More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_2158 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 299 aa  591  1e-168  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1727  tRNA pseudouridine synthase B  64.53 
 
 		 297 aa  375  1e-103  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  60.9 
 
 		 302 aa  348  4e-95  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  60.9 
 
 		 295 aa  338  5e-92  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  59.15 
 
 		 297 aa  326  2.0000000000000001e-88  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  59.15 
 
 		 297 aa  326  2.0000000000000001e-88  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  59.15 
 
 		 297 aa  326  2.0000000000000001e-88  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  57.49 
 
 		 299 aa  326  4.0000000000000003e-88  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  57.79 
 
 		 294 aa  317  1e-85  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  55.44 
 
 		 298 aa  316  3e-85  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  54.74 
 
 		 299 aa  291  9e-78  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  52.67 
 
 		 322 aa  286  2e-76  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  52 
 
 		 306 aa  285  5.999999999999999e-76  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  55.56 
 
 		 299 aa  285  8e-76  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  54.51 
 
 		 289 aa  278  9e-74  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  55.24 
 
 		 289 aa  276  4e-73  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  53.31 
 
 		 293 aa  276  4e-73  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7739  tRNA pseudouridine synthase B  53.92 
 
 		 305 aa  271  9e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3589  tRNA pseudouridine synthase B  53.82 
 
 		 295 aa  267  2e-70  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0304508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1186  tRNA pseudouridine synthase B  53.12 
 
 		 313 aa  266  2e-70  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.372827 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1449  tRNA pseudouridine synthase B  53.68 
 
 		 301 aa  267  2e-70  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00175949  normal  0.371099 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  55.25 
 
 		 336 aa  260  2e-68  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07030  tRNA pseudouridine synthase B  52.58 
 
 		 298 aa  259  5.0000000000000005e-68  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10340  tRNA pseudouridine synthase B  50.34 
 
 		 318 aa  258  6e-68  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.182635  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3558  tRNA pseudouridine synthase B  51.88 
 
 		 327 aa  258  1e-67  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.567602  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1336  tRNA pseudouridine synthase B  53.4 
 
 		 305 aa  256  2e-67  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0671374  hitchhiker  0.00117638 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5115  tRNA pseudouridine synthase B  50.34 
 
 		 310 aa  256  2e-67  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135033  normal  0.0750927 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23430  tRNA pseudouridine synthase B  48.72 
 
 		 343 aa  252  5.000000000000001e-66  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.902891  normal  0.190308 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2213  tRNA pseudouridine synthase B  52.65 
 
 		 323 aa  250  2e-65  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0106911  normal  0.0721688 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1213  tRNA pseudouridine synthase B  49.17 
 
 		 325 aa  246  2e-64  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3960  tRNA pseudouridine synthase B  48.4 
 
 		 304 aa  245  6.999999999999999e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1378  tRNA pseudouridine synthase B  52.07 
 
 		 327 aa  239  2.9999999999999997e-62  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.758516  normal  0.467888 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2487  tRNA pseudouridine synthase B  48.5 
 
 		 307 aa  224  1e-57  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.447446  normal  0.464709 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11500  tRNA pseudouridine 55 synthase  40.36 
 
 		 348 aa  218  7.999999999999999e-56  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0558927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1512  tRNA pseudouridine synthase B  46.13 
 
 		 303 aa  212  7.999999999999999e-54  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.467082  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0287  tRNA pseudouridine synthase B  42.11 
 
 		 367 aa  211  1e-53  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1021  tRNA pseudouridine synthase B  44.68 
 
 		 333 aa  205  8e-52  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  43.3 
 
 		 293 aa  205  8e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  41.88 
 
 		 299 aa  194  1e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  39.15 
 
 		 307 aa  194  2e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  37.1 
 
 		 307 aa  193  3e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  42.11 
 
 		 291 aa  192  6e-48  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  36.4 
 
 		 307 aa  192  7e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  39.53 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  46.98 
 
 		 293 aa  190  2.9999999999999997e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  46.95 
 
 		 302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  38.76 
 
 		 307 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1745  pseudouridine synthase  44.76 
 
 		 387 aa  189  4e-47  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  36.4 
 
 		 307 aa  189  5e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  36.4 
 
 		 307 aa  189  5e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  36.4 
 
 		 307 aa  189  5.999999999999999e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  36.4 
 
 		 307 aa  189  5.999999999999999e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  36.4 
 
 		 307 aa  189  5.999999999999999e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0918  tRNA pseudouridine synthase B  43.6 
 
 		 314 aa  188  1e-46  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17741  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  43.6 
 
 		 314 aa  187  1e-46  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.971864 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  36.04 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  40.08 
 
 		 313 aa  187  2e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  44.65 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0827  tRNA pseudouridine synthase B  46.88 
 
 		 313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000378584 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  45.12 
 
 		 304 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  49.77 
 
 		 300 aa  183  3e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  45.02 
 
 		 302 aa  182  4.0000000000000006e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4034  tRNA pseudouridine synthase B  46.48 
 
 		 301 aa  183  4.0000000000000006e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  46.61 
 
 		 291 aa  182  8.000000000000001e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  39.84 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  46.23 
 
 		 292 aa  181  1e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  45.37 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  47.14 
 
 		 304 aa  180  2e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  45 
 
 		 307 aa  181  2e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  37.46 
 
 		 302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1317  tRNA pseudouridine synthase B  43.66 
 
 		 308 aa  179  4e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.583255 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1105  tRNA pseudouridine synthase B  40.98 
 
 		 313 aa  179  4.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.26874  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2131  tRNA pseudouridine synthase B  45.97 
 
 		 315 aa  178  1e-43  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.222918  normal  0.419239 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1165  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 		 313 aa  177  1e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.705511  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5113  tRNA pseudouridine synthase B  37.63 
 
 		 308 aa  178  1e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.679584 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  39.04 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  44.91 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1288  tRNA pseudouridine synthase B  42.72 
 
 		 308 aa  177  3e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1233  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 		 313 aa  176  3e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0870856  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0543  tRNA pseudouridine synthase B  42.86 
 
 		 302 aa  176  5e-43  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0888324  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  45.61 
 
 		 297 aa  176  5e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14011  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  43.87 
 
 		 309 aa  175  9e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.276631 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2073  tRNA pseudouridine synthase B  40.81 
 
 		 306 aa  174  9.999999999999999e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.427039 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0039  tRNA pseudouridine synthase B  38.26 
 
 		 310 aa  175  9.999999999999999e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651075  normal  0.326168 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  36.62 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  42.67 
 
 		 241 aa  174  1.9999999999999998e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2770  tRNA pseudouridine synthase B  45.37 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  35.69 
 
 		 302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1144  tRNA pseudouridine synthase B  42.42 
 
 		 315 aa  172  5e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.431473  normal  0.105946 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2227  tRNA pseudouridine synthase B  42.45 
 
 		 313 aa  171  1e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00164056  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05391  tRNA pseudouridine synthase B  38.25 
 
 		 323 aa  170  2e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  43.26 
 
 		 363 aa  169  4e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1222  tRNA pseudouridine synthase B  41.5 
 
 		 294 aa  168  9e-41  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.732593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0745  tRNA pseudouridine synthase B  38.66 
 
 		 324 aa  168  1e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.555354  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  38.34 
 
 		 311 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4065  tRNA pseudouridine synthase B  38.6 
 
 		 310 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  38.34 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  37.45 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  38.34 
 
 		 321 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2079  tRNA pseudouridine synthase B  38.6 
 
 		 324 aa  167  2e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.0054544  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>