More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4737 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_4737  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  100 
 
 
515 aa  1049    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0920124  hitchhiker  0.000878873 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  58.12 
 
 
481 aa  355  1e-96  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  59.42 
 
 
875 aa  353  4e-96  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4854  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.4 
 
 
541 aa  350  4e-95  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.246176  normal  0.0147757 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  56.07 
 
 
635 aa  347  3e-94  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2223  NifA subfamily transcriptional regulator  57.14 
 
 
556 aa  338  9.999999999999999e-92  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0251727  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0058  Fis family transcriptional regulator  57.23 
 
 
699 aa  337  2.9999999999999997e-91  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1739  Sigma 54 interacting domain protein  47.41 
 
 
479 aa  335  7.999999999999999e-91  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  57 
 
 
488 aa  335  9e-91  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.63 
 
 
1082 aa  332  1e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2000  Fis family transcriptional regulator  53.89 
 
 
700 aa  330  5.0000000000000004e-89  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.255571  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  55.33 
 
 
650 aa  330  5.0000000000000004e-89  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  53.29 
 
 
693 aa  328  2.0000000000000001e-88  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0398  Fis family transcriptional regulator  56.9 
 
 
687 aa  325  1e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0097  Fis family transcriptional regulator  54.95 
 
 
699 aa  325  1e-87  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0072  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  55.56 
 
 
694 aa  323  3e-87  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0067  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  52.53 
 
 
699 aa  323  4e-87  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1742  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  54.46 
 
 
346 aa  323  6e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.167315  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  40.15 
 
 
670 aa  323  6e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  55.15 
 
 
457 aa  322  9.999999999999999e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  53.04 
 
 
551 aa  322  9.999999999999999e-87  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.27 
 
 
670 aa  321  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  55.52 
 
 
473 aa  321  1.9999999999999998e-86  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  40.15 
 
 
670 aa  321  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  52.94 
 
 
653 aa  321  1.9999999999999998e-86  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  40.15 
 
 
670 aa  320  3e-86  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  39.96 
 
 
648 aa  320  3e-86  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  40.15 
 
 
668 aa  320  3.9999999999999996e-86  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5444  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  58.31 
 
 
515 aa  320  3.9999999999999996e-86  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  40.15 
 
 
670 aa  320  3.9999999999999996e-86  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2869  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  51.64 
 
 
648 aa  320  5e-86  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990966 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  39.96 
 
 
670 aa  320  6e-86  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1431  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  52.82 
 
 
806 aa  318  2e-85  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.333003  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  50.99 
 
 
664 aa  317  3e-85  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1563  Fis family transcriptional regulator  51.48 
 
 
348 aa  315  9.999999999999999e-85  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.290119  normal  0.356277 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4365  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  51.38 
 
 
471 aa  315  1.9999999999999998e-84  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.231326 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1092  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  53.64 
 
 
647 aa  315  1.9999999999999998e-84  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1348  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  52.46 
 
 
461 aa  314  2.9999999999999996e-84  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3671  Sigma 54 interacting domain protein  54.43 
 
 
657 aa  312  6.999999999999999e-84  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53 
 
 
1139 aa  311  1e-83  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2163  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  52.12 
 
 
575 aa  311  2e-83  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  51.29 
 
 
641 aa  311  2e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1061  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.94 
 
 
602 aa  310  4e-83  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  51.77 
 
 
630 aa  310  5.9999999999999995e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2053  Fis family transcriptional regulator  51.78 
 
 
664 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0887  Fis family transcriptional regulator  50.81 
 
 
488 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0902  Fis family transcriptional regulator  51.47 
 
 
551 aa  306  5.0000000000000004e-82  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0336784  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.83 
 
 
451 aa  306  6e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2671  NifA subfamily transcriptional regulator  53 
 
 
726 aa  305  1.0000000000000001e-81  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3135  Fis family transcriptional regulator  50.49 
 
 
488 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2085  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  51.66 
 
 
457 aa  305  1.0000000000000001e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2724  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  51.43 
 
