More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0993 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0993  type I secretion outer membrane protein, TolC family  100 
 
 		 475 aa  968    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3318  type I secretion outer membrane protein, TolC family  92.84 
 
 		 470 aa  889    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0580  putative outer membrane transport protein  51.91 
 
 		 451 aa  403  1e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4381  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.31 
 
 		 477 aa  141  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108825  normal  0.496475 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0844  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.5 
 
 		 478 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0829  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.5 
 
 		 478 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.461433 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0805  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.5 
 
 		 478 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3710  outer membrane efflux protein  29.95 
 
 		 564 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.506347 
 
 
-
 
NC_003296  RS05071  putative outer membrane efflux transmembrane protein  29.56 
 
 		 483 aa  132  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.485043  normal  0.627641 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2905  type I secretion outer membrane protein TolC family  28.4 
 
 		 469 aa  124  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.488456 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2887  type I secretion outer membrane protein, TolC family  28.4 
 
 		 469 aa  124  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.415153  normal  0.13847 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2906  type I secretion outer membrane protein, TolC family  28.4 
 
 		 469 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.140715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3120  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.39 
 
 		 467 aa  121  3e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.893346  normal  0.154573 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3018  type I secretion outer membrane protein, TolC family  28.17 
 
 		 469 aa  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.384034 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4602  type I secretion outer membrane protein, TolC family  28.34 
 
 		 444 aa  108  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.355652  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6370  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.71 
 
 		 456 aa  106  9e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.668018  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6073  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.71 
 
 		 457 aa  106  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.523429 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1149  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.14 
 
 		 456 aa  104  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.435165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1214  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.78 
 
 		 450 aa  102  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.227292  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3061  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.22 
 
 		 450 aa  100  5e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1228  agglutination protein  24.89 
 
 		 445 aa  99  2e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000902456  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1727  type I secretion outer membrane protein, TolC family  26.54 
 
 		 452 aa  98.6  2e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000000826676  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3762  Type I secretion outer membrane protein, TolC  25.65 
 
 		 609 aa  98.6  2e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.789361  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001579  agglutination protein  23.87 
 
 		 437 aa  97.4  5e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.582339  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0706  Type I secretion outer membrane protein, TolC  25.92 
 
 		 636 aa  97.1  7e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0676668 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2098  putative outer membrane protein tolC  25.19 
 
 		 456 aa  94.7  3e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1759  outer membrane efflux protein  24.87 
 
 		 738 aa  93.6  7e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1664  type I secretion outer membrane protein, TolC family  23.83 
 
 		 466 aa  89.4  1e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.623373  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2686  Outer membrane secretion protein  24.03 
 
 		 472 aa  89.4  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.553025  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3004  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.26 
 
 		 464 aa  89.7  1e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.599739 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2148  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.48 
 
 		 497 aa  89.7  1e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.400858  normal  0.0489946 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2243  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.83 
 
 		 455 aa  87.8  4e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1494  type I secretion outer membrane protein, TolC family  22.76 
 
 		 450 aa  87  7e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0720  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.69 
 
 		 658 aa  86.7  9e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  unclonable  0.000000202106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5970  Type I secretion outer membrane protein, TolC  22.92 
 
 		 442 aa  86.3  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02372  hypothetical protein  24.82 
 
 		 425 aa  86.3  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0310  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.69 
 
 		 607 aa  85.9  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.120997  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0010  type I secretion outer membrane protein, TolC family  22.72 
 
 		 443 aa  85.5  0.000000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.444301  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0019  outer membrane efflux protein  23.5 
 
 		 440 aa  84.3  0.000000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1462  Type I secretion outer membrane protein, TolC  22.53 
 
 		 452 aa  84  0.000000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003406  agglutination protein  23.73 
 
 		 423 aa  84  0.000000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1845  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.25 
 
 		 471 aa  83.2  0.000000000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.0000390204  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1978  TolC family type I secretion outer membrane protein  21.82 
 
 		 456 aa  82.8  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.143142  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1878  type I secretion outer membrane protein, TolC family  23.75 
 
 		 475 aa  81.6  0.00000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.660542  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1415  Type I secretion outer membrane protein, TolC  21.84 
 
 		 472 aa  80.9  0.00000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000596226  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5061  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.59 
 
 		 445 aa  80.1  0.00000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.447957 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1453  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.38 
 
 		 480 aa  79.7  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1690  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.13 
 
 		 478 aa  79.7  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.522729 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2241  Type I secretion outer membrane protein, TolC  23.69 
 
 		 524 aa  79.7  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.417493  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6495  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.13 
 
