More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hhal_0254 on replicon NC_008789
Organism: Halorhodospira halophila SL1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008789  Hhal_0254  pseudouridine synthase  100 
 
 		 249 aa  494  1e-139  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  53.62 
 
 		 246 aa  221  8e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3160  RNA pseudouridine synthase family protein  53.42 
 
 		 250 aa  220  1.9999999999999999e-56  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.466098  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3184  pseudouridylate synthase  47.52 
 
 		 252 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.575849  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0411  tRNA pseudouridine synthase C  46.03 
 
 		 244 aa  209  3e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1442  pseudouridine synthase  46.25 
 
 		 287 aa  209  4e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1339  pseudouridylate synthase  45.34 
 
 		 275 aa  207  9e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0267  tRNA pseudouridine synthase C  50.82 
 
 		 270 aa  207  9e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1007  tRNA pseudouridine synthase C  47.3 
 
 		 257 aa  207  1e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.228386  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1436  pseudouridine synthase  45.85 
 
 		 287 aa  207  1e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3441  tRNA pseudouridine synthase C  47.3 
 
 		 257 aa  207  1e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1472  pseudouridine synthase  45.85 
 
 		 287 aa  207  1e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.329833  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1060  tRNA pseudouridine synthase C  47.3 
 
 		 257 aa  207  1e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.323786  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002742  tRNA pseudouridine synthase C  43.75 
 
 		 256 aa  206  2e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.766432  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2911  pseudouridine synthase  45.45 
 
 		 287 aa  205  4e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.131097  normal  0.387721 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1262  pseudouridylate synthase  46.38 
 
 		 293 aa  205  4e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.308846  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03241  tRNA pseudouridine synthase C  43.93 
 
 		 255 aa  205  4e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2824  tRNA pseudouridine synthase C  46.41 
 
 		 284 aa  204  1e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3366  tRNA pseudouridine synthase C  47.66 
 
 		 261 aa  204  2e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.116388  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2650  tRNA pseudouridine synthase C  46.84 
 
 		 284 aa  202  3e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2717  tRNA pseudouridine synthase C  46.84 
 
 		 284 aa  202  3e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1546  pseudouridylate synthase  46.03 
 
 		 298 aa  202  5e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3244  tRNA pseudouridine synthase C  44.86 
 
 		 261 aa  202  5e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.392486 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0935  tRNA pseudouridine synthase C  47.23 
 
 		 266 aa  202  6e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00065013  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2643  pseudouridylate synthase  45.34 
 
 		 273 aa  201  9e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.998826 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3171  tRNA pseudouridine synthase C  48.09 
 
 		 260 aa  201  9.999999999999999e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3289  pseudouridine synthase  43.03 
 
 		 285 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.629665  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3169  pseudouridylate synthase  43.27 
 
 		 278 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2987  tRNA pseudouridine synthase C  47.23 
 
 		 261 aa  199  3e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2891  pseudouridine synthase  43.44 
 
 		 284 aa  199  3e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3796  tRNA pseudouridine synthase C  44.96 
 
 		 256 aa  199  3e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000461215 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0854  tRNA pseudouridine synthase C  43.72 
 
 		 234 aa  198  6e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219419  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2110  pseudouridine synthase  49.14 
 
 		 245 aa  198  6e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1054  tRNA pseudouridine synthase C  51.1 
 
 		 235 aa  198  7e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  47.03 
 
 		 242 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02636  tRNA pseudouridine synthase  45.9 
 
 		 260 aa  196  3e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.908245  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0897  pseudouridine synthase  45.9 
 
 		 260 aa  196  3e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2931  tRNA pseudouridine synthase C  45.9 
 
 		 260 aa  196  3e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.980626 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2935  tRNA pseudouridine synthase C  45.9 
 
 		 260 aa  196  3e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02598  hypothetical protein  45.9 
 
 		 260 aa  196  3e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.908938  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4054  tRNA pseudouridine synthase C  45.9 
 
 		 260 aa  196  3e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3081  tRNA pseudouridine synthase C  45.9 
 
 		 260 aa  196  3e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.495199  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0921  tRNA pseudouridine synthase C  45.9 
 
 		 260 aa  196  3e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3329  pseudouridine synthase  46.41 
 
 		 245 aa  196  4.0000000000000005e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.346808  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3124  tRNA pseudouridine synthase C  50 
 
 		 260 aa  195  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.756442 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1131  pseudouridylate synthase  45.8 
 
 		 258 aa  195  6e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03037  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  44.64 
 
 		 265 aa  194  1e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3286  tRNA pseudouridine synthase C  50 
 
