More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Syncc9902_1161 on replicon NC_007513
Organism: Synechococcus sp. CC9902



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008820  P9303_14471  putative acetazolamide conferring resistance protein Zam  60 
 
 		 796 aa  908    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1161  RNA binding S1  100 
 
 		 784 aa  1588    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.140399  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1314  RNA binding S1  65.51 
 
 		 773 aa  995    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.207227 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0360  RNA binding S1:cold shock protein  38.39 
 
 		 765 aa  567  1e-160  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.2133  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09151  putative acetazolamide conferring resistance protein Zam  39.1 
 
 		 760 aa  564  1.0000000000000001e-159  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000238472 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10421  putative acetazolamide conferring resistance protein Zam  37.86 
 
 		 769 aa  554  1e-156  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.931628  hitchhiker  0.000483277 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10211  putative acetazolamide conferring resistance protein Zam  31.62 
 
 		 753 aa  473  1e-132  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10221  putative acetazolamide conferring resistance protein Zam  32.06 
 
 		 740 aa  466  9.999999999999999e-131  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.222405  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09231  putative acetazolamide conferring resistance protein Zam  31.19 
 
 		 740 aa  462  9.999999999999999e-129  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.124086  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0953  RNA binding S1  32.06 
 
 		 739 aa  459  1e-127  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.472283  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0549  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  33.42 
 
 		 783 aa  342  2e-92  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.442665 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1800  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  34.31 
 
 		 784 aa  339  1.9999999999999998e-91  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1911  cold shock protein  33.16 
 
 		 745 aa  332  2e-89  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.725568 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3422  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  32.65 
 
 		 750 aa  326  1e-87  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1545  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  32.87 
 
 		 750 aa  325  2e-87  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.405162  normal  0.0471328 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1518  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  32.87 
 
 		 750 aa  325  2e-87  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4503  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  32.17 
 
 		 764 aa  317  4e-85  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.790425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1511  RNAse R  32.96 
 
 		 766 aa  312  1e-83  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.193382 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  24.26 
 
 		 759 aa  168  4e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  23.49 
 
 		 763 aa  161  5e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  23.31 
 
 		 763 aa  156  2e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  23.87 
 
 		 722 aa  153  1e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1172  ribonuclease R  24.16 
 
 		 777 aa  150  1.0000000000000001e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000369652  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15730  ribonuclease R  23.74 
 
 		 706 aa  147  1e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000333488  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  23.87 
 
 		 752 aa  145  2e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2601  ribonuclease R  22.51 
 
 		 737 aa  143  9.999999999999999e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0821887  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0273  ribonuclease R  25.44 
 
 		 770 aa  143  9.999999999999999e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.673615 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0280  exoribonuclease II  23.92 
 
 		 705 aa  142  3e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000108449  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  22.96 
 
 		 737 aa  141  3.9999999999999997e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  23.16 
 
 		 762 aa  141  3.9999999999999997e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0351  ribonuclease R  23.7 
 
 		 803 aa  138  4e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1938  ribonuclease R  22.83 
 
 		 829 aa  137  8e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.751615  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0747  ribonuclease R  24.64 
 
 		 903 aa  134  6e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.197271  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  21.99 
 
 		 937 aa  134  6e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4935  ribonuclease R  22.63 
 
 		 877 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  22.28 
 
 		 859 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  24.89 
 
 		 715 aa  133  1.0000000000000001e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  22.49 
 
 		 877 aa  133  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  22.18 
 
 		 857 aa  133  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  22.99 
 
 		 758 aa  131  4.0000000000000003e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  22.49 
 
 		 876 aa  130  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0373854 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  21.94 
 
 		 857 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1976  ribonuclease R  23.3 
 
 		 755 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  21.94 
 
 		 857 aa  129  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  22.06 
 
 		 828 aa  128  5e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2388  ribonuclease R  22.18 
 
 		 815 aa  127  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  23.13 
 
 		 808 aa  126  1e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  22.99 
 
 		 804 aa  126  2e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  22.99 
 
 		 810 aa  126  2e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  22.94 
 
 		 833 aa  126  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  22.99 
 
 		 806 aa  126  2e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  23.34 
 
 		 806 aa  125  3e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  22.99 
 
 		 808 aa  125  3e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  22.99 
 
 		 808 aa  125  3e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  22.93 
 
 		 806 aa  125  3e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  22.9 
 
 		 826 aa  125  3e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00085  ribonuclease R  22.76 
 
 		 830 aa  125  3e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  23.13 
 
 		 720 aa  125  4e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  22.86 
 
 		 812 aa  125  4e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  23.15 
 
 		 819 aa  124  7e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2010  ribonuclease R  22.48 
 
 		 709 aa  124  9e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000115062  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  21.26 
 
 		 861 aa  122  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0181  ribonuclease R  21.9 
 
 		 766 aa  122  3.9999999999999996e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.129563  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1066  ribonuclease R  22.08 
 
 		 827 aa  121  6e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152985  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  21.93 
 
 		 907 aa  121  6e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1522  ribonuclease R  22.08 
 
 		 827 aa  121  6e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351431  normal  0.0857248 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1546  ribonuclease R  22.08 
 
 		 827 aa  121  6e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0569328  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  22.42 
 
 		 814 aa  120  7e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  22.76 
 
 		 710 aa  120  9.999999999999999e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0106  hypothetical protein  21.36 
 
 		 726 aa  119  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  21.8 
 
 		 906 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1353  ribonuclease R  23.78 
 
 		 722 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00219332  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2237  ribonuclease R  21.22 
 
 		 770 aa  119  1.9999999999999998e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  22.76 
 
 		 710 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0091  hypothetical protein  21.23 
 
 		 726 aa  119  3e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0462  exoribonuclease II  21.73 
 
 		 750 aa  119  3e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4688  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  21.88 
 
 		 828 aa  118  3.9999999999999997e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00492754  normal  0.623158 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  23.26 
 
 		 813 aa  117  6e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  21.31 
 
 		 788 aa  117  8.999999999999998e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  23.2 
 
 		 813 aa  116  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  23.2 
 
 		 813 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  23.2 
 
 		 813 aa  116  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002268  ribonuclease R  22.93 
 
 		 834 aa  116  2.0000000000000002e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  22.56 
 
 		 801 aa  116  2.0000000000000002e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  23.29 
 
 		 812 aa  116  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1697  ribonuclease R  21.91 
 
 		 817 aa  115  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.892677 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1686  ribonuclease R  21.55 
 
 		 818 aa  115  4.0000000000000004e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.133651 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3602  exoribonuclease R  23.13 
 
 		 818 aa  115  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1891  ribonuclease R  21.43 
 
 		 746 aa  115  5e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  23.35 
 
 		 812 aa  115  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001500  ribonuclease R  21.95 
 
 		 748 aa  114  5e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.77708  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1565  ribonuclease R  21.43 
 
 		 746 aa  115  5e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000702631 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0774  ribonuclease R  24.02 
 
 		 886 aa  114  6e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.223929 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2519  ribonuclease R  21.13 
 
 		 895 aa  114  6e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000714577  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  22.16 
 
 		 810 aa  114  8.000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  23.12 
 
 		 758 aa  114  8.000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  23.07 
 
 		 813 aa  114  9e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  23.07 
 
 		 813 aa  114  9e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  23.07 
 
 		 813 aa  114  9e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  23.07 
 
 		 813 aa  114  9e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>