More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cagg_0154 on replicon NC_011831
Organism: Chloroflexus aggregans DSM 9485



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 
351 aa  714    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  73.09 
 
 
349 aa  493  9.999999999999999e-139  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0048  nifR3 family TIM-barrel protein  71.56 
 
 
335 aa  468  1.0000000000000001e-131  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.11245  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  65.85 
 
 
362 aa  452  1.0000000000000001e-126  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.5 
 
 
370 aa  278  8e-74  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  42.54 
 
 
325 aa  265  1e-69  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.69 
 
 
324 aa  264  2e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.58 
 
 
321 aa  259  6e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.61 
 
 
321 aa  251  9.000000000000001e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.81 
 
 
325 aa  247  2e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  42.47 
 
 
347 aa  245  9.999999999999999e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  40 
 
 
342 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  38.44 
 
 
318 aa  239  4e-62  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.54 
 
 
322 aa  227  2e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  37.58 
 
 
319 aa  225  9e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  39.67 
 
 
347 aa  224  2e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  40.37 
 
 
333 aa  224  2e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.53 
 
 
351 aa  223  4.9999999999999996e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.98 
 
 
332 aa  221  9.999999999999999e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.75 
 
 
320 aa  220  1.9999999999999999e-56  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  37.25 
 
 
322 aa  221  1.9999999999999999e-56  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  38.39 
 
 
326 aa  221  1.9999999999999999e-56  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  37.85 
 
 
320 aa  219  3.9999999999999997e-56  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.18 
 
 
326 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  37.99 
 
 
331 aa  218  1e-55  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.21 
 
 
334 aa  218  2e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  43.04 
 
 
322 aa  216  4e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  41.93 
 
 
336 aa  216  4e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  35.09 
 
 
326 aa  214  1.9999999999999998e-54  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  35.09 
 
 
326 aa  214  1.9999999999999998e-54  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  35.58 
 
 
333 aa  213  2.9999999999999995e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.2 
 
 
358 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3790  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.88 
 
 
352 aa  211  2e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.315896  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.66 
 
 
333 aa  210  3e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.74 
 
 
347 aa  209  5e-53  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.31 
 
 
328 aa  209  8e-53  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2588  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  42.03 
 
 
353 aa  208  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.225137  hitchhiker  0.00524476 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3680  dihydrouridine synthase DuS  39.31 
 
 
322 aa  208  1e-52  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  39.6 
 
 
329 aa  207  2e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6537  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.24 
 
 
357 aa  207  3e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.8 
 
 
353 aa  207  3e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  37.92 
 
 
346 aa  207  3e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.86 
 
 
346 aa  206  3e-52  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  40.65 
 
 
332 aa  206  4e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  40.65 
 
 
332 aa  206  4e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.77 
 
 
343 aa  205  7e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  40.32 
 
 
332 aa  205  8e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.8 
 
 
327 aa  205  8e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1676  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45.3 
 
 
362 aa  205  9e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.433168  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  40.32 
 
 
332 aa  205  1e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  40.32 
 
 
332 aa  205  1e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  35.48 
 
 
317 aa  204  1e-51  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  40.32 
 
 
332 aa  204  2e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  40.32 
 
 
332 aa  204  2e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1745  YjbN family TIM-barrel protein  42.11 
 
 
327 aa  204  3e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.856345  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  38.66 
 
 
355 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2884  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  43.21 
 
 
354 aa  203  3e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.423298  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.66 
 
 
355 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  38.66 
 
 
355 aa  203  3e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  38.66 
 
 
355 aa  203  3e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  38.66 
 
 
355 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  40.62 
 
 
353 aa  203  4e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.26 
 
 
354 aa  202  5e-51  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.66 
 
 
355 aa  202  6e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2236  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.32 
 
 
347 aa  202  6e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  38.49 
 
 
355 aa  202  8e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.5 
 
 
357 aa  202  9e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.29 
 
 
354 aa  202  9.999999999999999e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.48 
 
 
317 aa  202  9.999999999999999e-51  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  38.49 
 
 
354 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  39.55 
 
 
332 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.87 
 
 
331 aa  201  1.9999999999999998e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  40.53 
 
 
324 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  39.32 
 
 
350 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  36.3 
 
 
324 aa  201  1.9999999999999998e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  40.53 
 
 
324 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.95 
 
 
321 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  40.51 
 
 
332 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2936  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.1 
 
 
342 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.123806  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  40.51 
 
 
332 aa  200  3e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1617  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.14 
 
 
315 aa  200  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  39.53 
 
 
347 aa  200  3e-50  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.8 
 
 
381 aa  200  3.9999999999999996e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  43.24 
 
 
332 aa  200  3.9999999999999996e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  39.55 
 
 
332 aa  199  5e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.98 
 
 
326 aa  199  6e-50  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5928  NifR3 family TIM-barrel protein  47.13 
 
 
358 aa  199  7.999999999999999e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235316  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.29 
 
 
337 aa  198  9e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  43.88 
 
 
333 aa  199  9e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.43 
 
 
327 aa  198  9e-50  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2818  NifR3 family TIM-barrel protein  47.88 
 
 
342 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.758509  normal  0.404964 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2861  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.8 
 
 
333 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.75 
 
 
328 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  40.65 
 
 
332 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4404  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.24 
 
 
337 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558017  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.56 
 
 
337 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  40.31 
 
 
335 aa  197  2.0000000000000003e-49  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.85 
 
 
352 aa  197  2.0000000000000003e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  36.84 
 
 
334 aa  197  2.0000000000000003e-49  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2576  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  41.96 
 
 
356 aa  197  3e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.04538  normal  0.387025 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>