More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1306 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_1306  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 305 aa  635    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.272206 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  65.31 
 
 		 295 aa  424  1e-117  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3929  transcriptional regulator, AraC family  60.81 
 
 		 303 aa  392  1e-108  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00465  transcriptional regulator  47.83 
 
 		 303 aa  290  2e-77  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6702  transcriptional regulator, AraC family  42.18 
 
 		 303 aa  229  6e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2111  transcriptional regulator, AraC family  40.61 
 
 		 304 aa  228  7e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0317919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0313  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  40.41 
 
 		 311 aa  225  7e-58  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.593516  normal  0.0908723 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4319  transcriptional regulator, AraC family  38.01 
 
 		 306 aa  225  9e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.414094  normal  0.0857311 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2643  transcriptional regulator, AraC family  40.2 
 
 		 305 aa  224  2e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0795381 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5696  transcriptional regulator, AraC family  40.41 
 
 		 301 aa  222  4.9999999999999996e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.673835  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4836  transcriptional regulator, AraC family  42.07 
 
 		 300 aa  222  6e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.335383  hitchhiker  0.00000110136 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2093  transcriptional regulator, AraC family  40.48 
 
 		 306 aa  221  9.999999999999999e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4692  helix-turn-helix domain-containing protein  39.38 
 
 		 304 aa  220  1.9999999999999999e-56  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873868  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3816  transcriptional regulator, AraC family  39.25 
 
 		 302 aa  219  6e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000942469  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1989  AraC family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.484982  normal  0.116886 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4324  transcriptional regulator, AraC family  39.38 
 
 		 302 aa  217  2.9999999999999998e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  0.0331702 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5664  transcriptional regulator, AraC family  39.38 
 
 		 305 aa  215  8e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.169654  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6183  transcriptional regulator, AraC family  40.88 
 
 		 302 aa  214  1.9999999999999998e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0614415 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2655  transcriptional regulator, AraC family  37.67 
 
 		 304 aa  214  1.9999999999999998e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.5275  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  38.99 
 
 		 297 aa  214  1.9999999999999998e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0477  helix-turn-helix domain-containing protein  38.51 
 
 		 304 aa  213  2.9999999999999995e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3135  transcriptional regulator, AraC family  38.64 
 
 		 307 aa  213  3.9999999999999995e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.91659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1308  helix-turn-helix domain-containing protein  38.72 
 
 		 306 aa  213  4.9999999999999996e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3644  transcriptional regulator, AraC family  38.01 
 
 		 306 aa  212  5.999999999999999e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4380  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 304 aa  211  9e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.072515  decreased coverage  0.000817798 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3787  transcriptional regulator, AraC family  40.62 
 
 		 298 aa  210  2e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0143656 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2324  helix-turn-helix domain-containing protein  37.8 
 
 		 306 aa  210  2e-53  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1405  transcriptional regulator, AraC family  36.49 
 
 		 305 aa  211  2e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.099769  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1767  transcriptional regulator, AraC family  40.34 
 
 		 300 aa  209  3e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6274  transcriptional regulator, AraC family  39.8 
 
 		 305 aa  209  3e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0452758  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6699  transcriptional regulator, AraC family  36.86 
 
 		 303 aa  209  4e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2529  transcriptional regulator, AraC family  37.54 
 
 		 312 aa  209  5e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.252181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4017  transcriptional regulator, AraC family  39.25 
 
 		 306 aa  209  6e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.176614  hitchhiker  0.00151279 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2759  transcriptional regulator, AraC family  38.57 
 
 		 300 aa  209  7e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.260442 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1859  transcriptional regulator, AraC family  37.33 
 
 		 306 aa  209  7e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10093  putative AraC family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 304 aa  208  8e-53  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2347  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  39.04 
 
 		 299 aa  207  2e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.482923  normal  0.205256 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0841  transcriptional regulator, AraC family  37.8 
 
 		 302 aa  206  3e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489932  normal  0.458947 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2714  transcriptional regulator, AraC family  37.97 
 
 		 308 aa  206  4e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5730  transcriptional regulator, AraC family  37.63 
 
