279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PMN2A_0360 on replicon NC_007335
Organism: Prochlorococcus marinus str. NATL2A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007335  PMN2A_0360  RNA binding S1:cold shock protein  100 
 
 		 765 aa  1545    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.2133  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14471  putative acetazolamide conferring resistance protein Zam  40.86 
 
 		 796 aa  637    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10421  putative acetazolamide conferring resistance protein Zam  94.67 
 
 		 769 aa  1419    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.931628  hitchhiker  0.000483277 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09151  putative acetazolamide conferring resistance protein Zam  43.58 
 
 		 760 aa  616  1e-175  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000238472 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1314  RNA binding S1  38.83 
 
 		 773 aa  580  1e-164  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.207227 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1161  RNA binding S1  38.26 
 
 		 784 aa  564  1.0000000000000001e-159  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.140399  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10211  putative acetazolamide conferring resistance protein Zam  38.16 
 
 		 753 aa  470  1.0000000000000001e-131  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10221  putative acetazolamide conferring resistance protein Zam  37.5 
 
 		 740 aa  456  1e-127  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.222405  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09231  putative acetazolamide conferring resistance protein Zam  37.17 
 
 		 740 aa  444  1e-123  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.124086  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0953  RNA binding S1  37.5 
 
 		 739 aa  437  1e-121  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.472283  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4503  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  28.89 
 
 		 764 aa  288  2e-76  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.790425  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3422  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  26.69 
 
 		 750 aa  275  2.0000000000000002e-72  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1800  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  27.63 
 
 		 784 aa  273  6e-72  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1911  cold shock protein  26.4 
 
 		 745 aa  272  1e-71  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.725568 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0549  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  27.34 
 
 		 783 aa  270  7e-71  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.442665 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1518  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  26.16 
 
 		 750 aa  258  4e-67  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1545  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  26.16 
 
 		 750 aa  258  4e-67  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.405162  normal  0.0471328 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1511  RNAse R  26.91 
 
 		 766 aa  236  8e-61  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.193382 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0280  exoribonuclease II  22.76 
 
 		 705 aa  142  3e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000108449  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  20.58 
 
 		 759 aa  137  9e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15730  ribonuclease R  23.52 
 
 		 706 aa  132  3e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000333488  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  22.24 
 
 		 752 aa  130  1.0000000000000001e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2519  ribonuclease R  22.43 
 
 		 895 aa  127  7e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000714577  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1565  ribonuclease R  20.13 
 
 		 746 aa  125  3e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000702631 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1891  ribonuclease R  20.13 
 
 		 746 aa  125  3e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  22.15 
 
 		 762 aa  124  7e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1263  ribonuclease R  22.05 
 
 		 812 aa  123  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1970  ribonuclease R  22.05 
 
 		 896 aa  123  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1747  ribonuclease R  22.05 
 
 		 896 aa  123  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.906345  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1798  ribonuclease R  22.05 
 
 		 838 aa  123  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0807236  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1816  ribonuclease R  22.05 
 
 		 886 aa  123  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1021  ribonuclease R  22.05 
 
 		 838 aa  123  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.204339  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0145  ribonuclease R  22.05 
 
 		 838 aa  123  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0667377  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  19.92 
 
 		 1055 aa  123  9.999999999999999e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  21.12 
 
 		 715 aa  123  1.9999999999999998e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1686  ribonuclease R  21.65 
 
 		 818 aa  121  6e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.133651 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2010  ribonuclease R  23.23 
 
 		 709 aa  120  7e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000115062  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  21.32 
 
 		 871 aa  120  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1164  ribonuclease R  21.27 
 
 		 848 aa  120  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.284134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  20.73 
 
 		 870 aa  119  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  20.91 
 
 		 937 aa  119  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1353  ribonuclease R  24.55 
 
 		 722 aa  117  6.9999999999999995e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00219332  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  19.67 
 
 		 763 aa  117  7.999999999999999e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  21.5 
 
 		 864 aa  116  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1938  ribonuclease R  19.97 
 
