237 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4720 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4720  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 327 aa  667    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2878  transcriptional regulator, XRE family  38.08 
 
 		 322 aa  243  3.9999999999999997e-63  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00252317  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0514  DNA-binding protein  35.5 
 
 		 328 aa  188  1e-46  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00329657 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1254  transcriptional regulator, XRE family  28.85 
 
 		 364 aa  162  5.0000000000000005e-39  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0230  hypothetical protein  26.48 
 
 		 261 aa  102  7e-21  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00373466  hitchhiker  9.5849e-23 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24900  hypothetical protein  25.16 
 
 		 342 aa  99.4  7e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.165017  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3663  helix-turn-helix domain protein  26.25 
 
 		 262 aa  88.6  2e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0164225  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1922  hypothetical protein  25.1 
 
 		 322 aa  86.7  5e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1578  helix-turn-helix domain protein  26.44 
 
 		 262 aa  86.3  7e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00571888  normal  0.126267 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0065  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 273 aa  85.9  9e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3652  helix-turn-helix domain-containing protein  26.82 
 
 		 262 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0250948  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3317  XRE family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 262 aa  84.3  0.000000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00645923  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0234  XRE family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 334 aa  80.5  0.00000000000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00407493  hitchhiker  0.000000000000790722 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1967  XRE family transcriptional regulator  48.68 
 
 		 268 aa  77.8  0.0000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000016802  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1716  Cro/CI family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 197 aa  74.7  0.000000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.229171  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2740  transcriptional regulator, XRE family  25.82 
 
 		 395 aa  69.3  0.00000000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3112  transcriptional regulator, XRE family  40.26 
 
 		 208 aa  67.8  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000156006  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1796  XRE family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 206 aa  67.8  0.0000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3135  transcriptional regulator, XRE family  46.77 
 
 		 137 aa  67.4  0.0000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.317529  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00980  predicted transcriptional regulator  43.66 
 
 		 459 aa  67.4  0.0000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.224409  normal  0.709118 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4236  hypothetical protein  44.78 
 
 		 149 aa  67.8  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00014165  hitchhiker  0.0000000209993 
 
 
-
 
NC_007107  pE33L9_0007  DNA-binding protein  39.76 
 
 		 143 aa  67  0.0000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.479978  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0945  XRE family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 149 aa  66.6  0.0000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000414379  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1063  hypothetical protein  44.78 
 
 		 149 aa  66.6  0.0000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0001043  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3288  transcriptional regulator, XRE family  46.03 
 
 		 135 aa  66.6  0.0000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1103  hypothetical protein  44.78 
 
 		 149 aa  66.6  0.0000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.23911e-56 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1022  DNA-binding protein  44.78 
 
 		 149 aa  66.6  0.0000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000116919  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0956  DNA-binding protein  44.78 
 
 		 92 aa  65.1  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00187553  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0944  DNA-binding protein transcriptional regulator  44.78 
 
 		 149 aa  65.5  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000485883  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0016  XRE family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 185 aa  63.9  0.000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2391  transcriptional regulator, XRE family  49.09 
 
 		 247 aa  63.5  0.000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2785  helix-turn-helix domain-containing protein  42.86 
 
 		 189 aa  63.2  0.000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2728  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 189 aa  63.2  0.000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23690  predicted transcriptional regulator  23.32 
 
 		 338 aa  62.8  0.000000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000476892  normal  0.626882 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0844  transcriptional regulator, XRE family  43.55 
 
 		 142 aa  61.6  0.00000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0958964 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0099  XRE-family DNA-binding domain-containing protein  52.83 
 
 		 296 aa  61.2  0.00000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0012  Cro/CI family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 189 aa  61.2  0.00000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1881  DNA-binding protein  38.1 
 
 		 142 aa  60.5  0.00000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2457  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 		 380 aa  60.8  0.00000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0966  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 277 aa  60.5  0.00000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1102  transcriptional regulator, XRE family  26.97 
 
 		 261 aa  60.5  0.00000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000209596  hitchhiker  0.000000000000029 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1621  transcriptional regulator  41.27 
 
 		 146 aa  60.1  0.00000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0162  transcriptional regulator  37.33 
 
 		 145 aa  60.1  0.00000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000550867  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1191  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 134 aa  60.1  0.00000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000106363  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0278  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 128 aa  60.1  0.00000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000672654  normal  0.646275 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0047  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 192 aa  59.7  0.00000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.139805  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0511  DNA-binding protein  33.61 
 
 		 210 aa  58.2  0.0000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239636 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  37.18 
 
