 		 246 aa  123  3e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  30.28 
 
 		 246 aa  122  6e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1964  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 255 aa  122  6e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.777054 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  33.47 
 
 		 238 aa  122  7e-27  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  31.51 
 
 		 245 aa  121  8e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  30.28 
 
 		 246 aa  121  8e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 254 aa  121  9e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3718  response regulator  26.82 
 
 		 275 aa  121  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  29.88 
 
 		 246 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  29.88 
 
 		 246 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  29.88 
 
 		 246 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  29.88 
 
 		 246 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  29.88 
 
 		 246 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 253 aa  120  9.999999999999999e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.17 
 
 		 242 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 252 aa  118  7.999999999999999e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.93 
 
 		 237 aa  118  9e-26  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5303  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.46 
 
 		 261 aa  117  9.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.153649 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.49 
 
 		 231 aa  117  9.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2342  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.2 
 
 		 240 aa  117  1.9999999999999998e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0697143  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0733  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.06 
 
 		 243 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0885  response regulator  30.51 
 
 		 247 aa  115  5e-25  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0355946  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2957  response regulator receiver protein  30.51 
 
 		 236 aa  115  6e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00954821  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  30.65 
 
 		 272 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.18 
 
 		 237 aa  114  1.0000000000000001e-24  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2253  LytTr DNA-binding region  28.94 
 
 		 248 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04910  two-component system response regulator  31.09 
 
 		 236 aa  113  2.0000000000000002e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.981835  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.73 
 
 		 257 aa  113  3e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0252  two-component response regulator  26.02 
 
 		 246 aa  112  4.0000000000000004e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0246  two-component response regulator  26.02 
 
 		 246 aa  112  4.0000000000000004e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0119  response regulator receiver protein  31.38 
 
 		 249 aa  112  4.0000000000000004e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 265 aa  112  5e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5028  LytTR family two component transcriptional regulator  32.03 
 
 		 237 aa  112  6e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967214  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  28.1 
 
 		 280 aa  112  7.000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0217  LytTr DNA-binding region  27.13 
 
 		 250 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.630653 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0904  LytTR family two component transcriptional regulator  28.51 
 
 		 243 aa  110  2.0000000000000002e-23  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 240 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0765  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 247 aa  110  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.584976  normal  0.255142 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1723  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.19 
 
 		 232 aa  110  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0068  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.13 
 
 		 244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00288448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  28.57 
 
 		 268 aa  109  4.0000000000000004e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  30.47 
 
 		 261 aa  109  4.0000000000000004e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1834  LytTR family two component transcriptional regulator  32.91 
 
 		 237 aa  108  7.000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0190  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 244 aa  108  8.000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2025  two-component response regulator  28.8 
 
 		 252 aa  108  1e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2671  response regulator receiver protein  31.8 
 
 		 243 aa  108  1e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000586434 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  29.05 
 
 		 246 aa  107  1e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3926  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.78 
 
 		 237 aa  107  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.566728 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2133  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.6 
 
 		 256 aa  107  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.926336  normal  0.829991 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5598  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.65 
 
 		 237 aa  107  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.69 
 
 		 260 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2762  response regulator receiver protein  32.27 
 
 		 254 aa  106  3e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.330347  normal  0.784413 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3544  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.22 
 
 		 251 aa  106  3e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0394969  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  26.85 
 
 		 266 aa  105  4e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1330  LytTR family two component transcriptional regulator  33.48 
 
 		 261 aa  106  4e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.80792  hitchhiker  0.00674538 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2443  LytTR family two component transcriptional regulator  29.58 
 
 		 279 aa  105  6e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2133  LytTR family two component transcriptional regulator  30.25 
 
 		 248 aa  105  7e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.565653  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4524  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.91 
 
 		 240 aa  105  8e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000306542  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1113  LytR/AlgR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 256 aa  105  9e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.45992  normal  0.29087 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3124  LytTr DNA-binding region  30.57 
 
 		 244 aa  104  1e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  28.57 
 
 		 243 aa  104  1e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.92 
 
 		 251 aa  103  2e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1479  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.64 
 
 		 236 aa  103  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0100477  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  31.38 
 
 		 263 aa  104  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4846  LytTR family two component transcriptional regulator  29.55 
 
 		 246 aa  103  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.568582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3000  response regulator receiver domain-containing protein  30.57 
 
 		 229 aa  103  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000248508 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5230  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.46 
 
 		 244 aa  103  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.236835  normal  0.031416 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  31.38 
 
 		 263 aa  103  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.71 
 
 		 245 aa  103  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2603  response regulator  30.54 
 
 		 243 aa  103  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  28.99 
 
 		 237 aa  103  3e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5008  LytTR family two component transcriptional regulator  29.13 
 
 		 250 aa  102  4e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135227  hitchhiker  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.8 
 
 		 256 aa  102  4e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.268274 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6623  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.69 
 
 		 258 aa  102  4e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0991065  normal  0.080317 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4801  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.98 
 
 		 240 aa  102  4e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.154299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2858  response regulator receiver  30.67 
 
 		 264 aa  102  5e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>