More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_28060 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013165  Shel_28060  transcriptional regulator  100 
 
 
204 aa  422  1e-117  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.633688  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1960  transcriptional regulator, TetR family  33.93 
 
 
199 aa  68.9  5e-11  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0205  TetR family transcriptional regulator  35.34 
 
 
208 aa  67.4  1e-10  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.555741  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4386  TetR family transcriptional regulator  34.26 
 
 
212 aa  66.6  2e-10  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4396  TetR family transcriptional regulator  34.26 
 
 
212 aa  66.6  3e-10  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4770  transcriptional regulator, TetR family  34.26 
 
 
212 aa  65.5  6e-10  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4761  transcriptional regulator, TetR family  34.26 
 
 
212 aa  65.5  6e-10  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.107387  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0474  transcriptional regulator, TetR family  34.26 
 
 
212 aa  65.1  6e-10  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.542957  hitchhiker  4.20035e-18 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4789  transcriptional regulator  33.33 
 
 
212 aa  64.3  1e-09  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4551  transcriptional regulator, N-terminus  33.63 
 
 
112 aa  64.7  1e-09  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4787  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 
212 aa  63.9  1e-09  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0422575  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1076  transcriptional regulator, TetR family  43.84 
 
 
220 aa  64.3  1e-09  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.66869  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4482  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
212 aa  63.5  2e-09  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4896  transcriptional regulator, TetR family  50.88 
 
 
222 aa  61.2  9e-09  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9308  putative transcriptional regulator, TetR family  58.33 
 
 
231 aa  61.2  1e-08  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0733541  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1792  regulatory protein, TetR  36.05 
 
 
238 aa  59.7  3e-08  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3681  TetR family transcriptional regulator  50.94 
 
 
234 aa  59.3  4e-08  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3172  transcriptional regulator, TetR family  50.77 
 
 
198 aa  58.9  5e-08  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2767  TetR family transcriptional regulator  31.69 
 
 
225 aa  58.9  5e-08  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4073  TetR family transcriptional regulator  50.94 
 
 
245 aa  58.9  5e-08  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3888  transcriptional regulator, TetR family  39.73 
 
 
206 aa  58.5  6e-08  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.693202 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2917  TetR family transcriptional regulator  26.57 
 
 
218 aa  57.8  1e-07  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1984  TetR family transcriptional regulator  50.94 
 
 
196 aa  56.6  2e-07  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0744  regulatory protein TetR  39.51 
 
 
191 aa  57  2e-07  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2924  TetR family transcriptional regulator  37.66 
 
 
235 aa  56.6  2e-07  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.480778  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2086  putative transcription regulator protein  27.44 
 
 
231 aa  57  2e-07  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7459  TetR family transcriptional regulator  36.14 
 
 
233 aa  56.2  3e-07  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.626167  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4094  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 
204 aa  56.2  3e-07  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0325183  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5475  putative transcriptional regulator, TetR family  35.87 
 
 
232 aa  56.2  3e-07  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0120226 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3324  TetR family transcriptional regulator  35.21 
 
 
212 aa  56.2  3e-07  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.272078  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2735  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 
242 aa  55.8  4e-07  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.329672  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2104  TetR family transcriptional regulator  48.15 
 
 
191 aa  56.2  4e-07  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.230608 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4604  transcriptional regulator, TetR family  44.78 
 
 
255 aa  55.8  4e-07  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4675  TetR family transcriptional regulator  26.38 
 
 
215 aa  55.8  4e-07  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2129  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 
229 aa  55.8  4e-07  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.101154  normal  0.382383 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4798  transcriptional regulator, TetR family  29.17 
 
 
211 aa  55.5  5e-07  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1976  putative transcriptional regulator, TetR family  37.21 
 
 
181 aa  55.1  6e-07  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5974  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
227 aa  55.1  7e-07  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0426648  hitchhiker  0.00085933 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0401  TetR family transcriptional regulator  48.94 
 
 
239 aa  55.1  7e-07  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.533862  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3937  transcriptional regulator, TetR family protein  26.99 
 
 
220 aa  55.1  7e-07  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.353211  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2030  TetR family transcriptional regulator  25.61 
 
 
238 aa  55.1  8e-07  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0233695  normal  0.74062 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0267  HTH-type transcriptional regulator, tetR-family  23.31 
 
 
214 aa  54.3  1e-06  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0102  TetR family transcriptional regulator  30.09 
 
 
218 aa  54.3  1e-06  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.478027 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3239  TetR family transcriptional regulator  28.97 
 
 
241 aa  54.3  1e-06  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1856  TetR family transcriptional regulator  25.17 
 
 
185 aa  54.3  1e-06  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3991  TetR family transcriptional regulator  25.77 
 
 
215 aa  54.3  1e-06  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0546493 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3899  TetR family transcriptional regulator  25.77 
 
 
215 aa  54.3  1e-06  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0103  TetR family transcriptional regulator  31.19 
 
