More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_3308 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_3308  Polyprenyl synthetase  100 
 
 		 375 aa  721    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.816432  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3478  polyprenyl synthetase  53.35 
 
 		 360 aa  303  4.0000000000000003e-81  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.395312  normal  0.0269783 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3110  Polyprenyl synthetase  51.01 
 
 		 360 aa  298  8e-80  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3027  Polyprenyl synthetase  50 
 
 		 353 aa  288  1e-76  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.2268  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3227  Polyprenyl synthetase  45.63 
 
 		 365 aa  282  6.000000000000001e-75  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.274483  normal  0.0178795 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3251  polyprenyl synthetase  52.51 
 
 		 360 aa  282  8.000000000000001e-75  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.698392  normal  0.34714 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27930  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  47.69 
 
 		 361 aa  280  4e-74  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.496263  normal  0.0148812 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1571  Polyprenyl synthetase  49.31 
 
 		 367 aa  277  2e-73  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.40444 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3084  polyprenyl synthetase  49.86 
 
 		 358 aa  276  4e-73  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1400  Polyprenyl synthetase  48.13 
 
 		 356 aa  274  2.0000000000000002e-72  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5028  Polyprenyl synthetase  52 
 
 		 357 aa  272  8.000000000000001e-72  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.8812  normal  0.206356 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1051  putative polyprenyl synthase / dimethylallyltranstransferase  49 
 
 		 356 aa  269  8e-71  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.154231  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3536  polyprenyl synthetase  45.87 
 
 		 359 aa  264  1e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00519723  normal  0.472476 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2975  polyprenyl synthetase  45.21 
 
 		 359 aa  261  1e-68  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.465028  normal  0.846295 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3280  polyprenyl synthetase  46.44 
 
 		 359 aa  249  7e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.75227  normal  0.786831 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3269  polyprenyl synthetase  46.44 
 
 		 359 aa  249  7e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3331  polyprenyl synthetase  46.44 
 
 		 359 aa  249  7e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.232682  normal  0.219199 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12201  geranylgeranyl pyrophosphate synthetase idsA2  44.48 
 
 		 352 aa  244  9.999999999999999e-64  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2787  putative farnesyltranstransferase  44.66 
 
 		 355 aa  244  1.9999999999999999e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1344  polyprenyl synthetase  43.99 
 
 		 358 aa  242  7e-63  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.522192  decreased coverage  0.000335452 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1577  polyprenyl synthetase  44.51 
 
 		 1155 aa  241  1e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141416 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2550  Polyprenyl synthetase  46.27 
 
 		 377 aa  239  6.999999999999999e-62  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.152577  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3810  Polyprenyl synthetase  48.94 
 
 		 361 aa  236  4e-61  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1388  polyprenyl synthetase  52.55 
 
 		 634 aa  233  4.0000000000000004e-60  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.196896  hitchhiker  0.00569212 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1557  polyprenyl synthetase  43.94 
 
 		 364 aa  233  5e-60  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3312  Polyprenyl synthetase  43.14 
 
 		 347 aa  231  1e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2662  Polyprenyl synthetase  43.17 
 
 		 362 aa  229  7e-59  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1995  Polyprenyl synthetase  45.48 
 
 		 365 aa  228  2e-58  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.465551  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16070  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  42.68 
 
 		 362 aa  224  1e-57  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00352979  normal  0.115981 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1848  polyprenyl synthetase  42.21 
 
 		 371 aa  224  2e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5074  polyprenyl synthetase  43.57 
 
 		 374 aa  224  2e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5162  polyprenyl synthetase  43.57 
 
 		 374 aa  224  2e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.18985  normal  0.559036 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5453  polyprenyl synthetase  44.66 
 
 		 374 aa  224  3e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14310  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  40.68 
 
 		 377 aa  223  6e-57  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1558  Polyprenyl synthetase  43.47 
 
 		 364 aa  221  1.9999999999999999e-56  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4440  polyprenyl synthetase  47.66 
 
 		 384 aa  219  7e-56  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4930  polyprenyl synthetase  50.47 
 
 		 384 aa  218  2e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.654302 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3033  Polyprenyl synthetase  41.13 
 
 		 376 aa  218  2e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3476  Polyprenyl synthetase  42.86 
 
 		 350 aa  216  5e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15850  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  45.18 
 
 		 369 aa  214  2.9999999999999995e-54  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.250165  normal  0.207317 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2061  Polyprenyl synthetase  44.65 
 
 		 372 aa  211  1e-53  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0993933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3199  Polyprenyl synthetase  43.75 
 
 		 377 aa  207  2e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000246433  hitchhiker  0.000997068 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1430  Polyprenyl synthetase  38.27 
 
 		 368 aa  194  2e-48  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.28506  normal  0.583365 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0471  Polyprenyl synthetase  41.28 
 
 		 362 aa  188  1e-46  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.25272  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13720  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  40.79 
 
 		 373 aa  188  1e-46  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3574  Polyprenyl synthetase  43.42 
 
 		 380 aa  186  8e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.504985  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1911  Polyprenyl synthetase  41.64 
 
 		 362 aa  179  4.999999999999999e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000671619 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2503  Polyprenyl synthetase  39.41 
 