 		 305 aa  205  1e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.861702 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2468  transcriptional regulator, AraC family  36.55 
 
 		 304 aa  204  1e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.409061 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6134  transcriptional regulator, AraC family  38.77 
 
 		 305 aa  202  5e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5133  transcriptional regulator, AraC family  34.12 
 
 		 307 aa  200  1.9999999999999998e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0705999  normal  0.246476 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3525  transcriptional regulator, AraC family  35.43 
 
 		 305 aa  199  3e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.96413  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3745  helix-turn-helix domain-containing protein  37.63 
 
 		 303 aa  196  4.0000000000000005e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1007  transcriptional regulator, AraC family  40.8 
 
 		 298 aa  195  8.000000000000001e-49  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5616  transcriptional regulator, AraC family  36.86 
 
 		 306 aa  195  1e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4108  transcriptional regulator, AraC family  36.39 
 
 		 305 aa  192  5e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00405906 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2180  transcriptional regulator, AraC family  36.49 
 
 		 295 aa  188  1e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.20744 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  27.95 
 
 		 305 aa  92  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  29.11 
 
 		 301 aa  90.1  4e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  25.75 
 
 		 296 aa  88.2  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2240  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 312 aa  85.1  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4241  transcriptional regulator, AraC family  29.44 
 
 		 331 aa  83.6  0.000000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.495489  normal  0.82932 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  30.81 
 
 		 295 aa  83.2  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  26.59 
 
 		 307 aa  82.4  0.000000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  26.24 
 
 		 314 aa  82  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  26.24 
 
 		 309 aa  80.9  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  25.17 
 
 		 290 aa  79.3  0.00000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4603  transcriptional regulator, AraC family  46.51 
 
 		 87 aa  79  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.463016  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  28.74 
 
 		 295 aa  78.6  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  29.54 
 
 		 290 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  28.63 
 
 		 271 aa  77.8  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4278  helix-turn-helix domain-containing protein  28.39 
 
 		 307 aa  77.4  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1158  transcriptional regulator, AraC family  24.24 
 
 		 303 aa  77  0.0000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  25.78 
 
 		 259 aa  76.6  0.0000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  28.2 
 
 		 301 aa  76.3  0.0000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  27.63 
 
 		 308 aa  75.9  0.0000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  27.31 
 
 		 302 aa  75.9  0.0000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  26.39 
 
 		 314 aa  75.9  0.0000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 		 290 aa  75.5  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0485  transcriptional regulator, AraC family  26.38 
 
 		 309 aa  75.1  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  46.25 
 
 		 546 aa  74.3  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  38 
 
 		 287 aa  74.3  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3497  AraC family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 198 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.27794  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3788  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  40.91 
 
 		 198 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  27.06 
 
 		 310 aa  73.6  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 286 aa  73.6  0.000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3697  two component AraC family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 517 aa  73.6  0.000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000611836  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1459  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  40.7 
 
 		 198 aa  73.2  0.000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000164097 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3751  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  39.53 
 
 		 198 aa  72.8  0.000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000128468 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3840  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  40.7 
 
 		 198 aa  72.8  0.000000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1539  transcriptional regulator, AraC family  37.65 
 
 		 293 aa  71.6  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0619786  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4620  transcriptional regulator, AraC family  29.86 
 
 		 293 aa  70.9  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 293 aa  71.6  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 1201 aa  71.6  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  27 
 
 		 299 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3585  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  38.37 
 
 		 198 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3485  AraC family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 198 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.781082  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3869  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  38.37 
 
 		 198 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 305 aa  70.9  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  24.7 
 
 		 292 aa  70.1  0.00000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1200  transcriptional regulator, AraC family  41.25 
 
 		 296 aa  70.1  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  39.02 
 
 		 513 aa  70.1  0.00000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  23.9 
 
 		 295 aa  70.5  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3772  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  37.5 
 
 		 198 aa  69.7  0.00000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4019  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 292 aa  68.9  0.00000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.992917  hitchhiker  0.00536454 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  37.17 
 
 		 290 aa  68.9  0.00000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.803525 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  37.35 
 
 		 515 aa  68.6  0.0000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0873  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 286 aa  68.6  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.947068  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>