More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Synpcc7942_1911 on replicon NC_007604
Organism: Synechococcus elongatus PCC 7942



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011884  Cyan7425_4503  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  48.79 
 
 		 764 aa  639    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.790425  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1800  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  50.33 
 
 		 784 aa  688    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0549  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  49.4 
 
 		 783 aa  676    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.442665 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3422  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  46.4 
 
 		 750 aa  642    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1518  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  48.31 
 
 		 750 aa  670    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1911  cold shock protein  100 
 
 		 745 aa  1503    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.725568 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1511  RNAse R  47.86 
 
 		 766 aa  652    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.193382 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1545  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  48.31 
 
 		 750 aa  670    Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.405162  normal  0.0471328 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14471  putative acetazolamide conferring resistance protein Zam  33.29 
 
 		 796 aa  330  8e-89  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1161  RNA binding S1  33.16 
 
 		 784 aa  321  3e-86  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.140399  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1314  RNA binding S1  33.5 
 
 		 773 aa  311  2e-83  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.207227 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0360  RNA binding S1:cold shock protein  27.03 
 
 		 765 aa  281  2e-74  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.2133  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10221  putative acetazolamide conferring resistance protein Zam  27.65 
 
 		 740 aa  282  2e-74  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.222405  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09151  putative acetazolamide conferring resistance protein Zam  28.72 
 
 		 760 aa  278  2e-73  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000238472 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15730  ribonuclease R  29.04 
 
 		 706 aa  275  2.0000000000000002e-72  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000333488  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10211  putative acetazolamide conferring resistance protein Zam  27.39 
 
 		 753 aa  275  3e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0953  RNA binding S1  28.25 
 
 		 739 aa  274  6e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.472283  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  27.52 
 
 		 788 aa  271  2.9999999999999997e-71  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10421  putative acetazolamide conferring resistance protein Zam  27.41 
 
 		 769 aa  267  5e-70  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.931628  hitchhiker  0.000483277 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  26.22 
 
 		 758 aa  265  3e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0280  exoribonuclease II  27.37 
 
 		 705 aa  263  1e-68  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000108449  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09231  putative acetazolamide conferring resistance protein Zam  27.51 
 
 		 740 aa  262  2e-68  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.124086  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  25.83 
 
 		 762 aa  261  3e-68  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0450  VacB/RNase II family exoribonuclease  25.85 
 
 		 792 aa  253  8.000000000000001e-66  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  26.53 
 
 		 751 aa  252  1e-65  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  28.12 
 
 		 857 aa  252  2e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  28.3 
 
 		 857 aa  252  2e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2108  ribonuclease R  26.69 
 
 		 716 aa  252  2e-65  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0218671  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  26.38 
 
 		 751 aa  252  2e-65  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2010  ribonuclease R  25.74 
 
 		 709 aa  251  5e-65  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000115062  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  28.18 
 
 		 857 aa  250  7e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0273  ribonuclease R  29.37 
 
 		 770 aa  249  2e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.673615 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  29.45 
 
 		 715 aa  248  4e-64  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  25.38 
 
 		 806 aa  248  4e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0747  ribonuclease R  27.68 
 
 		 903 aa  247  4.9999999999999997e-64  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.197271  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  25.38 
 
 		 810 aa  247  6e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  25.38 
 
 		 808 aa  247  6.999999999999999e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  25.38 
 
 		 804 aa  247  6.999999999999999e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  25.38 
 
 		 808 aa  247  6.999999999999999e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  25.24 
 
 		 808 aa  246  8e-64  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  25.38 
 
 		 806 aa  246  8e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  25.38 
 
 		 806 aa  246  9e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  27.82 
 
 		 871 aa  246  9.999999999999999e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  27.25 
 
 		 710 aa  245  1.9999999999999999e-63  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  28.43 
 
 		 706 aa  245  1.9999999999999999e-63  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  25.24 
 