 
225 aa  54.3  1e-06  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.462043 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1320  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 
241 aa  54.3  1e-06  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0767739  normal  0.281979 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0391  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 
206 aa  54.3  1e-06  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.799275  normal  0.207381 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0175  TetR family transcriptional regulator  39.47 
 
 
203 aa  54.7  1e-06  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2301  transcriptional regulator, TetR family  26.8 
 
 
197 aa  53.5  2e-06  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1283  transcriptional regulator, TetR family  30.9 
 
 
212 aa  53.9  2e-06  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0196213  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  24.74 
 
 
201 aa  53.9  2e-06  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4103  TetR family transcriptional regulator  25.77 
 
 
215 aa  53.9  2e-06  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0350269  normal  0.346351 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0938  TetR family transcriptional regulator  26.47 
 
 
235 aa  53.1  2e-06  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0462  TetR family transcriptional regulator  46.81 
 
 
239 aa  53.5  2e-06  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.573533  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1684  TetR family transcriptional regulator  32.1 
 
 
227 aa  53.9  2e-06  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4675  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 
273 aa  53.1  3e-06  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.104564 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1914  transcriptional regulator, TetR family  25.61 
 
 
239 aa  53.1  3e-06  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1789  TetR family transcriptional regulator  29.91 
 
 
210 aa  53.1  3e-06  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.461504  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0108  TetR family transcriptional regulator  27.54 
 
 
213 aa  52.8  3e-06  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3708  TetR family transcriptional regulator  25.99 
 
 
217 aa  53.1  3e-06  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.59565  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3257  transcriptional regulator, TetR family protein  38.1 
 
 
195 aa  52.8  3e-06  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.696599 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2237  transcriptional regulator, TetR family  25.61 
 
 
236 aa  53.1  3e-06  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.252605 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1719  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 
272 aa  52.4  4e-06  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.7573  hitchhiker  0.00027252 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3711  transcriptional regulator, TetR family  48.08 
 
 
220 aa  52.8  4e-06  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1535  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 
273 aa  52.4  4e-06  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2194  TetR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
193 aa  52.4  4e-06  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.789913  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1511  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 
273 aa  52.4  4e-06  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.752097  hitchhiker  0.00148325 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25560  transcriptional regulator  32.86 
 
 
207 aa  52.8  4e-06  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1242  TetR family transcriptional regulator  35.06 
 
 
212 aa  52.4  4e-06  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  5.3734e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1293  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 
213 aa  52.4  4e-06  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.313328  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4901  TetR family transcriptional regulator  40.3 
 
 
209 aa  52.4  4e-06  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1055  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 
273 aa  52.4  4e-06  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0214  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 
218 aa  52.8  4e-06  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.705047  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0117  transcriptional regulator, TetR family  35.35 
 
 
208 aa  52.8  4e-06  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.712391  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5711  TetR family transcriptional regulator  27.61 
 
 
245 aa  52.4  5e-06  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2904  TetR family transcriptional regulator  45.28 
 
 
213 aa  52.4  5e-06  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5344  TetR family transcriptional regulator  38.24 
 
 
223 aa  52.4  5e-06  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1473  TetR family transcriptional regulator  39.13 
 
 
187 aa  52.4  5e-06  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5293  TetR family transcriptional regulator  45.28 
 
 
210 aa  52.4  5e-06  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.199638  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3211  regulatory protein, TetR  45.28 
 
 
221 aa  52.4  5e-06  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.878438  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3944  putative transcriptional regulator, TetR family  44.64 
 
 
183 aa  52  6e-06  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000137534  hitchhiker  0.00939559 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1864  TetR family transcriptional regulator  41.07 
 
 
204 aa  52  6e-06  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.370614  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1105  TetR family transcriptional regulator  25.61 
 
 
253 aa  52  6e-06  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0535  TetR family transcriptional regulator  28.31 
 
 
217 aa  52  6e-06  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0588697 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0551  transcriptional regulator, TetR family  28.31 
 
 
220 aa  52  6e-06  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3614  regulatory protein, TetR  23.93 
 
 
215 aa  52  6e-06  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0129268  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2259  TetR family transcriptional regulator  46.94 
 
 
221 aa  52  6e-06  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.289727  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3995  TetR family transcriptional regulator  41.89 
 
 
243 aa  52  7e-06  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5356  transcriptional regulator, TetR family  37.14 
 
 
201 aa  52  7e-06  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1586  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
215 aa  52  7e-06  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.377059  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3012  transcriptional regulator, TetR family  29.47 
 
 
200 aa  52  7e-06  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1857  TetR family transcriptional regulator  25.61 
 
 
239 aa  51.6  7e-06  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3827  transcriptional regulator, TetR family  37.1 
 
 
190 aa  51.6  7e-06  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4993  TetR family transcriptional regulator  44.23 
 
 
221 aa  52  7e-06  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3900  TetR family transcriptional regulator  29.2 
 
 
215 aa  52  7e-06  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.113348  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0346  TetR family transcriptional regulator  44.23 
 
 
221 aa  51.6  7e-06  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.202764  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2057  transcriptional regulator, TetR family  26.94 
 
 
191 aa  51.6  7e-06  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>