 		 260 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.195915  normal  0.923379 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3171  tRNA pseudouridine synthase C  50 
 
 		 260 aa  193  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.316896  normal  0.156294 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3187  tRNA pseudouridine synthase C  50 
 
 		 260 aa  193  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.719199 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3106  tRNA pseudouridine synthase C  50 
 
 		 260 aa  193  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  45.16 
 
 		 263 aa  194  2e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3095  tRNA pseudouridine synthase C  45.68 
 
 		 260 aa  193  2e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.352774  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0611  pseudouridine synthase  43.83 
 
 		 241 aa  193  3e-48  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1821  pseudouridylate synthase  45.54 
 
 		 256 aa  187  1e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0279  pseudouridine synthase  41.8 
 
 		 252 aa  187  2e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000931063  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1214  pseudouridine synthase  41.83 
 
 		 256 aa  183  2.0000000000000003e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0262969  normal  0.0773079 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2894  tRNA pseudouridine synthase C  45.08 
 
 		 261 aa  181  7e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3406  pseudouridine synthase  43.46 
 
 		 244 aa  180  2e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0321433 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0076  pseudouridine synthase  45.54 
 
 		 228 aa  178  9e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.694832  normal  0.499098 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3220  transaldolase  47.19 
 
 		 648 aa  176  5e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2205  pseudouridine synthase  40.43 
 
 		 242 aa  174  9.999999999999999e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.323157 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2478  pseudouridine synthase  46.58 
 
 		 319 aa  173  2.9999999999999996e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.383615 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2358  pseudouridine synthase  41.82 
 
 		 225 aa  171  1e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0324179  normal  0.496956 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2278  tRNA pseudouridine synthase C  49.29 
 
 		 277 aa  170  2e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0554113  hitchhiker  0.00000285246 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3296  pseudouridine synthase  45.83 
 
 		 258 aa  168  6e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2505  tRNA pseudouridine synthase C  47.89 
 
 		 268 aa  168  8e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.0153229 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1355  pseudouridine synthase  47.89 
 
 		 268 aa  167  1e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.420116  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0177  pseudouridine synthase  44.44 
 
 		 253 aa  166  4e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3649  tRNA pseudouridine synthase C  35.74 
 
 		 304 aa  163  2.0000000000000002e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02767  tRNA pseudouridine synthase C  44.84 
 
 		 238 aa  159  3e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.175179  n/a   
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12940  predicted protein  34.63 
 
 		 200 aa  108  7.000000000000001e-23  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  39.81 
 
 		 560 aa  107  2e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1630  pseudouridylate synthase  30.77 
 
 		 223 aa  103  3e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.427552  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2195  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.81 
 
 		 213 aa  102  6e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.372254 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3067  pseudouridine synthase  35.68 
 
 		 256 aa  101  1e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.18 
 
 		 221 aa  100  2e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00972645  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.68 
 
 		 328 aa  99.8  4e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  37.45 
 
 		 329 aa  99.4  5e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00060  pseudouridine synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32)  34.36 
 
 		 219 aa  98.6  8e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00103207  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  34.36 
 
 		 219 aa  98.6  8e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000246696  normal  0.920561 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  34.36 
 
 		 219 aa  98.6  8e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000157754  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3599  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  34.36 
 
 		 219 aa  98.6  8e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199705  unclonable  0.0000000150238 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00059  hypothetical protein  34.36 
 
 		 219 aa  98.6  8e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00251996  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0062  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  34.36 
 
 		 219 aa  98.6  8e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000519589  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2414  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  29.3 
 
 		 290 aa  98.6  8e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 306 aa  98.6  8e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  35.29 
 
 		 225 aa  98.6  9e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0050  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  34.36 
 
 		 219 aa  98.6  9e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000437271  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3541  pseudouridine synthase  34.36 
 
 		 219 aa  98.2  1e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000465216  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0607  pseudouridine synthase  36.4 
 
 		 217 aa  98.2  1e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1506  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.32 
 
 		 215 aa  97.8  1e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0155  pseudouridine synthase  36.32 
 
 		 215 aa  97.8  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.62363 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1931  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.22 
 
 		 195 aa  97.8  1e-19  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.176665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0834  pseudouridylate synthase  34.39 
 
 		 226 aa  96.3  4e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0063  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  34.78 
 
 		 219 aa  96.3  4e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0156615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  35.47 
 
 		 325 aa  95.9  5e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  29.22 
 
 		 226 aa  95.9  5e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0606  pseudouridylate synthase  34.2 
 
 		 225 aa  95.9  5e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3265  pseudouridine synthase, RluA family  32.07 
 
 		 302 aa  95.5  7e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>