More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmwyl1_2205 on replicon NC_009654
Organism: Marinomonas sp. MWYL1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009654  Mmwyl1_2205  pseudouridine synthase  100 
 
 		 242 aa  508  1e-143  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.323157 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3171  tRNA pseudouridine synthase C  43.22 
 
 		 260 aa  205  6e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03241  tRNA pseudouridine synthase C  44.35 
 
 		 255 aa  205  7e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0411  tRNA pseudouridine synthase C  43.64 
 
 		 244 aa  205  7e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0935  tRNA pseudouridine synthase C  47.06 
 
 		 266 aa  204  9e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00065013  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3366  tRNA pseudouridine synthase C  47.06 
 
 		 261 aa  204  1e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.116388  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3796  tRNA pseudouridine synthase C  46.41 
 
 		 256 aa  204  1e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000461215 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002742  tRNA pseudouridine synthase C  45.15 
 
 		 256 aa  203  2e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.766432  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2987  tRNA pseudouridine synthase C  44.49 
 
 		 261 aa  203  2e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3441  tRNA pseudouridine synthase C  43.04 
 
 		 257 aa  200  9.999999999999999e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1060  tRNA pseudouridine synthase C  43.04 
 
 		 257 aa  200  9.999999999999999e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.323786  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1007  tRNA pseudouridine synthase C  43.04 
 
 		 257 aa  200  9.999999999999999e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.228386  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3124  tRNA pseudouridine synthase C  43.22 
 
 		 260 aa  199  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.756442 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3244  tRNA pseudouridine synthase C  43.51 
 
 		 261 aa  199  3.9999999999999996e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.392486 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3095  tRNA pseudouridine synthase C  43.22 
 
 		 260 aa  198  7e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.352774  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3187  tRNA pseudouridine synthase C  43.22 
 
 		 260 aa  197  7.999999999999999e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.719199 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3286  tRNA pseudouridine synthase C  43.22 
 
 		 260 aa  198  7.999999999999999e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.195915  normal  0.923379 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02636  tRNA pseudouridine synthase  43.22 
 
 		 260 aa  197  9e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.908245  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0897  pseudouridine synthase  43.22 
 
 		 260 aa  197  9e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02598  hypothetical protein  43.22 
 
 		 260 aa  197  9e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.908938  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0921  tRNA pseudouridine synthase C  43.22 
 
 		 260 aa  197  9e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2931  tRNA pseudouridine synthase C  43.22 
 
 		 260 aa  197  9e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.980626 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3081  tRNA pseudouridine synthase C  43.22 
 
 		 260 aa  197  9e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.495199  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2935  tRNA pseudouridine synthase C  43.22 
 
 		 260 aa  197  9e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3171  tRNA pseudouridine synthase C  43.22 
 
 		 260 aa  197  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.316896  normal  0.156294 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4054  tRNA pseudouridine synthase C  43.22 
 
 		 260 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3106  tRNA pseudouridine synthase C  43.22 
 
 		 260 aa  197  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3184  pseudouridylate synthase  43.35 
 
 		 252 aa  194  1e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.575849  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0854  tRNA pseudouridine synthase C  44.98 
 
 		 234 aa  194  2e-48  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219419  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2358  pseudouridine synthase  39.41 
 
 		 225 aa  191  7e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0324179  normal  0.496956 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0267  tRNA pseudouridine synthase C  42.68 
 
 		 270 aa  189  4e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3406  pseudouridine synthase  42.74 
 
 		 244 aa  189  5e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0321433 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  42.5 
 
 		 242 aa  188  7e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1339  pseudouridylate synthase  42.31 
 
 		 275 aa  187  1e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1546  pseudouridylate synthase  43.5 
 
 		 298 aa  186  3e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1262  pseudouridylate synthase  41.95 
 
 		 293 aa  185  5e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.308846  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03037  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  37.92 
 
 		 265 aa  185  6e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2643  pseudouridylate synthase  41.77 
 
 		 273 aa  184  8e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.998826 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1214  pseudouridine synthase  41.35 
 
 		 256 aa  184  9e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0262969  normal  0.0773079 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1821  pseudouridylate synthase  40.93 
 
 		 256 aa  182  3e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  40.35 
 
 		 263 aa  183  3e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3160  RNA pseudouridine synthase family protein  39.83 
 
 		 250 aa  181  9.000000000000001e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.466098  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1442  pseudouridine synthase  41.1 
 
 		 287 aa  179  4e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1436  pseudouridine synthase  41.1 
 
 		 287 aa  179  4e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0611  pseudouridine synthase  39.66 
 
 		 241 aa  179  4e-44  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1472  pseudouridine synthase  41.1 
 
 		 287 aa  179  4e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.329833  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3220  transaldolase  39.06 
 
