More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_3157 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011898  Ccel_2177  pyruvate carboxyltransferase  80.18 
 
 		 457 aa  797    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.282539  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0518  pyruvate carboxyltransferase  75.22 
 
 		 465 aa  739    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0305589  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3097  pyruvate carboxyltransferase  66.15 
 
 		 470 aa  650    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000195078  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3157  pyruvate carboxyltransferase  100 
 
 		 459 aa  958    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000266472  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2226  pyruvate carboxyltransferase  63.33 
 
 		 452 aa  620  1e-176  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3301  pyruvate carboxyltransferase  55.02 
 
 		 609 aa  554  1e-156  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.709105 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1549  pyruvate carboxyltransferase  53.71 
 
 		 609 aa  526  1e-148  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2536  pyruvate carboxyltransferase  52.58 
 
 		 608 aa  512  1e-144  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0520244  normal  0.20942 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0520  HMGL-like domain-containing protein  51.48 
 
 		 604 aa  504  1e-141  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.999411  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2092  pyruvate carboxyltransferase  52.64 
 
 		 620 aa  503  1e-141  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.238477 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0102  pyruvate carboxyltransferase  51.49 
 
 		 611 aa  491  9.999999999999999e-139  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1009  pyruvate carboxyltransferase  51.68 
 
 		 311 aa  341  2e-92  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2246  pyruvate carboxyltransferase  38.58 
 
 		 436 aa  297  3e-79  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.792989 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1917  pyruvate carboxyltransferase  41.06 
 
 		 419 aa  289  8e-77  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0624  2-isopropylmalate synthase  32.46 
 
 		 442 aa  216  7e-55  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1075  pyruvate carboxyltransferase  32.7 
 
 		 425 aa  213  7.999999999999999e-54  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.00051273  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0336  pyruvate carboxyltransferase  32.73 
 
 		 353 aa  168  2e-40  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0415  trans-homoaconitate synthase  29.77 
 
 		 383 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000279687  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1035  trans-homoaconitate synthase  29.97 
 
 		 386 aa  131  2.0000000000000002e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.875019  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0785  trans-homoaconitate synthase  30.66 
 
 		 380 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2339  trans-homoaconitate synthase  28.9 
 
 		 377 aa  131  3e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0375  trans-homoaconitate synthase  28.93 
 
 		 390 aa  130  6e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1629  trans-homoaconitate synthase  28.88 
 
 		 382 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1099  trans-homoaconitate synthase  29.57 
 
 		 381 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1522  trans-homoaconitate synthase  28.01 
 
 		 387 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000249206  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1804  trans-homoaconitate synthase  28.35 
 
 		 377 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.248847  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1776  trans-homoaconitate synthase  28.35 
 
 		 377 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0937  trans-homoaconitate synthase  29.48 
 
 		 383 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.34033  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2127  trans-homoaconitate synthase  29.6 
 
 		 382 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.70661 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4450  pyruvate carboxyltransferase  28.38 
 
 		 402 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08050  trans-homoaconitate synthase  29.19 
 
 		 385 aa  120  6e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000328807  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3956  trans-homoaconitate synthase  27.1 
 
 		 377 aa  118  1.9999999999999998e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000442748  hitchhiker  0.00302646 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5088  homocitrate synthase  28.36 
 
 		 397 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4041  trans-homoaconitate synthase  27.73 
 
 		 372 aa  118  3e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.397636 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3368  trans-homoaconitate synthase  29.07 
 
 		 383 aa  118  3e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2269  pyruvate carboxyltransferase  27.3 
 
 		 392 aa  117  5e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.319025  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1703  trans-homoaconitate synthase  29.41 
 
 		 381 aa  116  6.9999999999999995e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0424  trans-homoaconitate synthase  29.86 
 
 		 380 aa  116  7.999999999999999e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.163132  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1765  2-isopropylmalate synthase  27.11 
 
 		 460 aa  116  8.999999999999998e-25  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.877684 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2146  trans-homoaconitate synthase  28.48 
 
 		 382 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0531  2-isopropylmalate synthase  26.02 
 
 		 514 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.428249  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0485  homocitrate synthase  28.03 
 
 		 400 aa  115  2.0000000000000002e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1596  2-isopropylmalate synthase  26.77 
 
 		 514 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.343171  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0849  2-isopropylmalate synthase  28.12 
 
 		 514 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0347  (R)-citramalate synthase  28.16 
 
 		 492 aa  114  3e-24  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0316  2-isopropylmalate synthase  27.04 
 
 		 514 aa  114  3e-24  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.196798 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1059  pyruvate carboxyltransferase  28.57 
 
 		 377 aa  113  8.000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0254  homocitrate synthase  28.61 
 
 		 384 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01640  nitrogen fixation homocitrate synthase  26.99 
 
 		 384 aa  112  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1398  pyruvate carboxyltransferase  28.44 
 