 
723 aa  305  2.0000000000000002e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00255153  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3727  Fis family transcriptional regulator  52.65 
 
 
342 aa  304  2.0000000000000002e-81  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1020  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  52.12 
 
 
516 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4819  putative PAS/PAC sensor protein  51.99 
 
 
639 aa  305  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931956 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3227  Fis family transcriptional regulator  50.49 
 
 
488 aa  304  3.0000000000000004e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.539563  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0268  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  52.3 
 
 
651 aa  303  4.0000000000000003e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0582  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  39.47 
 
 
517 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3750  Fis family transcriptional regulator  50.16 
 
 
379 aa  303  5.000000000000001e-81  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.634996  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  51.14 
 
 
629 aa  302  7.000000000000001e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  51.14 
 
 
629 aa  302  1e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1266  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  51.9 
 
 
724 aa  301  2e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0326  NifA subfamily transcriptional regulator  47.18 
 
 
733 aa  300  3e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.399529  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1282  putative GAF sensor protein  39.63 
 
 
509 aa  301  3e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1060  Fis family transcriptional regulator  51.49 
 
 
486 aa  299  8e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1027  Fis family transcriptional regulator  50.97 
 
 
486 aa  299  8e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4540  Fis family transcriptional regulator  50.32 
 
 
607 aa  299  9e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  50.99 
 
 
510 aa  299  9e-80  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  52.2 
 
 
463 aa  299  9e-80  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0958  Fis family transcriptional regulator  50.97 
 
 
486 aa  299  9e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3332  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  50.97 
 
 
486 aa  299  1e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2522  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.83 
 
 
509 aa  298  2e-79  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3010  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.93 
 
 
601 aa  297  3e-79  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3660  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  50.5 
 
 
488 aa  297  3e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1076  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  52.13 
 
 
641 aa  297  3e-79  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000748726  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3359  NifA subfamily transcriptional regulator  42.61 
 
 
674 aa  297  3e-79  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3238  putative PAS/PAC sensor protein  48.24 
 
 
624 aa  297  4e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2440  NifA subfamily transcriptional regulator  37.85 
 
 
688 aa  296  5e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2981  formate hydrogenlyase transcriptional activator  50.65 
 
 
692 aa  296  6e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.29 
 
 
470 aa  295  1e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3983  formate hydrogenlyase transcriptional activator  49.35 
 
 
692 aa  295  1e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.933844  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2253  Fis family transcriptional regulator  50.16 
 
 
648 aa  295  1e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.358713  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3048  formate hydrogenlyase transcriptional activator  50.81 
 
 
687 aa  295  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396389 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02581  DNA-binding transcriptional activator  49.84 
 
 
692 aa  295  2e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0958  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  49.84 
 
 
692 aa  295  2e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  51.5 
 
 
483 aa  294  2e-78  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  49.35 
 
 
692 aa  294  2e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.573281 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02546  hypothetical protein  49.84 
 
 
692 aa  295  2e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.26 
 
 
473 aa  295  2e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3204  NifA subfamily transcriptional regulator  40.43 
 
 
690 aa  295  2e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3019  formate hydrogenlyase transcriptional activator  49.35 
 
 
692 aa  294  2e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2868  formate hydrogenlyase transcriptional activator  49.84 
 
 
692 aa  295  2e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3064  formate hydrogenlyase transcriptional activator  50.81 
 
 
692 aa  295  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0761446 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0981  NifA subfamily transcriptional regulator  49.84 
 
 
692 aa  295  2e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.427916 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1300  putative phytochrome sensor protein  44.64 
 
 
518 aa  295  2e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3169  formate hydrogenlyase transcriptional activator  50.81 
 
 
687 aa  295  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.781229 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3993  Fis family transcriptional regulator  50.5 
 
 
486 aa  295  2e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000527576  normal  0.307332 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3012  formate hydrogenlyase transcriptional activator  50.81 
 
 
692 aa  294  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0157191 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  51.16 
 
 
485 aa  293  4e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2337  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.58 
 
 
521 aa  293  4e-78  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>