More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_4300 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_4300  diguanylate cyclase  100 
 
 		 580 aa  1097    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.630013  normal  0.078005 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1779  diguanylate cyclase  39.62 
 
 		 215 aa  109  1e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000143574  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0235  GAF/GGDEF domain-containing protein  36.24 
 
 		 391 aa  107  8e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0328746  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0215  GAF/GGDEF domain-containing protein  36.24 
 
 		 391 aa  107  8e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1999  diguanylate cyclase  39.09 
 
 		 612 aa  106  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1170  hypothetical protein  32.82 
 
 		 768 aa  105  2e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1176  hypothetical protein  32.82 
 
 		 768 aa  106  2e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00332  predicted diguanylate cyclase  36.69 
 
 		 371 aa  104  4e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3223  diguanylate cyclase  36.69 
 
 		 371 aa  104  4e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0415  diguanylate cyclase AdrA  36.69 
 
 		 371 aa  104  4e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00336  hypothetical protein  36.69 
 
 		 371 aa  104  4e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3247  diguanylate cyclase AdrA  36.69 
 
 		 371 aa  104  4e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0905888 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0453  diguanylate cyclase AdrA  36.69 
 
 		 371 aa  104  5e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0412  diguanylate cyclase AdrA  36.69 
 
 		 371 aa  104  5e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0302  diguanylate cyclase AdrA  36.69 
 
 		 366 aa  104  6e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4315  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.14 
 
 		 516 aa  103  8e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.44489 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1707  sensory box-containing diguanylate cyclase, putative  37.5 
 
 		 1057 aa  103  9e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0459  diguanylate cyclase AdrA  36.09 
 
 		 371 aa  103  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3854  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.14 
 
 		 516 aa  103  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.353141  normal  0.927825 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44470  transmembrane sensor cyclic di-GMP signal transduction protein  37.7 
 
 		 513 aa  103  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0422  diguanylate cyclase AdrA  36.09 
 
 		 370 aa  102  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.143029 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5883  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.25 
 
 		 516 aa  102  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0454667 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0220  diguanylate cyclase  40 
 
 		 495 aa  102  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0427  diguanylate cyclase AdrA  36.09 
 
 		 370 aa  102  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.62 
 
 		 512 aa  102  3e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0440  diguanylate cyclase AdrA  36.09 
 
 		 370 aa  102  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  42.04 
 
 		 455 aa  101  3e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0482  diguanylate cyclase AdrA  36.09 
 
 		 370 aa  102  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0421  diguanylate cyclase AdrA  36.09 
 
 		 370 aa  102  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4423  diguanylate cyclase  40.25 
 
 		 516 aa  101  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3012  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 428 aa  101  4e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000172152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3037  7TM domain sensor diguanylate cyclase  39.07 
 
 		 506 aa  100  5e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3943  diguanylate cyclase  40.25 
 
 		 495 aa  100  5e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3486  diguanylate cyclase  37.96 
 
 		 449 aa  100  7e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.121522  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1252  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.7 
 
 		 760 aa  100  9e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.849617  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1540  diguanylate cyclase  40.51 
 
 		 516 aa  100  9e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.13452 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3756  diguanylate cyclase  38.14 
 
 		 577 aa  100  9e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1685  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.58 
 
 		 585 aa  99.8  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1078  diguanylate cyclase  40.37 
 
 		 283 aa  99.4  2e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.239628  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2868  diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 555 aa  99  2e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0760  diguanylate cyclase  39.57 
 
 		 495 aa  99  2e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.126237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1034  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 283 aa  99  2e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0304  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40 
 
 		 806 aa  98.2  4e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.318704  normal  0.0663849 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  31.44 
 
 		 604 aa  97.8  4e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00702406  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3031  hypothetical protein  42.86 
 
 		 405 aa  97.4  6e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.887651  normal  0.918064 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1560  diguanylate cyclase  37.35 
 
 		 288 aa  97.4  6e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3745  putative GGDEF/cyclase  35.51 
 
 		 392 aa  97.4  6e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.35 
 
 		 531 aa  97.4  6e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5255  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.38 
 
 		 707 aa  97.1  8e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.864356  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4106  GGDEF domain/EAL domain protein  32.38 
 
