More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0129 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_0129  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 313 aa  646    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  62.37 
 
 		 308 aa  399  9.999999999999999e-111  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  27.13 
 
 		 293 aa  108  8.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  27.03 
 
 		 290 aa  104  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  26.91 
 
 		 290 aa  103  3e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  29.07 
 
 		 292 aa  103  4e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3388  transcriptional regulator, AraC family  26.24 
 
 		 328 aa  96.3  6e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.470852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  24.52 
 
 		 310 aa  94  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 307 aa  93.2  5e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3534  transcriptional regulator, AraC family  26.79 
 
 		 309 aa  92.8  7e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0611769  normal  0.445851 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4278  helix-turn-helix domain-containing protein  30.58 
 
 		 307 aa  92.4  9e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  26.07 
 
 		 289 aa  91.7  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 293 aa  92.4  1e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  26.36 
 
 		 289 aa  92  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4132  transcriptional regulator, AraC family  27.41 
 
 		 299 aa  90.9  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0973484 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6594  transcriptional regulator, AraC family  27.72 
 
 		 283 aa  90.5  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.981144 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  25.71 
 
 		 307 aa  90.1  4e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4030  helix-turn-helix domain-containing protein  25.19 
 
 		 282 aa  90.1  4e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2958  transcriptional regulator, AraC family  26.76 
 
 		 297 aa  89.7  5e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000611309 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3383  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 		 290 aa  89.4  7e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0398401  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 289 aa  89.4  7e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3374  helix-turn-helix domain-containing protein  27.91 
 
 		 289 aa  89.4  7e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4042  transcriptional regulator, AraC family  26.21 
 
 		 295 aa  87  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.600459  normal  0.0950634 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  23.91 
 
 		 301 aa  87.4  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  26.36 
 
 		 305 aa  87  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6379  transcriptional regulator, AraC family  24.66 
 
 		 297 aa  86.3  6e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5575  transcriptional regulator, AraC family  25.44 
 
 		 320 aa  86.3  7e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.229982 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2240  transcriptional regulator, AraC family  25.67 
 
 		 312 aa  85.9  7e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  24.51 
 
 		 314 aa  85.9  8e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1839  helix-turn-helix domain-containing protein  25.17 
 
 		 302 aa  85.5  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.357373  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5517  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 303 aa  84.3  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0042541  normal  0.0106671 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0485  transcriptional regulator, AraC family  26.5 
 
 		 309 aa  84.7  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  28.96 
 
 		 301 aa  84  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  24.1 
 
 		 299 aa  84  0.000000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  25.96 
 
 		 309 aa  82.4  0.000000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6725  transcriptional regulator, AraC family  22.96 
 
 		 300 aa  82.4  0.000000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.342699  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 309 aa  82  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  22.8 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  23.97 
 
 		 310 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1550  transcriptional regulator, AraC family  25.29 
 
 		 306 aa  81.3  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0774112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1158  transcriptional regulator, AraC family  25.49 
 
 		 303 aa  81.3  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1116  transcriptional regulator, AraC family  24.48 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.49707  normal  0.304596 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  25.83 
 
 		 283 aa  80.5  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6120  transcriptional regulator, AraC family  24.06 
 
 		 291 aa  80.9  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  27.31 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  23.57 
 
 		 290 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  24.06 
 
 		 295 aa  79.7  0.00000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  22.66 
 
 		 288 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  24.42 
 
 		 290 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2115  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 279 aa  78.6  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  21.71 
 
 		 296 aa  78.6  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  23.35 
 
 		 288 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4655  AraC family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 291 aa  78.2  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.70214  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6244  transcriptional regulator, AraC family  29.82 
 
 		 304 aa  77.8  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  26.92 
 
 		 299 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  26.7 
 
 		 293 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3298  transcriptional regulator, AraC family  26.39 
 
 		 300 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00023155 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  22.11 
 
 		 295 aa  77  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4701  transcriptional regulator, AraC family  25.26 
 
 		 297 aa  76.6  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0913781  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  26.91 
 
 		 294 aa  76.3  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  25.28 
 
 		 314 aa  76.3  0.0000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 		 302 aa  75.9  0.0000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  21.74 
 
 		 292 aa  75.5  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  20.83 
 
 		 292 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  23.44 
 
 		 293 aa  73.9  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  22.63 
 
 		 259 aa  73.9  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6122  transcriptional regulator AraC family  25.97 
 
 		 308 aa  74.3  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.335204  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0938  transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 293 aa  73.9  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.210407  normal  0.519262 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  23.17 
 
 		 297 aa  73.6  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  20.53 
 
 		 292 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  24.22 
 
 		 296 aa  73.2  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5021  AraC family transcriptional regulator  24.78 
 
 		 295 aa  73.6  0.000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.579106  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2386  AraC family transcriptional regulator  20.83 
 
 		 292 aa  73.6  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.939671 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  22.83 
 
 		 286 aa  73.2  0.000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2832  transcriptional regulator, AraC family  31.03 
 
 		 127 aa  73.2  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0139724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1199  AraC family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 310 aa  72.4  0.000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  23.42 
 
 		 294 aa  72.4  0.000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6762  transcriptional regulator, AraC family  23.99 
 
 		 287 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  21.21 
 
 		 292 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1103  helix-turn-helix domain-containing protein  24.05 
 
 		 298 aa  72  0.00000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.403298  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  21.43 
 
 		 292 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  35.04 
 
 		 278 aa  71.6  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  20.14 
 
 		 303 aa  71.2  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3306  helix-turn-helix domain-containing protein  23.86 
 
 		 281 aa  71.6  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1302  transcriptional regulator, AraC family  23.51 
 
 		 289 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  24.62 
 
 		 274 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2468  transcriptional regulator, AraC family  26.27 
 
 		 304 aa  70.9  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.409061 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4329  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 319 aa  70.9  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.925614  normal  0.0225103 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4892  transcriptional regulator, AraC family  23.97 
 
 		 299 aa  70.9  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.838106  normal  0.621301 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  23.51 
 
 		 311 aa  70.9  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  23.17 
 
 		 305 aa  70.9  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6134  transcriptional regulator, AraC family  26.21 
 
 		 305 aa  70.5  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  23.31 
 
 		 289 aa  70.5  0.00000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  37.93 
 
 		 250 aa  70.5  0.00000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 290 aa  69.3  0.00000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1351  transcriptional regulator, AraC family  24.03 
 
 		 284 aa  69.3  0.00000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  37.93 
 
 		 250 aa  69.3  0.00000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 310 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  23.57 
 
 		 295 aa  69.3  0.00000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4803  transcriptional regulator, AraC family  24.26 
 
 		 299 aa  68.9  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.413232 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>