 		 829 aa  117  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.751615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1066  ribonuclease R  21.77 
 
 		 827 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152985  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1546  ribonuclease R  21.77 
 
 		 827 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0569328  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1172  ribonuclease R  20.17 
 
 		 777 aa  117  1.0000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000369652  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1522  ribonuclease R  21.77 
 
 		 827 aa  116  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351431  normal  0.0857248 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  19.76 
 
 		 720 aa  116  2.0000000000000002e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1697  ribonuclease R  21.61 
 
 		 817 aa  115  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.892677 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  20.68 
 
 		 763 aa  114  5e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1095  ribonuclease R  22.66 
 
 		 701 aa  114  6e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  20.08 
 
 		 737 aa  114  8.000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  20.85 
 
 		 706 aa  113  1.0000000000000001e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  22.13 
 
 		 758 aa  113  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2540  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  21.37 
 
 		 833 aa  111  6e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0548982  normal  0.714199 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1707  ribonuclease R  21.24 
 
 		 833 aa  108  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.497255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  21.1 
 
 		 788 aa  108  3e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2219  ribonuclease R  22.59 
 
 		 863 aa  108  4e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.892711  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3067  exoribonuclease II  20.73 
 
 		 808 aa  107  7e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.802811  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2601  ribonuclease R  19.51 
 
 		 737 aa  107  1e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0821887  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  22.16 
 
 		 751 aa  106  2e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2108  ribonuclease R  20.87 
 
 		 716 aa  105  3e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0218671  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  21.75 
 
 		 751 aa  105  3e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  19 
 
 		 861 aa  104  5e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  19.63 
 
 		 818 aa  104  5e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2092  RNAse R  20.39 
 
 		 876 aa  104  8e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.300457 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  19.18 
 
 		 876 aa  103  9e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0373854 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03430  putative exoribonuclease  22.41 
 
 		 735 aa  103  1e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0394  ribonuclease R  20.98 
 
 		 801 aa  103  1e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00157968  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4935  ribonuclease R  19.32 
 
 		 877 aa  102  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0747  ribonuclease R  20.1 
 
 		 903 aa  102  2e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.197271  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1303  exoribonuclease R  21.11 
 
 		 779 aa  102  4e-20  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00042422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  22.59 
 
 		 710 aa  101  5e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1200  ribonuclease R  20.78 
 
 		 751 aa  101  6e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  22.59 
 
 		 710 aa  100  8e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1015  exoribonuclease R  21.41 
 
 		 810 aa  100  8e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  20.08 
 
 		 906 aa  100  9e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  18.61 
 
 		 877 aa  100  9e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  20.27 
 
 		 907 aa  100  9e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1581  ribonuclease R  20.94 
 
 		 813 aa  100  1e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.917433  normal  0.242875 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  20.03 
 
 		 828 aa  99.4  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  19.71 
 
 		 792 aa  99.4  2e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0767  exoribonuclease R  20.27 
 
 		 822 aa  99.4  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.630081  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1232  ribonuclease R  21.57 
 
 		 736 aa  99  3e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3602  exoribonuclease R  20.79 
 
 		 818 aa  99  3e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  21.57 
 
 		 749 aa  99.4  3e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3965  ribonuclease R  20.84 
 
 		 827 aa  97.4  8e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.120955  normal  0.449748 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  21.23 
 
 		 812 aa  97.4  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4729  exoribonuclease R  21.23 
 
 		 812 aa  97.4  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  21.23 
 
 		 812 aa  97.4  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.717168 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  20.87 
 
 		 813 aa  96.7  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  20.87 
 
 		 813 aa  96.3  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  21.72 
 
 		 812 aa  96.3  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0576  ribonuclease R  21.08 
 
 		 749 aa  96.3  2e-18  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1019  ribonuclease R  23.01 
 
 		 694 aa  95.9  3e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000144778  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  19.76 
 
 		 812 aa  95.5  3e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  19.44 
 
 		 808 aa  94.7  5e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  19.44 
 
 		 808 aa  94.7  5e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>