 		 205 aa  58.2  0.0000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2981  transcriptional regulator, XRE family  25.88 
 
 		 312 aa  58.2  0.0000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0008  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 107 aa  57.4  0.0000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000363546  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0697  transcriptional regulator, XRE family  40.79 
 
 		 151 aa  57  0.0000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3344  DNA-binding protein  27.14 
 
 		 374 aa  56.6  0.0000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.455978  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2589  transcriptional regulator, XRE family  29.79 
 
 		 320 aa  56.6  0.0000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0136414  hitchhiker  0.0041808 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2840  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 176 aa  56.6  0.0000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1010  XRE family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 370 aa  55.8  0.0000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3326  DNA-binding protein  27.86 
 
 		 374 aa  55.8  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007107  pE33L9_0006  transcriptional regulator  40 
 
 		 186 aa  55.8  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00549324  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2111  XRE family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 380 aa  55.5  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15990  predicted transcriptional regulator  38.46 
 
 		 196 aa  54.7  0.000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000020134 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11300  predicted transcriptional regulator  41.67 
 
 		 197 aa  54.7  0.000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.352927 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1538  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 374 aa  55.1  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1673  ABC transporter related  43.1 
 
 		 293 aa  54.7  0.000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000539653  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0398  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 244 aa  54.7  0.000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0465  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 163 aa  54.3  0.000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00289124  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25650  predicted transcriptional regulator  41.54 
 
 		 194 aa  54.3  0.000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3127  DNA-binding protein  27.14 
 
 		 374 aa  53.5  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.81107  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3373  DNA-binding protein  27.14 
 
 		 374 aa  53.5  0.000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.645168  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3347  DNA-binding protein  26.72 
 
 		 374 aa  53.5  0.000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0630  helix-turn-helix domain protein  42.65 
 
 		 139 aa  53.5  0.000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0150  transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 		 197 aa  53.5  0.000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.172339  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3019  DNA-binding protein; transcriptional regulator  26.72 
 
 		 374 aa  53.1  0.000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.28018  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2790  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 133 aa  53.1  0.000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000000203467  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2436  transcriptional regulator, XRE family  45.28 
 
 		 104 aa  53.1  0.000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3349  DNA-binding protein  26.72 
 
 		 374 aa  53.1  0.000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.166445  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3113  transcriptional regulator  26.43 
 
 		 374 aa  52.8  0.000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.694615  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05170  hypothetical protein  43.86 
 
 		 436 aa  52.4  0.00001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.602534  normal  0.439559 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26020  predicted transcriptional regulator  36.92 
 
 		 200 aa  51.6  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.676624  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3618  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 123 aa  51.6  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1096  Xre family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 362 aa  51.6  0.00002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0300761  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2015  Cro/CI family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 99 aa  50.8  0.00003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00850971  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2037  Cro/CI family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 358 aa  50.8  0.00003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.64032  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1027  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 321 aa  50.8  0.00003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1621  transcriptional regulator, XRE family  27.83 
 
 		 368 aa  50.8  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3051  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 242 aa  50.4  0.00004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0338218  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1479  putative prophage repressor  35.38 
 
 		 206 aa  50.4  0.00004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.734418  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0575  XRE family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 115 aa  50.1  0.00005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000142648  normal  0.969931 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0637  XRE family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 115 aa  50.1  0.00005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000152617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1889  XRE family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 203 aa  50.1  0.00005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4414  immunity repressor protein  41.94 
 
 		 139 aa  50.1  0.00006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2146  transcriptional regulator, XRE family  37.14 
 
 		 206 aa  49.7  0.00006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0483341  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0364  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 231 aa  49.7  0.00007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0416  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  34.33 
 
 		 114 aa  49.3  0.00008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0428  prophage lambdaba04, DNA-binding protein  34.33 
 
 		 114 aa  49.3  0.00008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.663163  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2104  helix-turn-helix domain-containing protein  29.69 
 
 		 95 aa  49.3  0.00008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0694198  n/a   
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0054  prophage repressor protein  39.71 
 
 		 114 aa  49.3  0.00009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.515617  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1445  transcriptional regulator, XRE family  31.75 
 
 		 147 aa  48.9  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.275315  normal  0.432426 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3459  transcriptional regulator  36.62 
 
 		 145 aa  48.5  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00424563  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2120  transcriptional regulator AnsR  32.76 
 
 		 125 aa  48.5  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3465  XRE family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 142 aa  48.9  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3117  transcriptional regulator AnsR  32.76 
 
 		 125 aa  48.5  0.0001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>