258 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_4955 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_4955  exonuclase  100 
 
 
228 aa  468  1.0000000000000001e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1867  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.44 
 
 
246 aa  167  9e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.675746 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1044  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  37.79 
 
 
230 aa  166  2.9999999999999998e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.69033  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0909  DNA polymerase III subunit epsilon  36.99 
 
 
236 aa  147  9e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0718919  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003607  DNA polymerase III epsilon subunit  36.54 
 
 
248 aa  144  8.000000000000001e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02456  DNA polymerase III subunit epsilon  36.71 
 
 
249 aa  144  1e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0050  DNA polymerase III subunit epsilon  39.07 
 
 
239 aa  142  6e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0099  DNA polymerase III subunit epsilon  35.38 
 
 
238 aa  132  3.9999999999999996e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01887  DNA polymerase III subunit epsilon  34.74 
 
 
239 aa  129  3e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003140  DNA polymerase III epsilon subunit  35.68 
 
 
239 aa  129  3e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4544  DNA polymerase III subunit epsilon  36.36 
 
 
235 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804755  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0979  DNA polymerase III subunit epsilon  33.19 
 
 
241 aa  129  4.0000000000000003e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4339  DNA polymerase III subunit epsilon  33.65 
 
 
236 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2322  DNA polymerase III subunit epsilon  35.52 
 
 
238 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0721155  normal  0.012289 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  34.5 
 
 
251 aa  126  3e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3130  DNA polymerase III subunit epsilon  34.67 
 
 
240 aa  126  3e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.411931  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0836  DNA polymerase III subunit epsilon  36.02 
 
 
240 aa  123  3e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0266  DNA polymerase III subunit epsilon  33.5 
 
 
240 aa  120  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
233 aa  116  3e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0968  DNA polymerase III subunit epsilon  35.52 
 
 
238 aa  115  3.9999999999999997e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1713  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.05 
 
 
228 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.180108  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2750  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.56 
 
 
228 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.336588  normal  0.0259653 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2671  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.05 
 
 
228 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2636  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.56 
 
 
228 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.815418  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0301  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.48 
 
 
236 aa  108  9.000000000000001e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1810  DNA polymerase III subunit epsilon  31.6 
 
 
238 aa  107  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0529  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  33.65 
 
 
224 aa  105  6e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.56514  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.1 
 
 
232 aa  104  9e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.77 
 
 
233 aa  104  9e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2368  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  30.59 
 
 
226 aa  104  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0245873 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1752  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  30.19 
 
 
228 aa  103  3e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.974863  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1549  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  28.92 
 
 
229 aa  102  4e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.418832  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1698  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.61 
 
 
228 aa  102  5e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1577  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  29.35 
 
 
228 aa  101  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0160507 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1516  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  28.36 
 
 
228 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.845972  normal  0.0175555 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1583  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  27.86 
 
 
228 aa  98.6  7e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0697497 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3694  exonuclease  34.88 
 
 
200 aa  97.8  1e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.558751  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2834  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.05 
 
 
226 aa  97.4  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00375381 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3835  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.33 
 
 
200 aa  95.5  6e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.999673  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.94 
 
 
239 aa  93.6  2e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3752  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.3 
 
 
200 aa  94  2e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.211189  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000926  DNA polymerase III epsilon subunit  33.17 
 
 
236 aa  93.2  3e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2356  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  30.85 
 
 
223 aa  91.3  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3823  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.87 
 
 
200 aa  90.5  2e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00858387 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0265  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  29.44 
 
 
228 aa  90.5  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00723  putative DNA polymerase, exonuclease activity  32.98 
 
 
226 aa  87.8  1e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.77 
 
 
213 aa  87  2e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2855  exonuclease  29.28 
 
 
181 aa  84  0.000000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.49 
 
 
244 aa  84  0.000000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0814  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.9 
 
 
200 aa  82.8  0.000000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0852065 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  29.09 
 
 
228 aa  82  0.000000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0820  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.73 
 
 
207 aa  80.5  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0700  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.25 
 
 
220 aa  80.1  0.00000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.277225  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0768  exonuclease  30.73 
 
 
207 aa  79  0.00000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.898331  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0816  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.28 
 
 
206 aa  79  0.00000000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1295  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.55 
 
 
200 aa  78.6  0.00000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.961159  normal  0.477064 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.91 
 
 
205 aa  76.6  0.0000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1305  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.13 
 
 
232 aa  73.6  0.000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  27.23 
 
 
1367 aa  72.8  0.000000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  27.23 
 
 
1367 aa  72.8  0.000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.62 
 
 
236 aa  70.1  0.00000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0451  DNA polymerase III subunit epsilon  23.04 
 
 
216 aa  69.3  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0363772  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  24.87 
 
 
574 aa  68.9  0.00000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  27.04 
 
 
584 aa  68.6  0.00000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  26.15 
 
 
578 aa  67.8  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.42 
 
 
233 aa  67.4  0.0000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  28.19 
 
 
1362 aa  67  0.0000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1525  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.81 
 
 
328 aa  66.6  0.0000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0323544  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  30.53 
 
 
1440 aa  66.6  0.0000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  26.06 
 
 
1465 aa  66.6  0.0000000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0089  exonuclease  26.76 
 
 
233 aa  66.2  0.0000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.289343 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.14 
 
 
205 aa  65.9  0.0000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1583  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.98 
 
 
203 aa  65.9  0.0000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.132729 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0391  DNA polymerase III subunit epsilon  24.55 
 
 
203 aa  65.5  0.0000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0160447 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  25 
 
 
578 aa  65.1  0.0000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4769  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.33 
 
 
590 aa  64.7  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.156881  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0467  DNA polymerase III subunit epsilon  23.2 
 
 
216 aa  64.3  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.268552  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  22.49 
 
 
223 aa  64.3  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.193012  normal  0.0131844 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  22.75 
 
 
232 aa  64.7  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0536  DNA polymerase III subunit epsilon  24.28 
 
 
218 aa  63.5  0.000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  23.68 
 
 
238 aa  63.5  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1467  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.04 
 
 
475 aa  62.8  0.000000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.230111  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0437  DNA polymerase III subunit epsilon  24.55 
 
 
203 aa  62.8  0.000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0553  DNA polymerase III subunit epsilon  25.15 
 
 
201 aa  62.4  0.000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000164562 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.77 
 
 
235 aa  62  0.000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  22.68 
 
 
584 aa  61.6  0.00000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1544  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  23.76 
 
 
203 aa  61.6  0.00000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000802339  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  23.83 
 
 
605 aa  61.2  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  24.1 
 
 
574 aa  60.8  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  23 
 
 
218 aa  59.7  0.00000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000240357 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1813  hypothetical protein  24.88 
 
 
603 aa  59.3  0.00000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0953081  normal  0.0279118 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2621  DNA polymerase III subunit epsilon  19.53 
 
 
222 aa  58.5  0.00000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3336  DNA polymerase III, epsilon subunit  22.28 
 
 
609 aa  58.2  0.00000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0149  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.49 
 
 
187 aa  58.2  0.0000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000109294  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0478  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.75 
 
 
184 aa  58.2  0.0000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1452  DNA polymerase III subunit epsilon  21.27 
 
 
205 aa  57.8  0.0000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  21.56 
 
 
203 aa  57  0.0000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4098  DNA polymerase III, epsilon subunit  23.79 
 
 
233 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  25 
 
 
551 aa  56.6  0.0000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  23.86 
 
 
595 aa  56.6  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>