More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6093 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 295 aa  613  9.999999999999999e-175  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 289 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 286 aa  130  2.0000000000000002e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  31.79 
 
 		 290 aa  127  3e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 		 307 aa  119  4.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 293 aa  117  3e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  29.71 
 
 		 280 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  29.88 
 
 		 290 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  27.99 
 
 		 299 aa  104  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  28.34 
 
 		 290 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0890  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.34 
 
 		 283 aa  102  9e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312138 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 282 aa  101  1e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  27.1 
 
 		 295 aa  100  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 290 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  25.91 
 
 		 285 aa  99.4  6e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  23.6 
 
 		 307 aa  99.4  6e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  26.22 
 
 		 294 aa  99  8e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 		 295 aa  98.2  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  26.24 
 
 		 294 aa  98.2  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  29.34 
 
 		 295 aa  97.4  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  25.09 
 
 		 293 aa  97.1  3e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5517  transcriptional regulator, AraC family  26.74 
 
 		 303 aa  96.7  4e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0042541  normal  0.0106671 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  28.74 
 
 		 311 aa  95.9  6e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3260  AraC family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 294 aa  95.9  7e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3857  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 293 aa  95.1  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.906339 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  26.03 
 
 		 280 aa  94.4  2e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  26.62 
 
 		 285 aa  94.4  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1200  transcriptional regulator, AraC family  25.9 
 
 		 296 aa  94.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  27.34 
 
 		 301 aa  94.4  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3383  transcriptional regulator, AraC family  25.87 
 
 		 290 aa  94  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0398401  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4655  AraC family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 291 aa  93.2  4e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.70214  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  26.52 
 
 		 289 aa  92.8  6e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  25.97 
 
 		 294 aa  92.4  8e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 309 aa  91.7  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 305 aa  91.7  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3605  hypothetical protein  28.97 
 
 		 291 aa  90.9  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3374  helix-turn-helix domain-containing protein  25.11 
 
 		 289 aa  90.5  3e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 310 aa  90.1  4e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  25.5 
 
 		 288 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3534  transcriptional regulator, AraC family  24.14 
 
 		 309 aa  89.4  7e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0611769  normal  0.445851 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 279 aa  88.6  1e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 297 aa  88.6  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  25.1 
 
 		 288 aa  89  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6410  transcriptional regulator, AraC family  25.36 
 
 		 279 aa  88.6  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  24.61 
 
 		 309 aa  87.8  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  25.17 
 
 		 289 aa  87.4  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  27.41 
 
 		 274 aa  87.8  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1158  transcriptional regulator, AraC family  25.56 
 
 		 303 aa  87.8  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  25.51 
 
 		 296 aa  87.8  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0873  transcriptional regulator, AraC family  25.09 
 
 		 286 aa  87.8  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.947068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  25.2 
 
 		 259 aa  87.8  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  24.15 
 
 		 298 aa  87.4  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  26.76 
 
 		 293 aa  87.4  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  26.7 
 
 		 289 aa  87  4e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2210  transcriptional regulator, AraC family  26.59 
 
 		 286 aa  86.3  5e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.423817  normal  0.20032 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 		 301 aa  86.7  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  25.51 
 
 		 287 aa  86.3  6e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  28.57 
 
 		 300 aa  86.3  6e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5271  transcriptional regulator, AraC family  25.6 
 
 		 284 aa  86.3  6e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0620952  normal  0.0372935 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  28.46 
 
 		 278 aa  85.9  8e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  25.3 
 
 		 282 aa  85.9  8e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  24.78 
 
 		 292 aa  85.9  8e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4935  AraC family transcriptional regulator  26 
 
 		 319 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.645448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  24.22 
 
 		 297 aa  85.1  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  31.74 
 
 		 282 aa  85.1  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2771  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 		 292 aa  85.5  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.698515  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  23.58 
 
 		 292 aa  85.5  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  25.64 
 
 		 294 aa  84.7  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4042  transcriptional regulator, AraC family  25.11 
 
 		 295 aa  85.5  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.600459  normal  0.0950634 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 283 aa  85.1  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0485  transcriptional regulator, AraC family  26.92 
 
 		 309 aa  84.7  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1351  transcriptional regulator, AraC family  25.81 
 
 		 284 aa  84.3  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  22.3 
 
 		 308 aa  84.3  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  22.44 
 
 		 297 aa  84.3  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 290 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  23.05 
 
 		 314 aa  84  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1839  helix-turn-helix domain-containing protein  28.02 
 
 		 302 aa  83.6  0.000000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.357373  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2435  AraC family transcriptional regulator  23.67 
 
 		 281 aa  83.2  0.000000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.996011  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  26.05 
 
 		 315 aa  82.8  0.000000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4620  transcriptional regulator, AraC family  25.38 
 
 		 293 aa  82.8  0.000000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4132  transcriptional regulator, AraC family  25.3 
 
 		 299 aa  82.4  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0973484 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  26.07 
 
 		 290 aa  82.8  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.803525 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  23.39 
 
 		 290 aa  82.4  0.000000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1116  transcriptional regulator, AraC family  27.94 
 
 		 289 aa  82.4  0.000000000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899816  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  24.8 
 
 		 303 aa  82.4  0.000000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 317 aa  82.4  0.000000000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1116  transcriptional regulator, AraC family  25.52 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.49707  normal  0.304596 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0706  AraC family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  22.26 
 
 		 321 aa  81.6  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2198  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 292 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.983823  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  29.52 
 
 		 290 aa  82  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 305 aa  80.9  0.00000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2048  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0841586  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  22.87 
 
 		 285 aa  80.9  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3135  transcriptional regulator, AraC family  24.7 
 
 		 307 aa  80.9  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.91659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4330  transcriptional regulator, AraC family  24.8 
 
 		 305 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0359782 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  22.99 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2992  helix-turn-helix domain-containing protein  27.13 
 
 		 266 aa  80.5  0.00000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0239813  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  24.4 
 
 		 283 aa  80.9  0.00000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  24.72 
 
 		 305 aa  80.5  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>