104 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0117 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



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Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_0117  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 
208 aa  427  1e-119  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.712391  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0214  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 
218 aa  59.7  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.705047  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3496  TetR family transcriptional regulator  31.36 
 
 
223 aa  57.4  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.591625 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3529  TetR family transcriptional regulator  29.51 
 
 
220 aa  54.3  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.270662  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0535  TetR family transcriptional regulator  24.76 
 
 
217 aa  54.3  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0588697 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5452  TetR family transcriptional regulator  24.44 
 
 
220 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.44369 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0551  transcriptional regulator, TetR family  24.76 
 
 
220 aa  54.3  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28060  transcriptional regulator  35.35 
 
 
204 aa  52.8  0.000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.633688  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0349  transcriptional regulator, TetR family  25.91 
 
 
237 aa  52.4  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02226  transcriptional regulator, TetR family protein  27.78 
 
 
196 aa  52  0.000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.972925  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0108  TetR family transcriptional regulator  27.68 
 
 
213 aa  51.6  0.000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1924  TetR family transcriptional regulator  28.7 
 
 
189 aa  50.1  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.147097  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3937  transcriptional regulator, TetR family protein  23.86 
 
 
220 aa  50.4  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.353211  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4167  TetR family transcriptional regulator  25.57 
 
 
247 aa  50.4  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.884497  normal  0.10012 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3888  transcriptional regulator, TetR family  38.46 
 
 
206 aa  50.1  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.693202 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0462  putative transcriptional regulator  28.07 
 
 
215 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4025  TetR family transcriptional regulator  27.87 
 
 
219 aa  49.3  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.272144  normal  0.300768 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0825  TetR family transcriptional regulator  24.12 
 
 
222 aa  49.3  0.00004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2735  TetR family transcriptional regulator  25.12 
 
 
242 aa  49.3  0.00004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.329672  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2194  TetR family transcriptional regulator  42.62 
 
 
193 aa  49.3  0.00004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.789913  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3756  TetR family transcriptional regulator  40.98 
 
 
193 aa  49.3  0.00005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3614  regulatory protein, TetR  23.12 
 
 
215 aa  48.9  0.00005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0129268  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04820  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 
215 aa  48.9  0.00005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2147  TetR family transcriptional regulator  40.98 
 
 
193 aa  48.9  0.00005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.576982  hitchhiker  0.00198138 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5169  TetR family transcriptional regulator  30.09 
 
 
221 aa  49.3  0.00005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1960  transcriptional regulator, TetR family  39.62 
 
 
199 aa  49.3  0.00005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0066  TetR family transcriptional regulator  36.62 
 
 
215 aa  48.5  0.00007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000605842  hitchhiker  0.0000133916 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4798  transcriptional regulator, TetR family  24.71 
 
 
211 aa  47.8  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00813  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.78 
 
 
178 aa  47  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.270779  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2796  transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 
178 aa  47  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.398531  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2007  TetR family transcriptional regulator  39.34 
 
 
193 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.382346 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4993  TetR family transcriptional regulator  29.2 
 
 
221 aa  46.6  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1473  TetR family transcriptional regulator  24.18 
 
 
187 aa  47  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0724  transcriptional regulator, TetR family  45.83 
 
 
224 aa  47  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00830  hypothetical protein  27.78 
 
 
178 aa  47  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.295036  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5119  TetR family transcriptional regulator  29.2 
 
 
221 aa  46.6  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3571  TetR family transcriptional regulator  27.43 
 
 
227 aa  46.6  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.713371  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0068  transcriptional regulator, TetR family  29.52 
 
 
185 aa  46.6  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.139926 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9308  putative transcriptional regulator, TetR family  42 
 
 
231 aa  46.6  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0733541  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0556  TetR family transcriptional regulator  35.38 
 
 
228 aa  45.8  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0873  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
178 aa  45.8  0.0004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0378  TetR family transcriptional regulator  30.38 
 
 
199 aa  45.4  0.0006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.585496  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3900  TetR family transcriptional regulator  24.27 
 
 
215 aa  45.4  0.0006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.113348  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0346  TetR family transcriptional regulator  27.68 
 
 
221 aa  45.4  0.0006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.202764  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2855  transcriptional regulator, TetR family  30.38 
 
 
199 aa  45.4  0.0006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00414349  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5344  TetR family transcriptional regulator  27.83 
 
 
223 aa  45.1  0.0008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4293  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
188 aa  44.3  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0268101  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3899  TetR family transcriptional regulator  21.57 
 
 
215 aa  44.3  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3991  TetR family transcriptional regulator  21.57 
 
 
215 aa  44.3  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0546493 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3708  TetR family transcriptional regulator  40.35 
 
 
217 aa  44.3  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.59565  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1950  TetR family transcriptional regulator  42.5 
 
