More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2098 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2098  putative outer membrane protein tolC  100 
 
 		 456 aa  905    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1894  TolC family type I secretion outer membrane protein  48.31 
 
 		 466 aa  392  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.170185  normal  0.445756 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0251  Outer membrane efflux protein  48.31 
 
 		 466 aa  393  1e-108  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.608595  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2024  TolC family type I secretion outer membrane protein  49.68 
 
 		 465 aa  389  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2727  TolC family type I secretion outer membrane protein  49.04 
 
 		 464 aa  343  2.9999999999999997e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.226974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3257  Type I secretion outer membrane protein, TolC  44.85 
 
 		 462 aa  328  1.0000000000000001e-88  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.30122  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1991  Type I secretion outer membrane protein, TolC  43.84 
 
 		 473 aa  297  3e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.533391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2243  TolC family type I secretion outer membrane protein  37.08 
 
 		 455 aa  244  3e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3004  TolC family type I secretion outer membrane protein  40.28 
 
 		 464 aa  242  9e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.599739 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0938  outer membrane efflux family protein  38.3 
 
 		 452 aa  241  1e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0945  outer membrane efflux family protein  38.07 
 
 		 456 aa  241  2e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.681331  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5161  type I secretion outer membrane protein, TolC family  37.12 
 
 		 488 aa  237  3e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.451764  normal  0.264948 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4696  TolC family type I secretion outer membrane protein  37.12 
 
 		 497 aa  237  3e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1569  TolC family type I secretion outer membrane protein  38.41 
 
 		 461 aa  235  1.0000000000000001e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.151598  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5239  type I secretion outer membrane protein, TolC family  36.88 
 
 		 488 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1725  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.33 
 
 		 489 aa  228  2e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.736299  normal  0.0102072 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2894  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.55 
 
 		 460 aa  228  2e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.386257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6495  type I secretion outer membrane protein, TolC family  35.07 
 
 		 518 aa  225  1e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5878  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.91 
 
 		 463 aa  224  3e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.539647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1149  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.44 
 
 		 456 aa  224  3e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.435165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3231  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.35 
 
 		 483 aa  223  7e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3945  putative outer membrane protein tolC precursor  34.27 
 
 		 461 aa  223  8e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.8738  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2851  type I secretion outer membrane protein, TolC family  34.32 
 
 		 463 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4235  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.38 
 
 		 463 aa  221  1.9999999999999999e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.902691  normal  0.529157 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1003  TolC family type I secretion outer membrane protein  38.73 
 
 		 462 aa  219  5e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1826  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.26 
 
 		 487 aa  219  7.999999999999999e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2577  Type I secretion outer membrane protein, TolC  33.04 
 
 		 522 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589159 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2686  Outer membrane secretion protein  32.87 
 
 		 472 aa  217  4e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.553025  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1096  TolC family type I secretion outer membrane protein  37.22 
 
 		 494 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.739146 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2568  Type I secretion outer membrane protein, TolC  33.56 
 
 		 464 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1798  Type I secretion outer membrane protein, TolC  36.32 
 
 		 538 aa  212  1e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.99988  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1690  type I secretion outer membrane protein, TolC family  32.89 
 
 		 478 aa  209  9e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.522729 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0652  TolC family type I secretion outer membrane protein  33 
 
 		 428 aa  207  3e-52  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000458305  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2148  TolC family type I secretion outer membrane protein  36.96 
 
 		 497 aa  207  4e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.400858  normal  0.0489946 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1453  type I secretion outer membrane protein, TolC family  33.18 
 
 		 480 aa  206  6e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5432  TolC family type I secretion outer membrane protein  37.39 
 
 		 553 aa  206  7e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.199925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3453  putative tolC outer membrane protein  35.66 
 
 		 438 aa  202  7e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.341393 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1434  type I secretion outer membrane protein, TolC  33.33 
 
 		 490 aa  202  9.999999999999999e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.44207  normal  0.675589 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2583  Type I secretion outer membrane protein, TolC  35.9 
 
 		 497 aa  190  5e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.655757 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1907  Type I secretion outer membrane protein, TolC  32.89 
 
 		 472 aa  188  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0685  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.75 
 
 		 405 aa  186  5e-46  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000118649  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2013  type I secretion outer membrane protein, TolC family  32.05 
 
 		 472 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.226354  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3558  Type I secretion outer membrane protein, TolC  32.89 
 
 		 472 aa  184  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.445028  normal  0.560368 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3004  putative outer TolC membrane protein  31.97 
 
 		 469 aa  176  9.999999999999999e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.833992 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1781  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.96 
 
 		 517 aa  172  9e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0863506  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0186  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.94 
 
 		 485 aa  163  5.0000000000000005e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4008  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.43 
 
 		 562 aa  162  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2262  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.03 
 