 		 378 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.321846  normal  0.109349 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2367  trans-homoaconitate synthase  26.58 
 
 		 377 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.712656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0517  2-isopropylmalate synthase  30 
 
 		 515 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000128624  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2073  trans-homoaconitate synthase  28.12 
 
 		 382 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2110  trans-homoaconitate synthase  28.4 
 
 		 400 aa  111  3e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0692  trans-homoaconitate synthase  28.16 
 
 		 383 aa  111  3e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0260  (R)-citramalate synthase  30 
 
 		 492 aa  111  3e-23  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0093381 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0576  (R)-citramalate synthase  29.11 
 
 		 492 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0279  homocitrate synthase  28.97 
 
 		 381 aa  110  4.0000000000000004e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4071  homocitrate synthase  27.75 
 
 		 413 aa  110  4.0000000000000004e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00164533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1986  2-isopropylmalate synthase  30.36 
 
 		 511 aa  110  6e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1641  (R)-citramalate synthase  28.8 
 
 		 492 aa  109  9.000000000000001e-23  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.345484  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5875  homocitrate synthase  27.09 
 
 		 379 aa  109  9.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.295774  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1938  trans-homoaconitate synthase  27.83 
 
 		 383 aa  109  1e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00360416  unclonable  0.0000000147263 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1366  homocitrate synthase  27.35 
 
 		 384 aa  109  1e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0385  2-isopropylmalate synthase  26.53 
 
 		 514 aa  108  2e-22  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0388632  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1438  putative homocitrate synthase  27.43 
 
 		 378 aa  108  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0435894  normal  0.0132652 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1965  2-isopropylmalate synthase  28.77 
 
 		 556 aa  108  2e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.130131 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0306  2-isopropylmalate synthase  27.89 
 
 		 503 aa  108  2e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.168492 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1624  pyruvate carboxyltransferase  27.12 
 
 		 388 aa  108  2e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0982  pyruvate carboxyltransferase  27.49 
 
 		 389 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.952279  normal  0.0622527 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2153  2-isopropylmalate synthase  28.66 
 
 		 516 aa  107  3e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1086  Alpha-isopropylmalate/homocitrate synthase  28.78 
 
 		 394 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0025  (R)-citramalate synthase  26.98 
 
 		 515 aa  107  4e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3466  trans-homoaconitate synthase  27.56 
 
 		 389 aa  107  6e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0588  (R)-citramalate synthase  25.85 
 
 		 516 aa  106  7e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.404702  normal  0.8161 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2489  pyruvate carboxyltransferase  25.77 
 
 		 508 aa  106  9e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2516  2-isopropylmalate synthase  28.31 
 
 		 511 aa  105  1e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0994  trans-homoaconitate synthase  26.23 
 
 		 387 aa  105  1e-21  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1604  trans-homoaconitate synthase  27.16 
 
 		 378 aa  105  1e-21  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1391  2-isopropylmalate synthase  29.76 
 
 		 511 aa  106  1e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3171  2-isopropylmalate synthase  27.96 
 
 		 505 aa  105  1e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.194336  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1286  2-isopropylmalate synthase  29.61 
 
 		 515 aa  105  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1279  2-isopropylmalate synthase  29.61 
 
 		 515 aa  105  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2072  2-isopropylmalate synthase  30.42 
 
 		 513 aa  105  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1424  2-isopropylmalate synthase  29.61 
 
 		 515 aa  105  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1576  2-isopropylmalate synthase  29.45 
 
 		 527 aa  105  2e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.725891  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3741  2-isopropylmalate synthase  26.18 
 
 		 386 aa  105  2e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42440  2-isopropylmalate synthase  29.67 
 
 		 516 aa  105  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.892988  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1553  2-isopropylmalate synthase  28.22 
 
 		 556 aa  105  2e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.491054 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1533  trans-homoaconitate synthase  25.87 
 
 		 393 aa  105  2e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.200545  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1522  trans-homoaconitate synthase  26.17 
 
 		 386 aa  104  3e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2176  2-isopropylmalate synthase  29.61 
 
 		 514 aa  104  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2141  2-isopropylmalate synthase  28.02 
 
 		 519 aa  104  3e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.720274  normal  0.0787269 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1018  2-isopropylmalate synthase  29.91 
 
 		 514 aa  104  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.284952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2298  2-isopropylmalate synthase  29.61 
 
 		 514 aa  104  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.16398  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2223  2-isopropylmalate synthase  30.12 
 
 		 513 aa  104  3e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.556121 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4446  2-isopropylmalate synthase  27.25 
 
 		 555 aa  104  4e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0476  pyruvate carboxyltransferase  24.94 
 
 		 511 aa  104  4e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0150  homocitrate synthase  26.51 
 
 		 415 aa  104  4e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2777  2-isopropylmalate synthase  28.44 
 
 		 511 aa  103  5e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>