 		 648 aa  177  1e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0279  pseudouridine synthase  42.99 
 
 		 252 aa  176  3e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000931063  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2911  pseudouridine synthase  40.25 
 
 		 287 aa  176  3e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.131097  normal  0.387721 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1131  pseudouridylate synthase  40.08 
 
 		 258 aa  176  3e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2110  pseudouridine synthase  41.53 
 
 		 245 aa  176  3e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0076  pseudouridine synthase  39.37 
 
 		 228 aa  174  9.999999999999999e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.694832  normal  0.499098 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2824  tRNA pseudouridine synthase C  40.25 
 
 		 284 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2650  tRNA pseudouridine synthase C  41.7 
 
 		 284 aa  172  5e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2717  tRNA pseudouridine synthase C  41.7 
 
 		 284 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3649  tRNA pseudouridine synthase C  36.04 
 
 		 304 aa  169  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3169  pseudouridylate synthase  38.89 
 
 		 278 aa  170  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1054  tRNA pseudouridine synthase C  44.02 
 
 		 235 aa  169  3e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3329  pseudouridine synthase  40.25 
 
 		 245 aa  169  4e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.346808  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3289  pseudouridine synthase  38.53 
 
 		 285 aa  169  5e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.629665  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0254  pseudouridine synthase  40 
 
 		 249 aa  167  1e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  41.63 
 
 		 246 aa  166  2e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2894  tRNA pseudouridine synthase C  39.08 
 
 		 261 aa  166  2.9999999999999998e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2478  pseudouridine synthase  38.68 
 
 		 319 aa  164  1.0000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.383615 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2891  pseudouridine synthase  35.86 
 
 		 284 aa  161  7e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3296  pseudouridine synthase  39.04 
 
 		 258 aa  152  5.9999999999999996e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2278  tRNA pseudouridine synthase C  39.65 
 
 		 277 aa  151  1e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0554113  hitchhiker  0.00000285246 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2505  tRNA pseudouridine synthase C  40.97 
 
 		 268 aa  149  3e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.0153229 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1355  pseudouridine synthase  40.97 
 
 		 268 aa  149  3e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.420116  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02767  tRNA pseudouridine synthase C  36.84 
 
 		 238 aa  135  7.000000000000001e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.175179  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0177  pseudouridine synthase  37.26 
 
 		 253 aa  130  1.0000000000000001e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  37.76 
 
 		 319 aa  123  3e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1594  RluA family pseudouridine synthase  33.76 
 
 		 329 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0260553  normal  0.0130241 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_15960  predicted protein  32.91 
 
 		 325 aa  117  1.9999999999999998e-25  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.713821  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  37.28 
 
 		 560 aa  115  8.999999999999998e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2380  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 238 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0555647  normal  0.85539 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  33.05 
 
 		 330 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  33.91 
 
 		 362 aa  113  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1174  RluA family pseudouridine synthase  34.76 
 
 		 399 aa  113  3e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.539633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4787  RluA family pseudouridine synthase  33.91 
 
 		 334 aa  112  4.0000000000000004e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.495822 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1931  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.34 
 
 		 195 aa  112  4.0000000000000004e-24  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.176665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.6 
 
 		 320 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2642  pseudouridine synthase, RluA family  33.47 
 
 		 339 aa  112  5e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.704369  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2633  lysozyme  33.19 
 
 		 325 aa  112  5e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000151513 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1563  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.03 
 
 		 322 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.151804 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0604  pseudouridine synthase, RluD  33.2 
 
 		 341 aa  110  1.0000000000000001e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.206987 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2576  RNA pseudouridylate synthase family protein  30.68 
 
 		 244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0224111  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3085  RluA family pseudouridine synthase  33.9 
 
 		 398 aa  110  2.0000000000000002e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.780286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4308  pseudouridine synthase, RluA family  33.19 
 
 		 323 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4177  pseudouridine synthase, RluD  32.77 
 
 		 318 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.463318  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.05 
 
 		 329 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4330  pseudouridine synthase, RluA family  32.77 
 
 		 323 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.05 
 
 		 329 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2093  pseudouridine synthase  36.05 
 
 		 260 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000796384  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2033  RluA family pseudouridine synthase  32.77 
 
 		 319 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.904373  normal  0.0708013 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  31.95 
 
 		 325 aa  108  6e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2503  RluA family pseudouridine synthase  33.76 
 
 		 319 aa  108  6e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.721496  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0591  RluA family pseudouridine synthase  33.76 
 
 		 322 aa  108  6e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0464018 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0995  pseudouridine synthase, RluA family  31.8 
 
 		 302 aa  108  8.000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.388874  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  33.47 
 
 		 339 aa  108  9.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.14313 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>