 
248 aa  44.3  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0102  TetR family transcriptional regulator  36.62 
 
 
218 aa  44.3  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.478027 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0309  transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 
213 aa  44.7  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.302465  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0681  transcriptional regulator, TetR family  29.06 
 
 
217 aa  44.3  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0059  TetR family transcriptional regulator  36.62 
 
 
215 aa  43.9  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0273669  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4339  TetR family transcriptional regulator  36.62 
 
 
215 aa  43.9  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4479  TetR family transcriptional regulator  24.27 
 
 
215 aa  43.9  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.2045 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3932  TetR family transcriptional regulator  35.09 
 
 
179 aa  43.9  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.324595  normal  0.0870807 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0377  transcriptional regulator, TetR family  34.48 
 
 
224 aa  43.5  0.002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.294343  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4284  transcriptional regulator, TetR family  36.62 
 
 
215 aa  43.9  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000936887 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5713  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 
190 aa  43.9  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1775  transcriptional regulator, TetR family  31.71 
 
 
207 aa  43.9  0.002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26800  transcriptional regulator  29.85 
 
 
184 aa  43.5  0.002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.463482  normal  0.288316 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5006  TetR family transcriptional regulator  34.25 
 
 
204 aa  42.7  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.162058  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4675  TetR family transcriptional regulator  38.71 
 
 
215 aa  43.1  0.003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1498  TetR family transcriptional regulator  27.55 
 
 
183 aa  43.1  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.548232  normal  0.295378 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2996  TetR family transcriptional regulator  30.38 
 
 
193 aa  43.1  0.003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.542374  normal  0.411304 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4188  TetR family transcriptional regulator  31.08 
 
 
211 aa  42.7  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5956  TetR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
188 aa  43.1  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.49488 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4103  TetR family transcriptional regulator  21.54 
 
 
215 aa  43.1  0.003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0350269  normal  0.346351 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4880  TetR family transcriptional regulator  34.25 
 
 
204 aa  43.1  0.003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0918  TetR family transcriptional regulator  25.4 
 
 
178 aa  43.1  0.003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2796  TetR family transcriptional regulator  25.4 
 
 
178 aa  43.1  0.003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.117516  normal  0.243308 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5714  TetR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
188 aa  43.1  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.297365 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0119  TetR family transcriptional regulator  31.37 
 
 
201 aa  43.1  0.003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.00000000566826  decreased coverage  0.00000000000241144 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2499  transcriptional regulator, TetR family  25.4 
 
 
178 aa  43.1  0.003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0999  transcriptional regulator, TetR family  25.4 
 
 
178 aa  43.1  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.252522 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2636  transcriptional regulator, TetR family  34.15 
 
 
198 aa  43.1  0.003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4367  transcriptional regulator, TetR family  34.62 
 
 
201 aa  42.7  0.003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4938  transcriptional regulator, TetR family  37.25 
 
 
223 aa  43.1  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.262917  normal  0.206147 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2104  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
191 aa  42.7  0.004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.230608 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4362  TetR family transcriptional regulator  33.82 
 
 
228 aa  42.7  0.004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0699129  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2825  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
204 aa  42.7  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0304388 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0908  TetR family transcriptional regulator  25.4 
 
 
178 aa  42.7  0.004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0778822  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6065  TetR family transcriptional regulator  35.09 
 
 
188 aa  42.7  0.004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.340517  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1719  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 
196 aa  42.7  0.004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0595  TetR family transcriptional regulator  39.58 
 
 
218 aa  42.4  0.005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1293  TetR family transcriptional regulator  31.91 
 
 
213 aa  42.4  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.313328  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0458  TetR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
204 aa  42.4  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5089  transcriptional regulator, TetR family  25.89 
 
 
198 aa  42.4  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3359  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 
192 aa  42  0.006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000478711  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2930  transcriptional regulator, TetR family  27.97 
 
 
193 aa  42  0.007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.585103  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0873  TetR family transcriptional regulator  27.07 
 
 
196 aa  42  0.007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.682179 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5056  TetR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
204 aa  41.6  0.008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5603  TetR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
188 aa  41.6  0.008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1076  transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 
220 aa  41.6  0.008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.66869  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4909  TetR/AcrR family transcriptional regulator  24.48 
 
 
201 aa  41.6  0.009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.194586  decreased coverage  0.000378041 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4074  TetR family transcriptional regulator  30.67 
 
 
194 aa  41.6  0.009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.137574 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1440  TetR family transcriptional regulator  29.35 
 
 
213 aa  41.6  0.009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0208928 
 
 
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NC_012669  Bcav_3004  transcriptional regulator, TetR family  34.55 
 
 
186 aa  41.6  0.009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.519568  normal 
 
 
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