More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1557 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1557  outer membrane porin, putative  100 
 
 		 321 aa  644    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1295  porin  79.26 
 
 		 316 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000017597  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2880  porin  82.55 
 
 		 314 aa  496  1e-139  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000245677  hitchhiker  0.00000646129 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2710  porin  82.24 
 
 		 314 aa  494  1e-139  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000036835  hitchhiker  0.00000168324 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2778  porin  82.55 
 
 		 314 aa  495  1e-139  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000203454  decreased coverage  0.000224903 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1377  porin  80.69 
 
 		 314 aa  483  1e-135  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000151109  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1363  porin  80.69 
 
 		 314 aa  484  1e-135  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0264795  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1402  porin  80.37 
 
 		 314 aa  481  1e-135  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0177121  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2982  porin Gram-negative type  80.69 
 
 		 313 aa  483  1e-135  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000345498  hitchhiker  0.00128876 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2970  porin  74.14 
 
 		 316 aa  479  1e-134  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00088463  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2750  porin  75.08 
 
 		 316 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000019899  unclonable  0.00000382336 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3304  porin  71.96 
 
 		 314 aa  437  9.999999999999999e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000871207  hitchhiker  0.00000130468 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3454  porin  71.34 
 
 		 315 aa  433  1e-120  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0284932  hitchhiker  0.000170236 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1073  porin  67.6 
 
 		 308 aa  419  1e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0147353  normal  0.297004 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2769  porin  64.31 
 
 		 314 aa  413  1e-114  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0218371  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2690  porin  66.16 
 
 		 317 aa  404  1e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000491313  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1206  putative outer membrane porin  37.86 
 
 		 340 aa  201  9.999999999999999e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4009  porin  30.77 
 
 		 342 aa  155  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000245606  unclonable  0.000000000165223 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4151  porin  31.56 
 
 		 348 aa  153  4e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00169518  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3239  outer membrane porin, putative  32.42 
 
 		 338 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.922918 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3570  porin  29.12 
 
 		 354 aa  144  1e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000255579  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0814  porin Gram-negative type  29.12 
 
 		 354 aa  144  1e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000049607  unclonable  0.00000000000354557 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0503  porin  32.01 
 
 		 347 aa  143  3e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00290192  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3750  outer membrane protein (porin)  35.49 
 
 		 302 aa  142  6e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.817752 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3260  porin  28.17 
 
 		 342 aa  142  9e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000138522  normal  0.0127606 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4152  porin  29.46 
 
 		 342 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0544389  normal  0.155829 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0789  porin  28.29 
 
 		 346 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000129455  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0821  porin  27.66 
 
 		 365 aa  139  6e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000436075  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0733  porin  29.27 
 
 		 359 aa  137  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000551944  decreased coverage  0.0000318488 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0761  porin  28.77 
 
 		 353 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000331419  unclonable  0.0000251685 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3228  porin  28.96 
 
 		 356 aa  136  5e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000270281  hitchhiker  0.000000479229 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0589  porin  29.49 
 
 		 344 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000486852  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3896  outer membrane porin, putative  27.56 
 
 		 369 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0544  outer membrane porin, putative  29.07 
 
 		 361 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000269892  normal  0.0120764 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2749  porin  26.58 
 
 		 372 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2681  porin  26.87 
 
 		 347 aa  125  1e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201946  normal  0.861695 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0545  outer membrane porin, putative  29.55 
 
 		 355 aa  122  9e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00179021  hitchhiker  0.00341076 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1973  porin  28.17 
 
 		 349 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.629836  normal  0.321076 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0781  porin  27.12 
 
 		 353 aa  119  9e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000021464  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0590  porin  29.43 
 
 		 354 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124003  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3252  porin  28.61 
 
 		 352 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000145814  normal  0.417141 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2587  porin  31.21 
 
 		 351 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4008  porin  28.45 
 
 		 354 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000296209  hitchhiker  0.0000000599213 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3569  porin  31.36 
 
 		 354 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136982  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2278  porin  27.37 
 
 		 346 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.134296  normal  0.609479 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0815  porin Gram-negative type  31.18 
 
 		 354 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00496289  hitchhiker  0.000000000146698 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0790  porin  31.47 
 
 		 354 aa  114  3e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000041631  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1420  outer membrane porin, putative  26.78 
 
 		 345 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3227  outer membrane porin, putative  28.61 
 
 		 354 aa  113  5e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101033  hitchhiker  0.000000540368 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0822  porin  31.18 
 
 		 354 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0441851  normal  0.422579 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0762  outer membrane porin, putative  28.32 
 