 		 518 aa  79.3  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2629  outer membrane efflux protein  23.34 
 
 		 421 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.111539  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4205  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.91 
 
 		 431 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.668787  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1003  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.87 
 
 		 462 aa  79  0.0000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0945  outer membrane efflux family protein  23.98 
 
 		 456 aa  78.6  0.0000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.681331  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0938  outer membrane efflux family protein  23.77 
 
 		 452 aa  77.8  0.0000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2168  outer membrane efflux protein  26.25 
 
 		 459 aa  78.2  0.0000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280294 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0784  type I secretion outer membrane protein, TolC family  19.83 
 
 		 491 aa  77.8  0.0000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.649029  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3257  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.38 
 
 		 462 aa  77.8  0.0000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.30122  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1665  type I secretion outer membrane protein, TolC family  21.15 
 
 		 472 aa  77.8  0.0000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.104935 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0381  Type I secretion outer membrane protein, TolC  22.58 
 
 		 468 aa  77.8  0.0000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.034849  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02379  hypothetical protein  21.53 
 
 		 436 aa  77.8  0.0000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0134  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.55 
 
 		 450 aa  77  0.0000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3985  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.88 
 
 		 473 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3908  type I secretion outer membrane protein, TolC family  22.88 
 
 		 473 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0066  outer membrane efflux protein  27.96 
 
 		 443 aa  75.1  0.000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1307  type I secretion outer membrane protein, TolC family  23.09 
 
 		 484 aa  75.5  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3453  putative tolC outer membrane protein  26.73 
 
 		 438 aa  75.9  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.341393 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0433  type I secretion outer membrane protein, TolC family protein  23.01 
 
 		 469 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.462048  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4101  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.43 
 
 		 472 aa  75.1  0.000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4322  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.9 
 
 		 501 aa  74.7  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.811491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0633  type I secretion outer membrane protein, TolC family  22.4 
 
 		 484 aa  74.7  0.000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00458641  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5878  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.62 
 
 		 463 aa  74.7  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.539647  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4320  agglutination protein  23.34 
 
 		 471 aa  74.3  0.000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1804  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.75 
 
 		 451 aa  74.3  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.894432  normal  0.601876 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3261  type I secretion outer membrane protein, TolC  22.25 
 
 		 469 aa  73.9  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.537181 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2299  outer membrane efflux protein  25.36 
 
 		 514 aa  73.9  0.000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4007  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.43 
 
 		 472 aa  73.9  0.000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3619  outer membrane channel protein  24.62 
 
 		 469 aa  73.9  0.000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2013  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.59 
 
 		 472 aa  73.6  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.226354  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0634  type I secretion outer membrane protein, TolC family  23.68 
 
 		 467 aa  72.8  0.00000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000541353  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3411  hypothetical protein  21.69 
 
 		 425 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.527264  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3558  Type I secretion outer membrane protein, TolC  26.95 
 
 		 472 aa  73.2  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.445028  normal  0.560368 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2411  outer membrane efflux protein  24.79 
 
 		 458 aa  72.8  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.562073  normal  0.134585 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3777  outer membrane channel protein  23.82 
 
 		 470 aa  72.8  0.00000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3809  TolC family type I secretion outer membrane protein  21.74 
 
 		 457 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041623 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3594  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.91 
 
 		 471 aa  72  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0562  type I secretion outer membrane protein, TolC family  21.66 
 
 		 450 aa  72  0.00000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4008  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.56 
 
 		 562 aa  71.6  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  23.68 
 
 		 503 aa  71.6  0.00000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2659  TolC family type I secretion outer membrane protein  21.34 
 
 		 451 aa  71.6  0.00000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003403  agglutination protein  21.74 
 
 		 436 aa  71.2  0.00000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000998881  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4142  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.12 
 
 		 472 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00647616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1633  Type I secretion outer membrane protein, TolC  23.58 
 
 		 519 aa  71.2  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.181955  normal  0.716054 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40250  putative outer membrane protein precursor  21.16 
 
 		 425 aa  70.9  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.311034  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0379  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.8 
 
 		 471 aa  70.9  0.00000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1880  outer membrane protein  23.97 
 
 		 492 aa  70.9  0.00000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0375089 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3945  putative outer membrane protein tolC precursor  23.89 
 
 		 461 aa  70.1  0.00000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.8738  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1826  Type I secretion outer membrane protein, TolC  22.19 
 
 		 487 aa  70.1  0.00000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1798  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.31 
 
 		 538 aa  70.1  0.00000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.99988  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1907  Type I secretion outer membrane protein, TolC  26.2 
 
 		 472 aa  70.1  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>