More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_3839 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_3839  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
397 aa  813    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0951081  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  71.75 
 
 
389 aa  566  1e-160  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4065  extracellular ligand-binding receptor  72.5 
 
 
391 aa  564  1.0000000000000001e-159  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0029  extracellular ligand-binding receptor  70.83 
 
 
393 aa  558  1e-158  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  62.85 
 
 
389 aa  528  1e-149  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2445  Extracellular ligand-binding receptor  34.73 
 
 
397 aa  208  1e-52  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2379  Extracellular ligand-binding receptor  34.65 
 
 
397 aa  208  1e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  30.08 
 
 
394 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2285  Extracellular ligand-binding receptor  29.28 
 
 
385 aa  136  7.000000000000001e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.399222  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  26.49 
 
 
403 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0626  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  26.67 
 
 
410 aa  128  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741534  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0542  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  26.06 
 
 
420 aa  123  6e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3506  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  24.42 
 
 
408 aa  104  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2305  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  24.93 
 
 
424 aa  103  8e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.883037  normal  0.020868 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5010  hypothetical protein  24.41 
 
 
443 aa  101  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0300  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  25.49 
 
 
426 aa  101  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.652614  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1566  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  25.41 
 
 
426 aa  96.7  6e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.293644  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1835  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  23.45 
 
 
415 aa  96.3  9e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133741  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3538  hypothetical protein  25.36 
 
 
437 aa  94.7  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000073392  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0600  hypothetical protein  25.53 
 
 
444 aa  93.6  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3133  putative branched-chain amino acid ABC transporter  22.14 
 
 
415 aa  93.6  6e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.401616  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4575  ABC transporter substrate-binding protein  25 
 
 
426 aa  91.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4179  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  23.99 
 
 
438 aa  91.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5291  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  23.68 
 
 
418 aa  90.9  4e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2221  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  22.55 
 
 
429 aa  89.7  8e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.44239  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3413  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  22.73 
 
 
419 aa  89.7  9e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5154  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  25.47 
 
 
399 aa  89  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210774  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  26.41 
 
 
395 aa  89  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0052  Fis family transcriptional regulator  24.24 
 
 
426 aa  89.4  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0119  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein, putative  25.51 
 
 
427 aa  89  1e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.232449  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0466  hypothetical protein  23.87 
 
 
441 aa  89  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.128387 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0457  hypothetical protein  23.87 
 
 
441 aa  88.6  2e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.734895  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2607  putative branched-chain amino acid ABC transporter  23.66 
 
 
414 aa  88.6  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  24.88 
 
 
410 aa  86.7  7e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1556  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  26.09 
 
 
426 aa  86.7  8e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3561  extracellular ligand-binding receptor  25.4 
 
 
409 aa  86.3  8e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0139  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component  25.79 
 
 
402 aa  86.3  8e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2275  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  24.69 
 
 
429 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.135697  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.41 
 
 
425 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0950  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  23.62 
 
 
429 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7651  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  29.2 
 
 
415 aa  84  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.99279  normal  0.165016 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3340  Extracellular ligand-binding receptor  26.1 
 
 
394 aa  84  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.157564  normal  0.523018 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  24.94 
 
 
409 aa  84  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5718  branched-chain amino acid ABC transporter  23.01 
 
 
428 aa  84  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.764362 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3559  extracellular ligand-binding receptor  24.53 
 
 
418 aa  83.6  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0888701  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  25.37 
 
 
411 aa  84  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3611  hypothetical protein  23.61 
 
 
442 aa  83.6  0.000000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.426846 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  25.65 
 
 
386 aa  83.6  0.000000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  25.13 
 
 
410 aa  82.8  0.000000000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0783  hypothetical protein  26.04 
 
 
440 aa  82  0.00000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3061  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.18 
 
 
388 aa  82.8  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.664691  normal  0.158134 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  23.53 
 
 
411 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0038  extracellular ligand-binding receptor  28.75 
 
 
406 aa  82  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5035  hypothetical protein  24.47 
 
 
441 aa  82  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0666  ABC transporter substrate-binding protein  24.61 
 
 
410 aa  82  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.112312 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0121  extracellular ligand-binding receptor  25.29 
 
 
406 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2993  Extracellular ligand-binding receptor  26.63 
 
 
363 aa  81.6  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  23.32 
 
 
386 aa  80.9  0.00000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43750  hypothetical protein  24.37 
 
 
444 aa  80.5  0.00000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.675363  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  24.18 
 
 
406 aa  80.5  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0264  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  21.98 
 
 
445 aa  80.1  0.00000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  24.94 
 
 
385 aa  80.1  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0801  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  31.09 
 
 
409 aa  80.1  0.00000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.350264  normal  0.0350726 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  24.94 
 
 
385 aa  80.1  0.00000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  23.08 
 
 
407 aa  79.7  0.00000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000400  ABC transporter substrate-binding protein  21.31 
 
 
414 aa  79  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4434  extracellular ligand-binding receptor  25.5 
 
 
378 aa  79  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  23.27 
 
 
411 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0756  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.14 
 
 
420 aa  78.2  0.0000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2165  extracellular ligand-binding receptor  28.86 
 
 
377 aa  78.6  0.0000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.997912  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1155  hypothetical protein  21.99 
 
 
438 aa  77.8  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0965806  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4650  putative ABC transporter (substrate-binding protein); putative branched-chain amino acid transporter  26.16 
 
 
400 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  23.43 
 
 
411 aa  77.4  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  24.59 
 
 
406 aa  77.4  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0218  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  21.98 
 
 
445 aa  77.4  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0565  hypothetical protein  20.85 
 
 
440 aa  77  0.0000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0304954 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  23.92 
 
 
409 aa  76.6  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3438  hypothetical protein  22.77 
 
 
443 aa  76.3  0.0000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0135692 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0549  extracellular ligand-binding receptor  25.48 
 
 
453 aa  75.9  0.000000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.183642  hitchhiker  0.0000167924 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  24 
 
 
387 aa  75.9  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  25.42 
 
 
384 aa  75.1  0.000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1524  extracellular ligand-binding receptor  28.3 
 
 
459 aa  75.1  0.000000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0533175  normal  0.466259 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  24.41 
 
 
407 aa  75.5  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4013  extracellular ligand-binding receptor  29.19 
 
 
391 aa  75.5  0.000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00118971  normal  0.173861 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0352  extracellular ligand-binding receptor  23.51 
 
 
410 aa  74.7  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.115416  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3494  hypothetical protein  25.26 
 
 
457 aa  74.3  0.000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.943914  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0380  high-affinity branched-chain amino acid transport system periplasmic binding protein livK  21.05 
 
 
426 aa  74.3  0.000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0649125  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  25.69 
 
 
404 aa  74.3  0.000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0583  Extracellular ligand-binding receptor  27.75 
 
 
406 aa  74.3  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.981919  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4004  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein  26.25 
 
 
450 aa  73.9  0.000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.781532  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2721  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  22.47 
 
 
441 aa  74.3  0.000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.178646  normal  0.248413 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  24.15 
 
 
398 aa  74.3  0.000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  23.41 
 
 
403 aa  73.9  0.000000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
377 aa  73.9  0.000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1842  hypothetical protein  28.8 
 
 
405 aa  73.2  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  22.65 
 
 
386 aa  73.2  0.000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1546  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  24.48 
 
 
404 aa  72.8  0.00000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.102523  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5149  hypothetical protein  24.92 
 
 
444 aa  72.4  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3802  hypothetical protein  25.34 
 
 
457 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0819187  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  23.2 
 
 
409 aa  72.8  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>