More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3296 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3296  pseudouridine synthase  100 
 
 		 258 aa  511  1e-144  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1355  pseudouridine synthase  67.58 
 
 		 268 aa  327  2.0000000000000001e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.420116  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2505  tRNA pseudouridine synthase C  67.58 
 
 		 268 aa  327  2.0000000000000001e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.0153229 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2478  pseudouridine synthase  66.54 
 
 		 319 aa  318  6e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.383615 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2278  tRNA pseudouridine synthase C  63.57 
 
 		 277 aa  307  8e-83  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0554113  hitchhiker  0.00000285246 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  50.67 
 
 		 242 aa  211  7e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2110  pseudouridine synthase  49.78 
 
 		 245 aa  206  4e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3095  tRNA pseudouridine synthase C  49.11 
 
 		 260 aa  202  5e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.352774  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02636  tRNA pseudouridine synthase  50 
 
 		 260 aa  201  8e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.908245  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0897  pseudouridine synthase  50 
 
 		 260 aa  201  8e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2931  tRNA pseudouridine synthase C  50 
 
 		 260 aa  201  8e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.980626 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0921  tRNA pseudouridine synthase C  50 
 
 		 260 aa  201  8e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3081  tRNA pseudouridine synthase C  50 
 
 		 260 aa  201  8e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.495199  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2935  tRNA pseudouridine synthase C  50 
 
 		 260 aa  201  8e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02598  hypothetical protein  50 
 
 		 260 aa  201  8e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.908938  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4054  tRNA pseudouridine synthase C  50 
 
 		 260 aa  201  9e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3220  transaldolase  46.89 
 
 		 648 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0411  tRNA pseudouridine synthase C  46.32 
 
 		 244 aa  197  2.0000000000000003e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3796  tRNA pseudouridine synthase C  43.58 
 
 		 256 aa  195  7e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000461215 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0267  tRNA pseudouridine synthase C  50.68 
 
 		 270 aa  194  1e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1821  pseudouridylate synthase  45.65 
 
 		 256 aa  193  2e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3244  tRNA pseudouridine synthase C  47.32 
 
 		 261 aa  193  2e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.392486 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3441  tRNA pseudouridine synthase C  42.86 
 
 		 257 aa  192  4e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1060  tRNA pseudouridine synthase C  42.86 
 
 		 257 aa  192  4e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.323786  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1007  tRNA pseudouridine synthase C  42.86 
 
 		 257 aa  192  4e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.228386  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3160  RNA pseudouridine synthase family protein  49.77 
 
 		 250 aa  191  8e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.466098  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0611  pseudouridine synthase  45.87 
 
 		 241 aa  191  1e-47  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1214  pseudouridine synthase  40.61 
 
 		 256 aa  190  2e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0262969  normal  0.0773079 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1131  pseudouridylate synthase  44.31 
 
 		 258 aa  189  4e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2987  tRNA pseudouridine synthase C  42.41 
 
 		 261 aa  189  5.999999999999999e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1546  pseudouridylate synthase  45.58 
 
 		 298 aa  188  9e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002742  tRNA pseudouridine synthase C  43.81 
 
 		 256 aa  187  1e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.766432  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0935  tRNA pseudouridine synthase C  42.53 
 
 		 266 aa  186  2e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00065013  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3124  tRNA pseudouridine synthase C  46.9 
 
 		 260 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.756442 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0854  tRNA pseudouridine synthase C  44.05 
 
 		 234 aa  186  3e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219419  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03241  tRNA pseudouridine synthase C  43.3 
 
 		 255 aa  185  6e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3286  tRNA pseudouridine synthase C  46.9 
 
 		 260 aa  185  7e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.195915  normal  0.923379 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3187  tRNA pseudouridine synthase C  46.9 
 
 		 260 aa  185  7e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.719199 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3171  tRNA pseudouridine synthase C  46.9 
 
 		 260 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.316896  normal  0.156294 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3106  tRNA pseudouridine synthase C  46.9 
 
 		 260 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3366  tRNA pseudouridine synthase C  42.08 
 
 		 261 aa  182  6e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.116388  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3171  tRNA pseudouridine synthase C  41.25 
 
 		 260 aa  181  8.000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3329  pseudouridine synthase  44.49 
 
 		 245 aa  181  1e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.346808  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1339  pseudouridylate synthase  42.68 
 
 		 275 aa  178  7e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1262  pseudouridylate synthase  41.87 
 
 		 293 aa  178  7e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.308846  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1472  pseudouridine synthase  43.48 
 
 		 287 aa  177  1e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.329833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1436  pseudouridine synthase  43.48 
 
