More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2356 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_4270  GAF sensor signal transduction histidine kinase  48.92 
 
 		 751 aa  655    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.235212 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0539  GAF sensor signal transduction histidine kinase  47.98 
 
 		 751 aa  649    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.802089  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2356  phytochrome family protein, putative  100 
 
 		 755 aa  1542    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.634458 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1796  GAF sensor signal transduction histidine kinase  84.5 
 
 		 756 aa  1309    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.232536 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3339  multi-sensor signal transduction histidine kinase  97.73 
 
 		 748 aa  1495    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1284  multi-sensor signal transduction histidine kinase  47.59 
 
 		 791 aa  662    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0336702 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1956  GAF sensor signal transduction histidine kinase  91.71 
 
 		 748 aa  1415    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.727974  normal  0.121547 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2206  GAF sensor signal transduction histidine kinase  48.06 
 
 		 762 aa  627  1e-178  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.15596  normal  0.128973 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2793  multi-sensor signal transduction histidine kinase  47.84 
 
 		 763 aa  628  1e-178  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.172208  normal  0.714834 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3141  GAF sensor signal transduction histidine kinase  47.04 
 
 		 762 aa  600  1e-170  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.583701  normal  0.345899 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4415  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.07 
 
 		 749 aa  506  9.999999999999999e-143  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.541129  normal  0.358425 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3425  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.21 
 
 		 775 aa  489  1e-137  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0531418  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1003  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  37.65 
 
 		 751 aa  489  1e-137  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.972748  hitchhiker  0.000165551 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2403  ATP-binding region, ATPase-like  37.58 
 
 		 776 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0308443 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3424  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.95 
 
 		 758 aa  482  1e-135  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.25862  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4451  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.11 
 
 		 775 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3780  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.44 
 
 		 779 aa  474  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.689927  normal  0.970382 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2818  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.73 
 
 		 769 aa  471  1.0000000000000001e-131  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0945314 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3852  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  35.91 
 
 		 765 aa  467  9.999999999999999e-131  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4450  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.06 
 
 		 758 aa  465  1e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2402  ATP-binding region, ATPase-like  36.59 
 
 		 762 aa  465  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0299776 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0035  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 		 769 aa  464  1e-129  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0099  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.07 
 
 		 746 aa  461  9.999999999999999e-129  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0383  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.63 
 
 		 746 aa  459  1e-127  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.269133 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4151  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.45 
 
 		 760 aa  452  1e-125  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.193587 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4111  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.45 
 
 		 760 aa  452  1e-125  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2352  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.38 
 
 		 760 aa  452  1e-125  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32 
 
 		 799 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.721204  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2162  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  35.57 
 
 		 745 aa  391  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.894867  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4724  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.99 
 
 		 774 aa  387  1e-106  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.960478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2377  ATP-binding region, ATPase-like  34.78 
 
 		 759 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.974028  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1902  bacteriophytochrome histidine kinase  33.64 
 
 		 745 aa  368  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.333534  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2385  phytochrome:GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal:HWE histidine kinase  34.81 
 
 		 1003 aa  366  1e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.460117  normal  0.215255 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0150  phytochrome sensor signal transduction histidine kinase  29.96 
 
 		 752 aa  362  2e-98  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3504  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  33.95 
 
 		 745 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.280312  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3185  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.67 
 
 		 762 aa  357  3.9999999999999996e-97  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.97115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3820  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.87 
 
 		 755 aa  356  1e-96  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.869603  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2652  bacteriophytochrome, putative  33.03 
 
 		 993 aa  354  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.163581  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4127  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.88 
 
 		 743 aa  354  4e-96  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.313016  normal  0.0728263 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5067  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.66 
 
 		 1002 aa  353  7e-96  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.47 
 
 		 757 aa  347  5e-94  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1484  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.34 
 
 		 1002 aa  343  9e-93  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1511  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.21 
 
 		 1002 aa  341  2.9999999999999998e-92  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2020  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.85 
 
 		 771 aa  335  2e-90  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4034  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.37 
 
 		 775 aa  332  2e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4021  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.99 
 
 		 1013 aa  317  6e-85  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.864375 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0125  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.38 
 
 		 759 aa  312  1e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.812946  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3788  phytochrome  37.8 
 
 		 772 aa  311  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0317187 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6244  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  35.78 
 
 		 849 aa  305  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3985  putative PAS/PAC sensor protein  36.26 
 
 		 732 aa  299  1e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.525883  normal  0.142655 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3740  phytochrome  36.43 
 