 		 756 aa  96.7  9e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.624649  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0143  membrane associated GGDEF protein  32.52 
 
 		 482 aa  97.1  9e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02671  predicted signal transduction protein containing a membrane domain, an EAL and a GGDEF domain  36.67 
 
 		 531 aa  96.7  9e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6413  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.53 
 
 		 508 aa  96.3  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.905746 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1227  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.99 
 
 		 434 aa  96.7  1e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0193  diguanylate cyclase  36.89 
 
 		 450 aa  96.7  1e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0508  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.51 
 
 		 917 aa  96.3  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0729931 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3492  diguanylate cyclase  41.73 
 
 		 474 aa  96.7  1e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0588  hypothetical protein  40.99 
 
 		 903 aa  95.9  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2308  diguanylate cyclase  36.55 
 
 		 928 aa  95.9  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00466975  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.08 
 
 		 1078 aa  95.9  2e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4205  sensor diguanylate cyclase  47.69 
 
 		 642 aa  95.1  3e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.952942 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000800  GGDEF family protein  32.98 
 
 		 423 aa  95.1  3e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0410627  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1723  diguanylate cyclase  37.27 
 
 		 420 aa  95.1  3e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.428268  hitchhiker  0.00000158997 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5973  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.48 
 
 		 776 aa  95.1  3e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.177831 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  35.22 
 
 		 458 aa  95.1  3e-18  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0817  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 560 aa  95.1  3e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1166  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.51 
 
 		 780 aa  95.5  3e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1931  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.91 
 
 		 1289 aa  95.5  3e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0959119  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1067  diguanylate cyclase  28.95 
 
 		 490 aa  95.1  3e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1178  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.81 
 
 		 754 aa  95.5  3e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.578414 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2227  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 803 aa  95.1  3e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2043  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.88 
 
 		 442 aa  95.1  3e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0787924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65090  hypothetical protein  36.36 
 
 		 673 aa  95.5  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1225  GGDEF domain-containing protein  33.7 
 
 		 517 aa  94.7  4e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.489016  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 467 aa  94.7  4e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0065  GGDEF family protein  34.3 
 
 		 366 aa  94.7  4e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00648256  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00384  Putative signal protein with GGDEF and EAL domains  39.53 
 
 		 705 aa  94.7  4e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.589781  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4198  diguanylate cyclase  40.51 
 
 		 514 aa  94.7  4e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0953262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0561  diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 546 aa  94.4  5e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1006  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.93 
 
 		 730 aa  94.4  5e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.43603  normal  0.0272546 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3194  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.17 
 
 		 726 aa  94.4  5e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.178802  normal  0.0329837 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1613  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 588 aa  94.4  5e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.560816 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  39.1 
 
 		 681 aa  94.4  5e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5656  GGDEF domain-containing protein  36.73 
 
 		 629 aa  94  6e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1805  diguanylate cyclase  31.63 
 
 		 725 aa  94  6e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  30.1 
 
 		 477 aa  94  7e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1308  hypothetical protein  37.35 
 
 		 792 aa  94  7e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2517  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.75 
 
 		 614 aa  94  7e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.655073  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3219  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.5 
 
 		 554 aa  94  7e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.267477  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0495  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.89 
 
 		 907 aa  94  7e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.128556 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1311  hypothetical protein  37.35 
 
 		 792 aa  93.6  8e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0144  membrane associated GGDEF protein  32.56 
 
 		 481 aa  93.6  8e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2451  putative diguanylate cyclase  41.25 
 
 		 651 aa  93.6  8e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.20107  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1286  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.52 
 
 		 706 aa  93.6  8e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.780244 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0235  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.37 
 
 		 764 aa  94  8e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.746479  hitchhiker  0.00744793 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0221  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.41 
 
 		 786 aa  93.6  9e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1089  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.73 
 
 		 667 aa  93.6  9e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.973751  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2024  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.11 
 
 		 665 aa  93.6  9e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0042  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.5 
 
 		 719 aa  93.6  9e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.18474  hitchhiker  0.0082739 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2855  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.18 
 
 		 415 aa  93.2  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.220747  hitchhiker  0.000676798 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>