 		 385 aa  167  2.9999999999999998e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000233784  hitchhiker  0.00819501 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2291  polyprenyl synthetase  38.36 
 
 		 418 aa  166  8e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2252  polyprenyl synthetase  38.36 
 
 		 418 aa  166  8e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.359432  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2299  polyprenyl synthetase  38.36 
 
 		 418 aa  166  8e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1125  Polyprenyl synthetase  32.01 
 
 		 350 aa  150  3e-35  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0728299  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0295  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  35.78 
 
 		 360 aa  130  3e-29  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0106667  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12750  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  35.96 
 
 		 361 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.315144  normal  0.841822 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0970  Polyprenyl synthetase  36.69 
 
 		 366 aa  118  1.9999999999999998e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0268682 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04470  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  37.23 
 
 		 382 aa  118  1.9999999999999998e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21240  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  40.57 
 
 		 358 aa  116  6e-25  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0690  polyprenyl synthetase  27.05 
 
 		 368 aa  115  1.0000000000000001e-24  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19620  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  28.7 
 
 		 364 aa  115  2.0000000000000002e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0263779 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0316  polyprenyl synthetase  25.66 
 
 		 341 aa  110  3e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0314791  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0312  polyprenyl synthetase  28.81 
 
 		 326 aa  109  6e-23  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.440979 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0863  trans-hexaprenyltranstransferase  29.97 
 
 		 343 aa  108  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0603068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1363  polyprenyl synthetase  28.46 
 
 		 332 aa  107  2e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.36149  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0784  polyprenyl synthetase  30.9 
 
 		 325 aa  107  5e-22  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1060  polyprenyl synthetase  29.92 
 
 		 317 aa  106  5e-22  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03940  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  32.03 
 
 		 354 aa  106  8e-22  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.530934 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1267  farnesyltranstransferase  31.16 
 
 		 327 aa  105  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000414362  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01980  putative isoprenoid biosynthesis related protein  27.35 
 
 		 324 aa  105  1e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.586835  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1814  farnesyltranstransferase  28.61 
 
 		 322 aa  104  2e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3376  polyprenyl synthetase  31.38 
 
 		 322 aa  104  3e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1746  farnesyl-diphosphate synthase  32.81 
 
 		 306 aa  103  4e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.302231 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0577  Polyprenyl synthetase  31.43 
 
 		 349 aa  103  6e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.25249  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5018  Polyprenyl synthetase  33.87 
 
 		 346 aa  103  6e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.61988  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0193  farnesyltranstransferase  29.3 
 
 		 334 aa  102  2e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000332441  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0345  Polyprenyl synthetase  31.53 
 
 		 347 aa  101  2e-20  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4219  Trans-hexaprenyltranstransferase  31.8 
 
 		 345 aa  100  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.830845  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0840  dimethylallyltranstransferase  31.95 
 
 		 327 aa  100  3e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.440008 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3230  polyprenyl synthetase  29.37 
 
 		 327 aa  99.8  7e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00305524  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0769  Polyprenyl synthetase  28.77 
 
 		 327 aa  99.8  7e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0211  Polyprenyl synthetase  29.29 
 
 		 334 aa  99.4  9e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.301992 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0851  polyprenyl synthetase  28.97 
 
 		 323 aa  99  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000684066  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1500  polyprenyl synthetase  32.47 
 
 		 327 aa  99  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0966  polyprenyl synthetase  30.65 
 
 		 331 aa  98.2  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000309131  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1035  polyprenyl synthetase  30.65 
 
 		 331 aa  98.2  2e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000587704  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1068  polyprenyl synthetase  30.65 
 
 		 331 aa  98.2  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000253104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2135  geranyltranstransferase  30.34 
 
 		 327 aa  98.6  2e-19  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0551821  decreased coverage  0.00000978796 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1618  polyprenyl synthetase  38.78 
 
 		 329 aa  98.2  2e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.399283 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1628  Polyprenyl synthetase  30.74 
 
 		 322 aa  97.8  3e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.310703 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1004  Polyprenyl synthetase  28.31 
 
 		 299 aa  97.8  3e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000588963  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1042  polyprenyl synthetase  29.64 
 
 		 317 aa  97.8  3e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.623686 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2004  Trans-hexaprenyltranstransferase  32.97 
 
 		 322 aa  97.4  4e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4513  octaprenyl-diphosphate synthase  27.27 
 
 		 327 aa  96.7  6e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1042  Dimethylallyltranstransferase  28.85 
 
 		 332 aa  95.5  1e-18  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2959  trans-hexaprenyltranstransferase  31.86 
 
 		 325 aa  95.5  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0367555  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4239  polyprenyl synthetase  28.53 
 
 		 326 aa  95.5  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000759134  hitchhiker  0.000000348565 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3107  polyprenyl synthetase  30.99 
 
 		 325 aa  95.5  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.339313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3918  dimethylallyltranstransferase  32.81 
 
 		 342 aa  95.5  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00996484 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3278  polyprenyl synthetase  31.44 
 
 		 313 aa  95.1  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000293097 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0868  trans-hexaprenyltranstransferase  30.25 
 
 		 323 aa  94.7  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000612724  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07520  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  33.33 
 
 		 337 aa  94.4  3e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0633826 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>