 		 354 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000457647  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2092  porin  28.44 
 
 		 346 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.078027  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0734  porin  28.53 
 
 		 354 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000494692  decreased coverage  0.0000362774 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2403  outer membrane porin, putative  28.16 
 
 		 351 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.987816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0464  porin  29.94 
 
 		 345 aa  102  7e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000937994  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0811  outer membrane porin, putative  30.99 
 
 		 342 aa  99.4  8e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0022  porin Gram-negative type  31.95 
 
 		 342 aa  96.3  6e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561527  normal  0.116595 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0448  outer membrane protein (porin)  28.41 
 
 		 362 aa  96.3  7e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000207768  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1984  porin Gram-negative type  29.97 
 
 		 367 aa  92  1e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000864013  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2793  porin  27.81 
 
 		 350 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.500641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4343  porin  28.44 
 
 		 329 aa  74.3  0.000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.926116 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1755  outer membrane protein (porin)  31.58 
 
 		 344 aa  73.9  0.000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3751  porin  25.6 
 
 		 336 aa  73.9  0.000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2179  porin Gram-negative type  31.05 
 
 		 344 aa  73.6  0.000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2784  putative porin  25.48 
 
 		 339 aa  73.6  0.000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000063685  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3032  porin Gram-negative type  25.45 
 
 		 336 aa  71.2  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0983473  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1891  porin  27.31 
 
 		 349 aa  71.6  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0840152  normal  0.0627255 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2085  porin Gram-negative type  30.53 
 
 		 344 aa  71.2  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2569  porin  30 
 
 		 365 aa  67.8  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.0000000237522  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0130  outer membrane porin protein  24.29 
 
 		 326 aa  67.4  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0258844  normal  0.0261696 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0773  outer membrane protein (porin)  28.64 
 
 		 333 aa  62.4  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000136886  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2050  porin  25 
 
 		 376 aa  61.6  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.946286  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4344  porin  25.79 
 
 		 340 aa  60.8  0.00000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1245  porin  31.69 
 
 		 342 aa  60.5  0.00000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.240847  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5954  porin  24 
 
 		 327 aa  60.1  0.00000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.77832  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  33.58 
 
 		 338 aa  58.9  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000423032  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5820  porin  27.37 
 
 		 338 aa  58.5  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.595518  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0804  porin  27.22 
 
 		 373 aa  57.4  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4796  porin Gram-negative type  24.85 
 
 		 352 aa  57  0.0000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0944571 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3719  porin Gram-negative type  24.85 
 
 		 352 aa  57  0.0000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0865217  normal  0.777538 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0438  OmpC family outer membrane porin  25.07 
 
 		 344 aa  57  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.513218  normal  0.842946 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0593  porin  31.41 
 
 		 368 aa  57.4  0.0000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.000000197819  unclonable  2.8842300000000004e-18 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1642  porin  28.02 
 
 		 365 aa  56.2  0.0000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.0000000000000869717  unclonable  0.00000125637 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0153  porin Gram-negative type  25.44 
 
 		 344 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0361  outer membrane phosphoporin protein E  25.82 
 
 		 350 aa  56.2  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000741681 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0527  porin  26.37 
 
 		 352 aa  55.8  0.0000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0023989  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00714  porin precursor transmembrane protein  24.51 
 
 		 351 aa  55.1  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000654265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2847  porin  26.18 
 
 		 389 aa  55.1  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0594  porin  27.46 
 
 		 354 aa  54.7  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.000000227625  unclonable  3.1886500000000004e-18 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3288  porin  26.32 
 
 		 380 aa  54.3  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5682  porin  29.53 
 
 		 351 aa  53.9  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000517962  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4522  porin  27.67 
 
 		 359 aa  53.9  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2512  OmpC family outer membrane porin  30.48 
 
 		 329 aa  53.5  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.127699 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3619  porin  30.77 
 
 		 319 aa  53.1  0.000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00814713  hitchhiker  0.000626755 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2282  porin  29.7 
 
 		 357 aa  53.1  0.000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2056  porin Gram-negative type  30.59 
 
 		 368 aa  53.1  0.000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0706527  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0360  outer membrane phosphoporin protein E  25.54 
 
 		 350 aa  53.1  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3117  porin  25.68 
 
 		 375 aa  52.8  0.000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0494554  normal  0.199472 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0354  outer membrane phosphoporin protein E  25.54 
 
 		 350 aa  53.1  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.52263  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0351  outer membrane phosphoporin protein E  25.54 
 
 		 350 aa  53.1  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>