More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0959 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0959  transcriptional regulator  100 
 
 		 281 aa  570  1e-161  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.396174 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1407  RpiR family transcriptional regulator  43.32 
 
 		 280 aa  236  4e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.204474  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1233  RpiR family transcriptional regulator  42.45 
 
 		 280 aa  228  7e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0156819  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3411  transcriptional regulator, RpiR family  43.96 
 
 		 278 aa  228  9e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4532  RpiR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 313 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.872483  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0906  transcriptional regulator, RpiR family  32.2 
 
 		 279 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.505749  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3314  transcriptional regulator, RpiR family  29.52 
 
 		 279 aa  124  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0931  RpiR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 279 aa  120  1.9999999999999998e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0628212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3450  RpiR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 281 aa  119  3.9999999999999996e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3191  RpiR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 314 aa  120  3.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3330  RpiR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 277 aa  119  3.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2659  RpiR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390105  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3470  transcriptional regulator, RpiR family  28.78 
 
 		 280 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2787  transcriptional regulator, RpiR family  31.97 
 
 		 296 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000772388 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2057  RpiR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 272 aa  110  3e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2080  transcriptional regulator, RpiR family  36.89 
 
 		 285 aa  110  4.0000000000000004e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1331  RpiR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 314 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4066  RpiR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 303 aa  108  1e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1500  RpiR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 283 aa  107  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0876  transcriptional regulator, RpiR family  31.37 
 
 		 279 aa  105  9e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.820056  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0450  RpiR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 272 aa  103  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3429  RpiR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 274 aa  103  3e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02491  putative rpiR-family transcriptional regulatory protein  27.87 
 
 		 283 aa  100  2e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.232664  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0160  RpiR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 283 aa  97.8  2e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  23.98 
 
 		 287 aa  88.6  1e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2981  RpiR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 282 aa  79  0.00000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1966  transcriptional regulator, RpiR family  28.16 
 
 		 279 aa  75.1  0.000000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.166735  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  20.56 
 
 		 299 aa  72.8  0.000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 337 aa  71.2  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7853  putative transcriptional regulator, RpiR family  29.29 
 
 		 334 aa  69.3  0.00000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3507  transcriptional regulator, RpiR family  48.53 
 
 		 342 aa  69.3  0.00000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0619346 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  23.36 
 
 		 291 aa  69.3  0.00000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  23.36 
 
 		 291 aa  69.3  0.00000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3246  RpiR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 312 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.960864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6307  hypothetical protein  28.35 
 
 		 285 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.677226  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1929  RpiR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 358 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.434448  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  21.43 
 
 		 287 aa  67  0.0000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 294 aa  66.6  0.0000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1253  RpiR family transcriptional regulator  23.3 
 
 		 295 aa  66.2  0.0000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0224504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2922  RpiR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 286 aa  65.1  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0454555 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72650  hypothetical protein  27.44 
 
 		 285 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1872  RpiR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 291 aa  64.7  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.199866  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1411  transcriptional regulator, RpiR family  25.66 
 
 		 282 aa  64.7  0.000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7330  transcriptional regulator  25.95 
 
 		 313 aa  63.9  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0574  RpiR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 295 aa  63.2  0.000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000288568  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0624  RpiR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 297 aa  63.2  0.000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.768777  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  24.41 
 
 		 293 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 299 aa  63.2  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 288 aa  62.8  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 288 aa  62.4  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  21.79 
 
 		 282 aa  61.6  0.00000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3899  RpiR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 310 aa  61.6  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0299116 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  31.55 
 
 		 320 aa  61.2  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.47 
 
 		 289 aa  61.2  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 314 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1089  RpiR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 309 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.937606  normal  0.197064 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1915  RpiR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 289 aa  59.3  0.00000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  23.92 
 
 		 375 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  23.92 
 
 		 303 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  26.67 
 
 		 310 aa  59.3  0.00000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6012  transcriptional regulator, RpiR family  27.52 
 
 		 288 aa  58.9  0.00000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 293 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 293 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 293 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 293 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 293 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2428  DNA-binding helix-turn-helix domain-containing transcriptional regulator protein  26.86 
 
 		 272 aa  58.5  0.0000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.451037  normal  0.0398697 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2372  transcriptional regulator, RpiR family  26.79 
 
 		 310 aa  58.2  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.770006 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  28.12 
 
 		 314 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  28.01 
 
 		 299 aa  58.2  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0142  RpiR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 319 aa  57.8  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1544  transcriptional regulator, RpiR family  25.84 
 
 		 279 aa  57.8  0.0000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3000  transcriptional regulator, RpiR family  29.24 
 
 		 321 aa  58.2  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0260  transcriptional regulator, RpiR family  26.92 
 
 		 323 aa  57.4  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.379912 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2788  RpiR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 285 aa  57  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.293627 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3607  RpiR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 325 aa  57  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0198061 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1857  RpiR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 314 aa  57  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2636  transcriptional regulator, RpiR family  26.37 
 
 		 290 aa  56.6  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.126019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2046  DNA-binding transcriptional regulator HexR  22.3 
 
 		 289 aa  56.6  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.45003 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0972  SIS domain-containing protein  27.35 
 
 		 320 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.104915  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1237  DNA-binding transcriptional regulator HexR  22.3 
 
 		 289 aa  56.6  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.101978  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2101  DNA-binding transcriptional regulator HexR  22.3 
 
 		 289 aa  56.6  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.928102 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2041  DNA-binding transcriptional regulator HexR  22.3 
 
 		 289 aa  56.6  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0406  RpiR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 314 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0183  helix-turn-helix protein RpiR  23.11 
 
 		 291 aa  55.8  0.0000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2896  transcriptional regulator, RpiR family  25.87 
 
 		 290 aa  56.2  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0178  RpiR family transcriptional regulator  23.11 
 
 		 291 aa  55.8  0.0000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1110  SIS domain-containing protein  27.4 
 
 		 311 aa  55.8  0.0000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157669  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3100  RpiR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 319 aa  55.8  0.0000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1361  DNA-binding transcriptional regulator HexR  22.3 
 
 		 289 aa  55.5  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.812613  hitchhiker  0.000131827 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2280  DNA-binding transcriptional regulator HexR  21.63 
 
 		 282 aa  55.1  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.499915  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5348  RpiR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 299 aa  55.5  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.391246 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  26.36 
 
 		 331 aa  55.1  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15700  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.27 
 
 		 288 aa  55.5  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113933  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  28.64 
 
 		 332 aa  54.7  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1778  RpiR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 281 aa  54.3  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.141472  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0894  transcriptional regulator  37.88 
 
 		 289 aa  54.7  0.000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1655  RpiR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 317 aa  54.7  0.000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4138  RpiR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 292 aa  54.3  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.115522 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  25.91 
 
 		 329 aa  54.7  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>