 		 287 aa  177  1e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1054  tRNA pseudouridine synthase C  50.68 
 
 		 235 aa  177  1e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1442  pseudouridine synthase  43.36 
 
 		 287 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2894  tRNA pseudouridine synthase C  47.32 
 
 		 261 aa  176  2e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  43.04 
 
 		 263 aa  177  2e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  49.54 
 
 		 246 aa  177  2e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3406  pseudouridine synthase  41.95 
 
 		 244 aa  176  4e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0321433 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2824  tRNA pseudouridine synthase C  42.11 
 
 		 284 aa  176  4e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2717  tRNA pseudouridine synthase C  42.11 
 
 		 284 aa  175  6e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2650  tRNA pseudouridine synthase C  42.11 
 
 		 284 aa  175  8e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2911  pseudouridine synthase  39.15 
 
 		 287 aa  174  9e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.131097  normal  0.387721 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0279  pseudouridine synthase  41.67 
 
 		 252 aa  174  9.999999999999999e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000931063  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2891  pseudouridine synthase  41.78 
 
 		 284 aa  172  5e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2643  pseudouridylate synthase  42.22 
 
 		 273 aa  171  1e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.998826 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2358  pseudouridine synthase  38.82 
 
 		 225 aa  171  1e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0324179  normal  0.496956 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03037  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  41.53 
 
 		 265 aa  171  2e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0254  pseudouridine synthase  45.83 
 
 		 249 aa  169  6e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3184  pseudouridylate synthase  41.28 
 
 		 252 aa  167  1e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.575849  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0076  pseudouridine synthase  42.92 
 
 		 228 aa  167  2e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.694832  normal  0.499098 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3289  pseudouridine synthase  39.38 
 
 		 285 aa  167  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.629665  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3169  pseudouridylate synthase  40.71 
 
 		 278 aa  166  4e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3649  tRNA pseudouridine synthase C  34.45 
 
 		 304 aa  157  1e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2205  pseudouridine synthase  39.04 
 
 		 242 aa  152  5.9999999999999996e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.323157 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02767  tRNA pseudouridine synthase C  42.18 
 
 		 238 aa  141  8e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.175179  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0177  pseudouridine synthase  42.25 
 
 		 253 aa  133  3e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1563  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.77 
 
 		 322 aa  118  7.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.151804 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12940  predicted protein  35.57 
 
 		 200 aa  117  9.999999999999999e-26  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2642  pseudouridine synthase, RluA family  39.39 
 
 		 339 aa  116  3.9999999999999997e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.704369  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  37.66 
 
 		 362 aa  115  6e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1379  pseudouridine synthase, RluA family  38.14 
 
 		 370 aa  114  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1174  RluA family pseudouridine synthase  36.48 
 
 		 399 aa  114  1.0000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.539633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  38.1 
 
 		 339 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.02 
 
 		 334 aa  113  3e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1974  pseudouridine synthase  40.61 
 
 		 238 aa  112  8.000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  35.96 
 
 		 346 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0056  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.39 
 
 		 339 aa  109  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  36.09 
 
 		 376 aa  109  4.0000000000000004e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.92 
 
 		 321 aa  109  4.0000000000000004e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0073  pseudouridine synthase, RluA family  36.96 
 
 		 339 aa  108  8.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_15960  predicted protein  32.93 
 
 		 325 aa  107  2e-22  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.713821  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0061  pseudouridine synthase, RluA family  36.96 
 
 		 339 aa  107  2e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4787  RluA family pseudouridine synthase  38.26 
 
 		 334 aa  105  6e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.495822 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1322  pseudouridine synthase, RluD  34.09 
 
 		 326 aa  105  8e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000381101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2274  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.16 
 
 		 352 aa  104  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1995  pseudouridine synthase  40.79 
 
 		 241 aa  103  2e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3085  RluA family pseudouridine synthase  35.34 
 
 		 398 aa  104  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.780286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1802  RluA family pseudouridine synthase  32.42 
 
 		 304 aa  103  3e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1065  pseudouridine synthase, RluD  34.35 
 
 		 328 aa  103  3e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.901288  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.53 
 
 		 316 aa  103  4e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2080  pseudouridine synthase  39.74 
 
 		 241 aa  102  4e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.43 
 
 		 315 aa  102  6e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1600  pseudouridine synthase, RluA family  34.67 
 
 		 525 aa  102  7e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.220651  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2576  RNA pseudouridylate synthase family protein  30.47 
 
 		 244 aa  102  9e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0224111  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0480  RluA family pseudouridine synthase  33.49 
 
 		 364 aa  101  1e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.632369  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>