 		 812 aa  245  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  25.8 
 
 		 814 aa  245  1.9999999999999999e-63  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  27.16 
 
 		 710 aa  245  1.9999999999999999e-63  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  27.67 
 
 		 859 aa  243  6e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  25.91 
 
 		 828 aa  243  7.999999999999999e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0146  ribonuclease R  26.34 
 
 		 757 aa  243  1e-62  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.234188  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  25.52 
 
 		 792 aa  242  1e-62  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0805  ribonuclease R  25.27 
 
 		 790 aa  241  5e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.127645  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0821  ribonuclease R  25.27 
 
 		 790 aa  241  5e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  26.56 
 
 		 870 aa  240  5.999999999999999e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4935  ribonuclease R  26.64 
 
 		 877 aa  239  1e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  27.25 
 
 		 876 aa  238  2e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0373854 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1164  ribonuclease R  27.75 
 
 		 848 aa  239  2e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.284134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  27.01 
 
 		 877 aa  238  4e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  27.91 
 
 		 819 aa  238  4e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  27.32 
 
 		 864 aa  237  5.0000000000000005e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0181  ribonuclease R  25.69 
 
 		 766 aa  237  6e-61  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.129563  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  25.73 
 
 		 801 aa  237  6e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  26.23 
 
 		 810 aa  236  9e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1565  ribonuclease R  26.54 
 
 		 746 aa  236  1.0000000000000001e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000702631 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1891  ribonuclease R  26.54 
 
 		 746 aa  236  1.0000000000000001e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2866  ribonuclease R  27.22 
 
 		 716 aa  235  2.0000000000000002e-60  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0172601  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3417  ribonuclease R  26.6 
 
 		 834 aa  235  2.0000000000000002e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.629084 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1629  ribonuclease R  24.03 
 
 		 709 aa  234  3e-60  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.290975 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  26.36 
 
 		 759 aa  234  4.0000000000000004e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0752  ribonuclease R  27.02 
 
 		 794 aa  234  5e-60  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  26.5 
 
 		 763 aa  234  5e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2420  ribonuclease R  25.61 
 
 		 770 aa  234  6e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.173356  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1522  ribonuclease R  26.25 
 
 		 827 aa  233  7.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351431  normal  0.0857248 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0770  ribonuclease R  26.24 
 
 		 708 aa  233  7.000000000000001e-60  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.246847  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  27.32 
 
 		 812 aa  233  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1066  ribonuclease R  26.25 
 
 		 827 aa  233  1e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152985  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1546  ribonuclease R  26.25 
 
 		 827 aa  233  1e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0569328  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  27.61 
 
 		 826 aa  231  3e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  26.05 
 
 		 840 aa  231  5e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  27.48 
 
 		 833 aa  230  6e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1697  ribonuclease R  25.77 
 
 		 817 aa  230  7e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.892677 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2101  RNAse R  25.48 
 
 		 771 aa  229  1e-58  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000122542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4688  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  25.96 
 
 		 828 aa  229  1e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00492754  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2519  ribonuclease R  26.25 
 
 		 895 aa  229  1e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000714577  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2092  RNAse R  25.98 
 
 		 876 aa  229  1e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.300457 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  27.26 
 
 		 812 aa  229  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2237  ribonuclease R  25.28 
 
 		 770 aa  228  2e-58  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  27.32 
 
 		 812 aa  228  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.717168 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  26.76 
 
 		 937 aa  228  3e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  27.32 
 
 		 812 aa  228  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  27.3 
 
 		 813 aa  228  3e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4729  exoribonuclease R  27.32 
 
 		 812 aa  228  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  27.3 
 
 		 813 aa  228  4e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  27.3 
 
 		 813 aa  228  4e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  27.3 
 
 		 813 aa  228  4e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  27.3 
 
 		 813 aa  227  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  27.3 
 
 		 813 aa  227  6e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  27.3 
 
 		 813 aa  227  6e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  27.3 
 
 		 813 aa  227  6e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>