More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sdel_0353 on replicon NC_013512
Organism: Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010830  Aasi_1396  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  40.9 
 
 
1286 aa  998  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2196  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.29 
 
 
1384 aa  1192  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.035759  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0360  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.93 
 
 
1374 aa  1252  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.34888 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0319  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.3 
 
 
1368 aa  1204  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0158483  normal  0.343898 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4697  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.91 
 
 
1343 aa  1222  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.117256  hitchhiker  3.43099e-06 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3839  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.58 
 
 
1374 aa  1251  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.353736  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4756  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.6 
 
 
1357 aa  1230  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4435  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.29 
 
 
1342 aa  1251  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.399722  decreased coverage  2.77463e-06 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4038  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.29 
 
 
1342 aa  1251  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0403787  hitchhiker  0.00374316 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0340  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.09 
 
 
1342 aa  1236  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0794  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.55 
 
 
1360 aa  1285  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.235631 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0477  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.64 
 
 
1357 aa  1233  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0097  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  41.15 
 
 
1177 aa  699  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4017  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.79 
 
 
1376 aa  1259  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.563725 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2810  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.02 
 
 
1342 aa  1234  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102382  normal  0.453839 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0328  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.07 
 
 
1375 aa  1221  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.853361  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3867  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.09 
 
 
1375 aa  1208  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0042  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.75 
 
 
1366 aa  1195  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  1.24956e-16 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1339  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  50.1 
 
 
1497 aa  959  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0196  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  40.15 
 
 
1312 aa  972  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0298  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  40.99 
 
 
1488 aa  963  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4499  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.79 
 
 
1375 aa  1256  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04530  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.13 
 
 
1383 aa  1185  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0997174  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3314  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.31 
 
 
1368 aa  1205  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3652  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.42 
 
 
1368 aa  1201  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.220946  hitchhiker  6.67023e-06 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4475  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.29 
 
 
1342 aa  1251  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0736818  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1041  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  40.89 
 
 
1312 aa  1012  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1428  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  39.73 
 
 
1270 aa  949  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.894677  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2848  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.31 
 
 
1368 aa  1197  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1347  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.11 
 
 
1387 aa  1269  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.039354 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2106  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.41 
 
 
1384 aa  1192  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0644464  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0232  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.27 
 
 
1259 aa  1031  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.200123  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0268  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.19 
 
 
1368 aa  1203  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.716165 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0241  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.23 
 
 
1368 aa  1206  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.060417 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0510  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.76 
 
 
1370 aa  1220  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.301661  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0189  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.02 
 
 
1343 aa  1226  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.230411  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0830  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.25 
 
 
1357 aa  1249  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.435118  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4283  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.02 
 
 
1366 aa  1212  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.644597  hitchhiker  1.2374e-09 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0978  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.85 
 
 
1380 aa  1234  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.344498  normal  0.02017 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0579  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  41.01 
 
 
1183 aa  692  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0502  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  39.86 
 
 
1172 aa  682  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.145308  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2036  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.68 
 
 
1372 aa  1214  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.947917 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1492  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  41.06 
 
 
1202 aa  669  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0480  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.64 
 
 
1357 aa  1234  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.262679  normal  0.0306779 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3468  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  46.16 
 
 
1455 aa  1051  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  3.42791e-05 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1205  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.28 
 
 
1377 aa  1254  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.130962  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0565  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  40.9 
 
 
1183 aa  689  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5081  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.72 
 
 
1372 aa  1251  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.563894  normal  0.835448 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1952  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.53 
 
 
1400 aa  1239  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1061  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.27 
 
 
1370 aa  1287  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.449101  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1947  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.24 
 
 
1377 aa  1256  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2221  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.32 
 
 
1416 aa  1234  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.480629  decreased coverage  0.00212341 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3687  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  40.85 
 
 
1278 aa  693  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0193  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.99 
 
 
1322 aa  1206  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.146327  hitchhiker  0.0018171 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0268  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.42 
 
 
1378 aa  1227  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0702  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  45.11 
 
 
1368 aa  1215  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0177  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.43 
 
 
1343 aa  1228  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0862378  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0277  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.57 
 
 
1342 aa  1243  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.274525  normal  0.0126314 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4324  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.91 
 
 
1343 aa  1224  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.397573  unclonable  9.17955e-10 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4528  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.29 
 
 
1342 aa  1251  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00027001  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4220  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.29 
 
 
1342 aa  1251  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000188468  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00225  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.34 
 
 
1342 aa  1213  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1862  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.07 
 
 
1377 aa  1221  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.310876  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3364  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.86 
 
 
1358 aa  1262  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.209145 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2729  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  47.8 
 
 
1362 aa  1294  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.236319  normal  0.466939 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1782  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  38.51 
 
 
1182 aa  668  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3860  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.09 
 
 
1342 aa  1236  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00178402  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2730  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.93 
 
 
1375 aa  1229  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.15817  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0319  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  39.9 
 
 
1302 aa  946  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.672728  hitchhiker  0.00209442 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00025  DNA-directed RNA polymerase beta subunit  42.94 
 
 
1270 aa  1036  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0426  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.35 
 
 
1269 aa  1003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.277885  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1710  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  42 
 
 
1269 aa  990  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.845619 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0849  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  43.23 
 
 
1267 aa  1038  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.645199  normal  0.132686 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3335  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.55 
 
 
1371 aa  1293  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.41705e-07 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0205  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.71 
 
 
1342 aa  1247  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3885  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.28 
 
 
1342 aa  1235  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03816  hypothetical protein  47.29 
 
 
1342 aa  1251  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.105968  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3731  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.71 
 
 
1342 aa  1243  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2967  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.38 
 
 
1368 aa  1211  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.194981  normal  0.648216 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1422  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.04 
 
 
1379 aa  1243  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.381811 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0103  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.52 
 
 
1185 aa  714  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  6.86573e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0588  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.16 
 
 
1374 aa  1224  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.71897  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06170  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.25 
 
 
1358 aa  1247  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0449  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  77.17 
 
 
1377 aa  2246  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0804  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.08 
 
 
1228 aa  688  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0442499  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2781  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.65 
 
 
1363 aa  1211  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2719  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  41.83 
 
 
1176 aa  704  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1958  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  43.22 
 
 
1173 aa  724  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0443  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  38.79 
 
 
1238 aa  761  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2176  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  46.03 
 
 
1359 aa  1221  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.638444 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4477  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  41.53 
 
 
1271 aa  996  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2949  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  43.5 
 
 
1148 aa  727  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0481  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  42.03 
 
 
1152 aa  711  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0353  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  100 
 
 
1385 aa  2821  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.550494  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1108  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  40.24 
 
 
1279 aa  857  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.10244  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002173  DNA-directed RNA polymerase beta subunit  46.06 
 
 
1342 aa  1231  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4016  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  48.13 
 
 
1403 aa  1278  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.303023  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0316  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  44.89 
 
 
1388 aa  1181  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.376898  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0210  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.52 
 
 
1342 aa  1239  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0404668  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0099  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  41.71 
 
 
1190 aa  718  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>