More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mesil_3007 on replicon NC_014212
Organism: Meiothermus silvanus DSM 9946



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014212  Mesil_3007  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 322 aa  640    Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2749  tRNA pseudouridine synthase B  69.16 
 
 		 309 aa  432  1e-120  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0761  tRNA pseudouridine synthase B  42.77 
 
 		 312 aa  213  3.9999999999999995e-54  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.634886  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  38.06 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  36.84 
 
 		 297 aa  163  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  36.84 
 
 		 297 aa  163  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  36.84 
 
 		 297 aa  163  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  36.36 
 
 		 293 aa  158  9e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1642  tRNA pseudouridine synthase B  32.21 
 
 		 283 aa  158  1e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0827  tRNA pseudouridine synthase B  36.79 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000378584 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  35.05 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  33.13 
 
 		 298 aa  157  3e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  35.71 
 
 		 294 aa  155  6e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08010  tRNA pseudouridine 55 synthase  36.77 
 
 		 340 aa  155  8e-37  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.608305 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2487  tRNA pseudouridine synthase B  39.53 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.447446  normal  0.464709 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1105  tRNA pseudouridine synthase B  36.83 
 
 		 313 aa  153  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.26874  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  38.44 
 
 		 289 aa  153  4e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  28.91 
 
 		 309 aa  152  5.9999999999999996e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  33.91 
 
 		 304 aa  152  8e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1807  tRNA pseudouridine synthase B  33.87 
 
 		 340 aa  152  8e-36  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.098308  normal  0.268652 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0640  tRNA pseudouridine synthase B  35.38 
 
 		 298 aa  152  8e-36  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.951154  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1727  tRNA pseudouridine synthase B  37.69 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1165  tRNA pseudouridine synthase B  36.53 
 
 		 313 aa  150  2e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.705511  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1233  tRNA pseudouridine synthase B  36.23 
 
 		 313 aa  150  3e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0870856  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  38.55 
 
 		 371 aa  149  6e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  33.33 
 
 		 305 aa  149  8e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  32.07 
 
 		 301 aa  149  9e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1021  tRNA pseudouridine synthase B  33.97 
 
 		 333 aa  148  1.0000000000000001e-34  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3558  tRNA pseudouridine synthase B  39.76 
 
 		 327 aa  148  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.567602  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  32.65 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  32.09 
 
 		 304 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  31.99 
 
 		 304 aa  146  6e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  34.33 
 
 		 292 aa  145  7.0000000000000006e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  38.93 
 
 		 299 aa  145  7.0000000000000006e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1186  tRNA pseudouridine synthase B  36.43 
 
 		 313 aa  145  8.000000000000001e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.372827 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  35.29 
 
 		 299 aa  145  1e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1692  tRNA pseudouridine synthase B  28.84 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0229  tRNA pseudouridine synthase B  32.54 
 
 		 368 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00860319  normal  0.483452 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  33.65 
 
 		 291 aa  145  1e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  33.53 
 
 		 304 aa  145  1e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0603  tRNA pseudouridine synthase B  32.14 
 
 		 351 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  30.72 
 
 		 303 aa  143  3e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2293  tRNA pseudouridine synthase B  36.17 
 
 		 299 aa  144  3e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  32.3 
 
 		 305 aa  143  4e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  33.12 
 
 		 336 aa  143  4e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  35.87 
 
 		 303 aa  142  5e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  35.52 
 
 		 295 aa  142  6e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  31.91 
 
 		 291 aa  142  6e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0438  tRNA pseudouridine synthase B  37.55 
 
 		 366 aa  142  6e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09390  tRNA pseudouridine 55 synthase  35.02 
 
 		 334 aa  142  6e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.86572 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  37.41 
 
 		 314 aa  142  6e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2609  tRNA pseudouridine synthase B  37.02 
 
 		 354 aa  142  7e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  32.09 
 
 		 307 aa  142  7e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  33.22 
 
 		 301 aa  142  7e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  31.54 
 
 		 294 aa  142  9e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1449  tRNA pseudouridine synthase B  37.63 
 
 		 301 aa  142  9.999999999999999e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00175949  normal  0.371099 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1144  tRNA pseudouridine synthase B  37.54 
 
 		 315 aa  142  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.431473  normal  0.105946 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  37.25 
 
 		 289 aa  141  9.999999999999999e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  37.5 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0541  tRNA pseudouridine synthase B  38.19 
 
 		 318 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.578827  normal  0.242004 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1212  tRNA pseudouridine synthase B  29.63 
 
 		 288 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.977984  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  35.89 
 
 		 300 aa  141  1.9999999999999998e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  34.4 
 
 		 306 aa  141  1.9999999999999998e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  36.9 
 
 		 302 aa  141  1.9999999999999998e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  31.94 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  32.6 
 
 		 299 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4620  tRNA pseudouridine synthase B  37.02 
 
 		 335 aa  140  3e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29706  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0482  tRNA pseudouridine synthase B  35.74 
 
 		 387 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.266724  normal  0.260963 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  34.04 
 
 		 293 aa  140  3e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  30.46 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  35.44 
 
 		 322 aa  139  4.999999999999999e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1745  pseudouridine synthase  36.3 
 
 		 387 aa  139  4.999999999999999e-32  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  30.38 
 
 		 299 aa  139  4.999999999999999e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0033  tRNA pseudouridine synthase B  35.74 
 
 		 412 aa  139  6e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  34.54 
 
 		 310 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  35.49 
 
 		 310 aa  139  6e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  34.54 
 
 		 310 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  32.63 
 
 		 363 aa  139  6e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0059  tRNA pseudouridine synthase B  33.13 
 
 		 366 aa  139  8.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  33.82 
 
 		 295 aa  139  8.999999999999999e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  34.47 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  33.33 
 
 		 293 aa  138  2e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3808  tRNA pseudouridine synthase B  34.7 
 
 		 324 aa  137  2e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0201981 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  33.12 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  33.63 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  31.37 
 
 		 305 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  33.33 
 
 		 314 aa  136  5e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0612  tRNA pseudouridine synthase B  28.4 
 
 		 298 aa  136  5e-31  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.259864  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  32.53 
 
 		 306 aa  136  5e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3048  tRNA pseudouridine synthase B  35.32 
 
 		 318 aa  136  5e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0039  tRNA pseudouridine synthase B  31.78 
 
 		 310 aa  136  6.0000000000000005e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651075  normal  0.326168 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5113  tRNA pseudouridine synthase B  32.36 
 
 		 308 aa  136  6.0000000000000005e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.679584 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3725  tRNA pseudouridine synthase B  34.95 
 
 		 342 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0838427 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2227  tRNA pseudouridine synthase B  30.03 
 
 		 313 aa  135  7.000000000000001e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00164056  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  34.81 
 
 		 310 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  31.99 
 
 		 306 aa  135  8e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  31.91 
 
 		 297 aa  135  9e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07030  tRNA pseudouridine synthase B  36.07 
 
 		 298 aa  135  9.999999999999999e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  30.41 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2921  tRNA pseudouridine synthase B  37.45 
 
 		 341 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0697495  normal  0.0719894 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>