More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtur_0345 on replicon NC_011661
Organism: Dictyoglomus turgidum DSM 6724



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  100 
 
 
226 aa  459  9.999999999999999e-129  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1191  pseudouridine synthase  42.47 
 
 
242 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.8752  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2609  pseudouridine synthase  44.02 
 
 
237 aa  185  4e-46  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000148831  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4400  pseudouridine synthase  44.49 
 
 
248 aa  181  1e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3776  pseudouridine synthase  44.59 
 
 
243 aa  174  8e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2431  pseudouridine synthase  42.08 
 
 
223 aa  173  1.9999999999999998e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0405  pseudouridine synthase  38.99 
 
 
258 aa  171  1e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1153  pseudouridine synthase  42.92 
 
 
255 aa  170  2e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00899348  normal  0.812865 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2721  pseudouridine synthase  39.91 
 
 
246 aa  168  8e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0403839  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0278  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.09 
 
 
231 aa  165  4e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0461  pseudouridine synthase  40.81 
 
 
233 aa  163  2.0000000000000002e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4712  pseudouridine synthase  39.73 
 
 
229 aa  162  3e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0631  pseudouridine synthase  35.42 
 
 
269 aa  158  5e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.299089  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10688  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.65 
 
 
232 aa  157  1e-37  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.359462  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1533  pseudouridine synthase  41.23 
 
 
215 aa  155  5.0000000000000005e-37  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3219  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.18 
 
 
242 aa  152  5.9999999999999996e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  36.65 
 
 
306 aa  148  5e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2414  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  37.61 
 
 
290 aa  147  9e-35  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0707  pseudouridine synthase  40.36 
 
 
228 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.265923  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  36.65 
 
 
306 aa  147  1.0000000000000001e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  41.86 
 
 
307 aa  146  2.0000000000000003e-34  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  41.71 
 
 
331 aa  146  2.0000000000000003e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.33 
 
 
301 aa  146  3e-34  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.16 
 
 
296 aa  144  8.000000000000001e-34  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  36.53 
 
 
304 aa  144  8.000000000000001e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  39.91 
 
 
306 aa  143  2e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  38.39 
 
 
305 aa  142  4e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.16 
 
 
296 aa  142  5e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2488  pseudouridylate synthase  37.09 
 
 
223 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177305  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  37.96 
 
 
314 aa  139  3.9999999999999997e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  41.15 
 
 
319 aa  139  3.9999999999999997e-32  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.53 
 
 
303 aa  138  7.999999999999999e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  36.61 
 
 
319 aa  138  8.999999999999999e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.77 
 
 
307 aa  137  1e-31  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  34.76 
 
 
217 aa  137  2e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  35 
 
 
306 aa  136  2e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  37.04 
 
 
224 aa  136  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  34.72 
 
 
305 aa  137  2e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3766  ribosomal pseudouridine synthase C, large subunit  35.38 
 
 
223 aa  136  3.0000000000000003e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.695694  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1442  pseudouridylate synthase  34.27 
 
 
223 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81175  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  34.4 
 
 
299 aa  136  3.0000000000000003e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1196  pseudouridine synthase, RluA family  35.14 
 
 
307 aa  135  4e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2148  pseudouridine synthase  38.99 
 
 
216 aa  135  5e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.19 
 
 
304 aa  135  5e-31  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  35.27 
 
 
304 aa  135  5e-31  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  36.16 
 
 
319 aa  135  6.0000000000000005e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  34.53 
 
 
300 aa  135  6.0000000000000005e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0655  pseudouridine synthase  36.24 
 
 
241 aa  135  7.000000000000001e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10472  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.02 
 
 
303 aa  134  8e-31  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1377  pseudouridylate synthase  34.27 
 
 
223 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000802724 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.35 
 
 
319 aa  133  1.9999999999999998e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.91 
 
 
308 aa  133  1.9999999999999998e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  34.05 
 
 
320 aa  133  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  34.27 
 
 
223 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_002978  WD1162  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.11 
 
 
276 aa  133  3e-30  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0658766  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1214  pseudouridine synthase  34.18 
 
 
256 aa  132  3e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0262969  normal  0.0773079 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  35.11 
 
 
314 aa  132  5e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.7 
 
 
322 aa  132  5e-30  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  36.28 
 
 
310 aa  132  6e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  34.67 
 
 
302 aa  132  6e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.7 
 
 
300 aa  131  9e-30  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0604  pseudouridine synthase, RluD  33.63 
 
 
341 aa  131  9e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.206987 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  35.16 
 
 
302 aa  130  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  32.92 
 
 
352 aa  131  1.0000000000000001e-29  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0522  pseudouridine synthase, RluA family  33.64 
 
 
304 aa  130  1.0000000000000001e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  36.28 
 
 
293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2620  RluA family pseudouridine synthase  31.91 
 
 
347 aa  130  2.0000000000000002e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.7 
 
 
302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.7 
 
 
302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  34.7 
 
 
302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.7 
 
 
302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  34.7 
 
 
302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.61 
 
 
308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  33.77 
 
 
364 aa  130  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.22 
 
 
333 aa  130  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.68 
 
 
302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.89 
 
 
221 aa  130  2.0000000000000002e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00972645  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  34.56 
 
 
304 aa  129  3e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1843  pseudouridine synthase  32.56 
 
 
238 aa  129  3e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.7 
 
 
302 aa  129  3e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3480  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.67 
 
 
348 aa  129  4.0000000000000003e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0583016 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0665  hypothetical protein  31.97 
 
 
341 aa  129  5.0000000000000004e-29  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.74 
 
 
320 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  34.84 
 
 
326 aa  128  6e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0218  pseudouridine synthase, RluA family  35.87 
 
 
301 aa  128  7.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805878  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 
304 aa  128  7.000000000000001e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  33.19 
 
 
339 aa  128  9.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  34.05 
 
 
327 aa  128  9.000000000000001e-29  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0738  pseudouridine synthase  34.68 
 
 
225 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0390511  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  33.91 
 
 
302 aa  127  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  31.96 
 
 
309 aa  127  1.0000000000000001e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 
303 aa  127  1.0000000000000001e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  35.08 
 
 
334 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.59 
 
 
368 aa  127  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.26 
 
 
326 aa  127  2.0000000000000002e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  33.18 
 
 
311 aa  126  2.0000000000000002e-28  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.23 
 
 
318 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1374  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.76 
 
 
543 aa  126  2.0000000000000002e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.302563 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1219  pseudouridine synthase, RluA family  32.37 
 
 
342 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.25 
 
 
350 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>