 		 732 aa  297  4e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.103591  decreased coverage  0.000116427 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0975  putative bacteriophytochrome  31.19 
 
 		 728 aa  295  2e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10700  putative bacteriophytochrome  30.76 
 
 		 728 aa  291  3e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2910  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.58 
 
 		 783 aa  290  5.0000000000000004e-77  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0200681  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1726  putative PAS/PAC sensor protein  35.2 
 
 		 731 aa  290  6e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1309  putative PAS/PAC sensor protein  35.73 
 
 		 722 aa  290  7e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.543635 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03481  Multi-sensor Signal Transduction Histidine Kinase  26.73 
 
 		 908 aa  289  2e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0652805  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1419  putative PAS/PAC sensor protein  36.28 
 
 		 770 aa  286  7e-76  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3080  bacteriophytochrome  31.71 
 
 		 783 aa  283  6.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2330  putative bacteriophytochrome  32.67 
 
 		 842 aa  283  1e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.766617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1182  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  33.13 
 
 		 846 aa  278  2e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75997  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13140  bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)  34.34 
 
 		 772 aa  276  1.0000000000000001e-72  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1986  putative GAF sensor protein  36.29 
 
 		 798 aa  276  1.0000000000000001e-72  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.932658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6428  bacteriophytochrome  33.96 
 
 		 723 aa  273  1e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.688062  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3458  putative PAS/PAC sensor protein  35.53 
 
 		 760 aa  273  1e-71  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0932578 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3686  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.67 
 
 		 709 aa  269  1e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.206553 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03310  GAF domain protein  36.06 
 
 		 625 aa  266  8.999999999999999e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0453757  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3289  putative PAS/PAC sensor protein  34.32 
 
 		 855 aa  265  2e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363327  normal  0.145052 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3496  bacteriophytochrome protein  30.3 
 
 		 852 aa  265  3e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.552776  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3673  putative PAS/PAC sensor protein  36.47 
 
 		 738 aa  264  4.999999999999999e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.483009  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3089  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.65 
 
 		 740 aa  264  4.999999999999999e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.552133  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1141  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  53.23 
 
 		 520 aa  264  4.999999999999999e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3034  putative PAS/PAC sensor protein  33.51 
 
 		 856 aa  263  6.999999999999999e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0858916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3723  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.57 
 
 		 871 aa  263  1e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.086011 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4519  putative GAF sensor protein  34.08 
 
 		 755 aa  261  3e-68  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9083  bacteriophytochrome protein  33.27 
 
 		 856 aa  261  4e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2444  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.64 
 
 		 721 aa  260  6e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0911916  normal  0.976086 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  54.11 
 
 		 553 aa  260  6e-68  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3146  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  52.09 
 
 		 521 aa  260  7e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2978  putative GAF sensor protein  36.91 
 
 		 567 aa  260  8e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.186  normal  0.0306937 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00897  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:Histidine kinase A, N-terminal  26.87 
 
 		 884 aa  259  1e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.717501  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4562  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.67 
 
 		 874 aa  256  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0865092  normal  0.846022 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3914  Phytochrome central region domain protein  32.4 
 
 		 509 aa  255  2.0000000000000002e-66  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.218618 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4081  histidine kinase dimerisation/phosphoacceptor  28.99 
 
 		 895 aa  254  3e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.628066  normal  0.498394 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4449  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.99 
 
 		 875 aa  254  3e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2574  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  33.79 
 
 		 844 aa  253  1e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.969915 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1270  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  53.48 
 
 		 941 aa  248  3e-64  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.109629  normal  0.20707 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3364  response regulator  33.85 
 
 		 847 aa  247  6e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.427552 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2394  putative GAF sensor protein  33.85 
 
 		 847 aa  246  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.25898  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1235  phytochrome-like protein  29.46 
 
 		 506 aa  245  1.9999999999999999e-63  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4458  putative GAF sensor protein  30.02 
 
 		 844 aa  245  1.9999999999999999e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3192  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.53 
 
 		 864 aa  245  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0309229 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1677  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.4 
 
 		 770 aa  244  3e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7207  putative PAS/PAC sensor protein  31.4 
 
 		 508 aa  243  1e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2586  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  32.71 
 
 		 847 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251983 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2235  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  35.95 
 
 		 865 aa  240  5.999999999999999e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  31.23 
 
 		 980 aa  233  7.000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4111  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  30.83 
 
 		 931 aa  230  9e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3744  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  49.79 
 
 		 479 aa  229  1e-58  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0408317  normal  0.996792 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01099  bacteriophytochrome protein  29.03 
 
 		 822 aa  228  4e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.506628  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>