More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew185_4139 on replicon NC_009665
Organism: Shewanella baltica OS185



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  99.07 
 
 		 323 aa  661    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 323 aa  669    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  99.07 
 
 		 323 aa  664    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  99.38 
 
 		 323 aa  664    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  92.55 
 
 		 323 aa  622  1e-177  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  90.28 
 
 		 319 aa  585  1e-166  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  90.91 
 
 		 321 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  89.66 
 
 		 319 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  89.66 
 
 		 319 aa  578  1e-164  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  78.93 
 
 		 318 aa  541  1e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  75.16 
 
 		 320 aa  522  1e-147  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  75.71 
 
 		 322 aa  514  1.0000000000000001e-145  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  75.39 
 
 		 330 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  74.53 
 
 		 322 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  73.97 
 
 		 327 aa  496  1e-139  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  69.72 
 
 		 326 aa  448  1e-125  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0544  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  67.26 
 
 		 285 aa  401  1e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000427319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  48.71 
 
 		 327 aa  294  1e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  47 
 
 		 323 aa  283  2.0000000000000002e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  46.06 
 
 		 313 aa  277  2e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  47 
 
 		 321 aa  274  2.0000000000000002e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  43.63 
 
 		 313 aa  256  4e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 313 aa  256  4e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  43.63 
 
 		 313 aa  256  5e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  43.63 
 
 		 313 aa  256  5e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  43.95 
 
 		 313 aa  256  5e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  43.69 
 
 		 311 aa  255  8e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 311 aa  251  8.000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 311 aa  251  1e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1917  LysR family transcriptional regulator  41.8 
 
 		 310 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000018485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 314 aa  225  8e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  42.3 
 
 		 306 aa  225  8e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0342  LysR family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 335 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 321 aa  201  1.9999999999999998e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4525.1  LysR family transcriptional regulator  46.19 
 
 		 243 aa  186  6e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  33.12 
 
 		 309 aa  183  4.0000000000000006e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2285  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000341943  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2402  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 306 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.298095  unclonable  0.0000087148 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2064  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 306 aa  176  7e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2060  transcriptional regulator, LysR family  33.98 
 
 		 306 aa  172  5e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.670506  unclonable  0.00000000000294805 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1983  transcriptional regulator, LysR family protein  34.63 
 
 		 306 aa  172  5e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3945  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 315 aa  168  1e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2409  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0266  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 311 aa  167  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0296308 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 300 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 300 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0265  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 312 aa  163  3e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318169 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  33.23 
 
 		 314 aa  162  7e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  34.27 
 
 		 323 aa  160  3e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 323 aa  159  4e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  31.6 
 
 		 316 aa  160  4e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3940  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 313 aa  156  5.0000000000000005e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 315 aa  155  8e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 314 aa  155  8e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 314 aa  155  8e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 314 aa  155  9e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 308 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0100  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 318 aa  154  1e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183121  normal  0.148828 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  34.19 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  30.89 
 
 		 314 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 318 aa  154  2.9999999999999998e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  31.13 
 
 		 310 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 313 aa  153  2.9999999999999998e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3164  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 314 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 297 aa  153  4e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 310 aa  153  4e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  30.89 
 
 		 314 aa  153  5e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 307 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 308 aa  152  8e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  31.29 
 
 		 314 aa  151  2e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  34.62 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  32.49 
 
 		 326 aa  151  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  30.87 
 
 		 299 aa  151  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 342 aa  151  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 329 aa  150  2e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 329 aa  150  3e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1318  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 300 aa  150  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4078  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.32 
 
 		 319 aa  150  4e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 311 aa  150  4e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003578  LysR-family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 315 aa  150  4e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03595  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.31 
 
 		 319 aa  149  8e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4256  transcriptional regulator, LysR family  31.31 
 
 		 319 aa  149  8e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4283  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.31 
 
 		 319 aa  149  8e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  30.19 
 
 		 300 aa  149  8e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4211  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.31 
 
 		 319 aa  149  8e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4220  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.31 
 
 		 319 aa  149  8e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03539  hypothetical protein  31.31 
 
 		 319 aa  149  8e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3925  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.31 
 
 		 319 aa  149  8e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 314 aa  149  9e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3586  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.39 
 
 		 321 aa  149  9e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0274  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000255624 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5142  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  30.98 
 
 		 319 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.276657 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0484  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 328 aa  148  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.567995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.8 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 315 aa  147  3e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 314 aa  147  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4129  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.55 
 
 		 319 aa  146  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.176556  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>