More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3708 on replicon NC_009955
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009955  Dshi_3708  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 278 aa  567  1e-161  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0847  AraC family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 280 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.664852 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0166  AraC family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 284 aa  169  5e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1299  AraC family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 285 aa  167  1e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.736083 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4722  AraC family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 285 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3295  transcriptional regulator, AraC family  36.86 
 
 		 285 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196416  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3718  AraC family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0667  helix-turn-helix domain-containing protein  35.94 
 
 		 297 aa  156  3e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.145223  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6066  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 289 aa  133  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.576026  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4820  AraC family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 274 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3329  hypothetical protein  34.9 
 
 		 298 aa  73.6  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.289343  normal  0.60626 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3844  helix-turn-helix domain-containing protein  28.99 
 
 		 257 aa  71.6  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.290293  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1801  AraC family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 278 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  30.4 
 
 		 296 aa  70.5  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1357  transcriptional regulator, AraC family  28.93 
 
 		 277 aa  70.1  0.00000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.193095  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  35.24 
 
 		 312 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  33.59 
 
 		 294 aa  67.8  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1472  transcriptional regulator, AraC family  25.96 
 
 		 269 aa  67.4  0.0000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.462639  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0029  DNA-binding transcriptional regulator AraC  24.75 
 
 		 242 aa  66.2  0.0000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.773429  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0117  AraC family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 281 aa  66.2  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2712  helix-turn-helix domain-containing protein  25.54 
 
 		 273 aa  66.2  0.0000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.741725  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2960  AraC family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 306 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0210112 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0543  AraC family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 285 aa  65.9  0.0000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0588  AraC family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 285 aa  65.9  0.0000000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  26.26 
 
 		 331 aa  65.5  0.0000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2795  AraC family transcriptional regulator  23.75 
 
 		 275 aa  65.5  0.0000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5827  helix-turn-helix domain-containing protein  37.27 
 
 		 316 aa  65.1  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112164  normal  0.283627 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0415  transcriptional regulator, AraC family  30.61 
 
 		 269 aa  65.5  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2157  two component AraC family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 250 aa  65.1  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0322408 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28970  transcriptional regulator, AraC family  30.6 
 
 		 310 aa  64.7  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91786  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  25.3 
 
 		 291 aa  65.1  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07095  hypothetical protein  25.56 
 
 		 270 aa  65.1  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1840  AraC family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 271 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000248404 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1421  transcriptional regulator, AraC family  34.69 
 
 		 277 aa  65.5  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  33.94 
 
 		 307 aa  65.1  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.233091  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 361 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2104  transcriptional regulator, AraC family  31.15 
 
 		 298 aa  64.7  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.244646 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4731  AraC family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 289 aa  64.3  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.944783  normal  0.659396 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  29.84 
 
 		 515 aa  63.5  0.000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 299 aa  63.5  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2110  AraC family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 299 aa  63.5  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  28.38 
 
 		 292 aa  63.9  0.000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1757  transcriptional regulator, AraC family  22.75 
 
 		 278 aa  63.5  0.000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000137432  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2090  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 261 aa  63.9  0.000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00753492 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0842  transcriptional regulator, AraC family  26.22 
 
 		 318 aa  63.5  0.000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4732  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 257 aa  63.2  0.000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1600  helix-turn-helix domain-containing protein  34.35 
 
 		 356 aa  63.5  0.000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2180  helix-turn-helix domain-containing protein  35.92 
 
 		 281 aa  63.5  0.000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.971115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4006  AraC family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 330 aa  63.2  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0152362  normal  0.355077 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1236  AraC family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 319 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000472369  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 316 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6348  transcriptional regulator, AraC family  30.47 
 
 		 301 aa  63.2  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2606  transcriptional regulator, AraC family  28.81 
 
 		 312 aa  62.8  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.177671  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2376  AraC family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 342 aa  62.8  0.000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.912933  normal  0.295563 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001016  transcriptional regulator AraC/XylS family  25.19 
 
 		 270 aa  62.8  0.000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0540486  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6995  AraC/XylS family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 255 aa  62.8  0.000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00467693 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3375  AraC family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 295 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0121717  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1540  AraC family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 319 aa  62.4  0.000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.0000047582  hitchhiker  0.00155056 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0256  AraC family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 295 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.88341  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1118  AraC family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 300 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3411  AraC family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 295 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2522  AraC family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 295 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2344  AraC family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 247 aa  62.4  0.000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3418  AraC family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 247 aa  62.4  0.000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000195061  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2035  AraC family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 243 aa  62.4  0.000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.854548 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2287  transcriptional regulator, AraC family  33.65 
 
 		 284 aa  62  0.000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1627  transcriptional regulator, AraC family  23.94 
 
 		 273 aa  62.4  0.000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000116038  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 154 aa  62  0.000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6701  transcriptional regulator, AraC family  27.91 
 
 		 279 aa  62  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4277  transcriptional regulator, AraC family  27.34 
 
 		 315 aa  61.6  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.421015 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0774  AraC family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 278 aa  62  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000960474 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0805  AraC family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 275 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000161693  normal  0.19096 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2496  helix-turn-helix domain-containing protein  31.13 
 
 		 308 aa  61.6  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0383135  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 294 aa  62  0.00000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  27.45 
 
 		 286 aa  61.6  0.00000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1911  AraC family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 369 aa  61.6  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0402  AraC family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 303 aa  62  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455578  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0577  AraC family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 313 aa  61.6  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 299 aa  62  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3367  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 276 aa  62  0.00000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0586  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 276 aa  62  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2354  AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 318 aa  62  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0793456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3537  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 276 aa  62  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5182  AraC family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 241 aa  60.8  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  25.26 
 
 		 309 aa  60.8  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4179  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 288 aa  61.2  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2345  transcriptional regulator, AraC family  34.69 
 
 		 302 aa  61.2  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3282  helix-turn-helix domain-containing protein  29.93 
 
 		 307 aa  60.8  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3359  AraC family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 285 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  36.28 
 
 		 306 aa  61.2  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 293 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5008  AraC family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 285 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.896385 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1659  transcriptional regulator, AraC family  34.62 
 
 		 348 aa  60.8  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.278996 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1463  AraC family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 279 aa  61.2  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0661  AraC family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 325 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.260355  normal  0.315435 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0168  AraC/XylS family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 287 aa  60.5  0.00000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000293268  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 292 aa  60.1  0.00000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0516  putative transcriptional regulator  24.21 
 
 		 264 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2237  putative transcriptional regulator  29.46 
 
 		 278 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0560  AraC family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 281 aa  60.5  0.00000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000376127 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>