More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3452 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3452  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 363 aa  741    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.646492 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2485  diguanylate cyclase  83.75 
 
 		 363 aa  647    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120562  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3796  GGDEF domain protein  31.69 
 
 		 355 aa  125  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0128052  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  37.75 
 
 		 402 aa  118  1.9999999999999998e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4784  GGDEF domain protein  28.17 
 
 		 366 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1246  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  41.21 
 
 		 424 aa  117  3e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 417 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1684  GGDEF  30 
 
 		 354 aa  113  6e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.419665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.86 
 
 		 777 aa  113  6e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.36212 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 417 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  33.61 
 
 		 384 aa  110  3e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2469  diguanylate cyclase  41.29 
 
 		 351 aa  110  5e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2179  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 477 aa  109  7.000000000000001e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000210421  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1267  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  40.68 
 
 		 476 aa  108  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.413897 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  31.73 
 
 		 346 aa  108  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2394  GGDEF domain-containing protein  34.07 
 
 		 415 aa  107  3e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0094  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.1 
 
 		 602 aa  107  4e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.666294  normal  0.206481 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38420  GGDEF Response Regulator  39.77 
 
 		 381 aa  107  4e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0081  response regulator/GGDEF domain-containing protein  36.97 
 
 		 419 aa  106  6e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.57 
 
 		 728 aa  106  6e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  35.11 
 
 		 623 aa  106  7e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28 
 
 		 790 aa  105  9e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0244946 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 357 aa  105  9e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1143  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 476 aa  105  1e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.011762  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  43.87 
 
 		 559 aa  105  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1145  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 476 aa  105  1e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0247  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 513 aa  105  1e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0161345  hitchhiker  0.00488955 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01027  predicted diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 452 aa  105  2e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2617  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 452 aa  105  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.885697  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.22 
 
 		 772 aa  104  2e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2571  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 452 aa  105  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0240912 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01034  hypothetical protein  39.2 
 
 		 452 aa  105  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3494  diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 384 aa  105  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.316612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0796  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 361 aa  104  2e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.121691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 339 aa  105  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 530 aa  104  3e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1978  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 298 aa  103  3e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.148602  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  32.2 
 
 		 385 aa  104  3e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  36.02 
 
 		 381 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  42.04 
 
 		 477 aa  103  4e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4206  GGDEF  30.67 
 
 		 361 aa  103  5e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.435696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 555 aa  103  5e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3132  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.02 
 
 		 493 aa  103  5e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1359  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 518 aa  102  9e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2255  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 298 aa  102  9e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1398  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 518 aa  102  9e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0531857  decreased coverage  0.00306238 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1551  GGDEF domain-containing protein  36.93 
 
 		 518 aa  102  1e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1749  PAS:GGDEF  38.24 
 
 		 476 aa  102  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0218536  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  36.87 
 
 		 649 aa  102  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2983  diguanylate cyclase  34.31 
 
 		 310 aa  102  1e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.971314  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  31.85 
 
 		 571 aa  102  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2754  diguanylate cyclase  34.44 
 
 		 518 aa  101  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.36 
 
 		 557 aa  101  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3458  diguanylate cyclase  37.27 
 
 		 518 aa  101  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000037754 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  35.55 
 
 		 381 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3309  diguanylate cyclase  34.44 
 
 		 514 aa  101  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430472  hitchhiker  0.00145526 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  38.42 
 
 		 603 aa  101  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1471  diguanylate cyclase  43.12 
 
 		 398 aa  101  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0238873 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2293  diguanylate cyclase  35.16 
 
 		 467 aa  101  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000112238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2974  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 518 aa  101  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0516794  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2884  diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 518 aa  101  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000014858 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2986  diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 518 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000165218 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 494 aa  101  3e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1373  diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 518 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5750  hypothetical protein  36.19 
 
 		 581 aa  101  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2153  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 443 aa  100  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257798  normal  0.276429 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1933  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 298 aa  100  3e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.964426  normal  0.0629546 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 490 aa  100  4e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1289  diguanylate cyclase  34.54 
 
 		 307 aa  100  4e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2523  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 587 aa  100  4e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5646  diguanylate cyclase  34.48 
 
 		 399 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.515019  normal  0.418134 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  42.24 
 
 		 408 aa  100  4e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  34.48 
 
 		 631 aa  100  4e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4585  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 281 aa  100  4e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.704428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5528  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 184 aa  100  4e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.109818 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1817  GGDEF family protein  37.5 
 
 		 512 aa  100  5e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 622 aa  100  5e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  38.51 
 
 		 518 aa  100  5e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0489  GGDEF family protein  34.68 
 
 		 469 aa  100  5e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.788627  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.98 
 
 		 312 aa  100  6e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.174701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1733  diguanylate cyclase  31.6 
 
 		 568 aa  99.8  6e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0602531  normal  0.409385 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0266  diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 1195 aa  100  6e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0266  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 942 aa  99.8  6e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.955306  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2736  diguanylate cyclase  41.77 
 
 		 405 aa  99.8  6e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.428022 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5479  sensory box/GGDEF family protein  38.32 
 
 		 892 aa  99.8  7e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2365  diguanylate cyclase  34.09 
 
 		 467 aa  99.8  7e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0108211  normal  0.148457 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  34.69 
 
 		 373 aa  99.8  7e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.93 
 
 		 454 aa  99.8  7e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2407  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 443 aa  99.8  7e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0296488 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5124  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.29 
 
 		 1015 aa  99.4  8e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.247215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  40.13 
 
 		 397 aa  99.4  8e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4536  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 503 aa  99.4  8e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1066  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 504 aa  99.4  8e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  40.37 
 
 		 323 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5593  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.95 
 
 		 448 aa  99.4  8e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0077  diguanylate cyclase  38.18 
 
 		 411 aa  99.4  9e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.978885  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3700  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.97 
 
 		 780 aa  99.4  9e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.973532 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1998  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 391 aa  99.4  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.462389  normal  0.0959773 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.08 
 
 		 962 aa  99.4  9e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1227  diguanylate cyclase  36.97 
 
 		 554 aa  98.6  1e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.594022  normal  0.072002 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>