 		 497 aa  153  5e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0148702  normal  0.873765 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1020  putative outer membrane protein TolC  28.93 
 
 		 423 aa  152  1e-35  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.808388  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0823  Outer membrane efflux protein  27.75 
 
 		 432 aa  151  2e-35  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0383439  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3542  type I secretion outer membrane protein, TolC family  32.6 
 
 		 477 aa  147  5e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1445  type I secretion outer membrane protein, TolC family  31.71 
 
 		 460 aa  144  3e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.40462 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0722  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.67 
 
 		 449 aa  130  6e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.278359  normal  0.698539 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2597  type I secretion outer membrane protein, TolC family  30.75 
 
 		 492 aa  124  3e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03690  outer membrane channel precursor protein  27.9 
 
 		 462 aa  123  7e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000344286  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0546  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.52 
 
 		 444 aa  115  2.0000000000000002e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5970  Type I secretion outer membrane protein, TolC  28.71 
 
 		 442 aa  110  6e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3261  type I secretion outer membrane protein, TolC  24.52 
 
 		 469 aa  103  9e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.537181 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0580  putative outer membrane transport protein  26.35 
 
 		 451 aa  102  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1282  Type I secretion outer membrane protein, TolC  28.36 
 
 		 465 aa  102  1e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4205  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.97 
 
 		 431 aa  102  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.668787  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1462  Type I secretion outer membrane protein, TolC  27.19 
 
 		 452 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4823  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.5 
 
 		 446 aa  97.8  4e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0831  outer membrane efflux protein  26.87 
 
 		 419 aa  97.8  4e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1415  Type I secretion outer membrane protein, TolC  25.62 
 
 		 472 aa  97.1  6e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000596226  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0068  outer membrane protein TolC, putative  24.88 
 
 		 407 aa  96.7  7e-19  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.896077  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3809  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.96 
 
 		 457 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041623 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02379  hypothetical protein  25.8 
 
 		 436 aa  95.5  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0246  Type I secretion outer membrane protein, TolC  28.61 
 
 		 538 aa  95.5  2e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2639  TolC family type I secretion outer membrane protein  30.6 
 
 		 461 aa  95.5  2e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0562  type I secretion outer membrane protein, TolC family  23.48 
 
 		 450 aa  94.4  3e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0993  type I secretion outer membrane protein, TolC family  26.5 
 
 		 475 aa  94.4  3e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3367  outer membrane channel protein  27.23 
 
 		 489 aa  94.4  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3444  outer membrane channel protein  27.23 
 
 		 489 aa  94.4  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.606184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3372  outer membrane channel protein  27.46 
 
 		 489 aa  94.4  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.258775 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0585  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.95 
 
 		 456 aa  94.4  4e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.449084  normal  0.127961 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3437  outer membrane channel protein  27.23 
 
 		 489 aa  94.4  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3539  outer membrane channel protein  27.46 
 
 		 489 aa  94  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.735558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0544  outer membrane channel protein  23.91 
 
 		 448 aa  93.6  7e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000576987  normal  0.601769 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003403  agglutination protein  26.18 
 
 		 436 aa  93.6  7e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000998881  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3318  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25 
 
 		 470 aa  92.8  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1228  agglutination protein  24.52 
 
 		 445 aa  92.8  1e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000902456  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02372  hypothetical protein  24.88 
 
 		 425 aa  91.7  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003406  agglutination protein  26.13 
 
 		 423 aa  92  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3448  outer membrane channel protein  26.8 
 
 		 494 aa  91.7  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.203909 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2534  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.48 
 
 		 468 aa  92  2e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3777  outer membrane channel protein  26.73 
 
 		 470 aa  91.7  3e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4322  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.54 
 
 		 501 aa  91.3  3e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.811491  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0889  hypothetical protein  25.25 
 
 		 574 aa  90.9  4e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0858  hypothetical protein  25.59 
 
 		 574 aa  90.9  5e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0498  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.88 
 
 		 494 aa  90.5  5e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3468  outer membrane channel protein  28.64 
 
 		 495 aa  90.5  5e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0175451  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0633  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25 
 
 		 484 aa  90.5  6e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00458641  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02907  outer membrane channel precursor protein  28.41 
 
 		 493 aa  90.1  7e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0665  type I secretion outer membrane protein, TolC family  28.41 
 
 		 493 aa  90.1  7e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02857  hypothetical protein  28.41 
 
 		 493 aa  90.1  7e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4349  outer membrane channel protein  28.41 
 
 		 493 aa  90.1  7e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.823303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0662  outer membrane channel protein  28.41 
 
 		 493 aa  90.1  7e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.120975  normal  0.0171626 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3499  outer membrane channel protein  28.41 
 
 		 495 aa  90.1  7e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0404091  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3213  outer membrane channel protein  28.41 
 
 		 495 aa  90.1  7e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00955114  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>