More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2423 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2705  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  87.11 
 
 		 414 aa  677    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.169129  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2423  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  100 
 
 		 388 aa  786    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00407497 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3612  TPR repeat-containing protein  51.72 
 
 		 403 aa  209  5e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220413  normal  0.0189387 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6421  peptidoglycan binding domain-containing protein  46.92 
 
 		 513 aa  181  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2798  ATPase central domain-containing protein  44.75 
 
 		 855 aa  169  1e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.416059  normal  0.219212 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1261  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  39.23 
 
 		 485 aa  150  4e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3400  trypsin-like serine protease  35.07 
 
 		 406 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0421  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  35.35 
 
 		 406 aa  110  6e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1934  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  31.27 
 
 		 364 aa  106  8e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.82848 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2930  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  36.67 
 
 		 363 aa  99.4  1e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0248751 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1209  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  35.2 
 
 		 337 aa  98.2  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0802  peptidase S1, chymotrypsin  30.56 
 
 		 379 aa  96.3  8e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0943  protease Do  35.48 
 
 		 491 aa  95.9  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.250261  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0934  trypsin domain protein  33.88 
 
 		 382 aa  93.2  7e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0031  protease Do  37.69 
 
 		 453 aa  92.8  9e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00831551  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3259  peptidase S1C, Do  38.07 
 
 		 497 aa  89.4  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.324344  normal  0.259222 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3889  protease Do  38.04 
 
 		 524 aa  88.2  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.42007  normal  0.578189 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0871  protease Do  38.36 
 
 		 500 aa  88.2  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0331  trypsin domain/PDZ domain-containing protein  34.39 
 
 		 464 aa  87.8  3e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00109847  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3362  peptidase S1C, Do  34.55 
 
 		 464 aa  88.2  3e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000016609  decreased coverage  0.00312332 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0837  protease Do  36.41 
 
 		 476 aa  87.8  3e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.134567  normal  0.708087 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0763  protease Do  32.37 
 
 		 501 aa  87.4  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2948  serine endoprotease  35.16 
 
 		 478 aa  86.7  6e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2313  peptidoglycan binding domain-containing protein  32.08 
 
 		 596 aa  86.7  6e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2201  peptidase S1C, Do  39.61 
 
 		 508 aa  86.7  7e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3922  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  36.21 
 
 		 423 aa  86.7  7e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.155869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3331  peptidase S1C, Do  38.89 
 
 		 510 aa  85.9  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.107916  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1208  protease Do  34.36 
 
 		 475 aa  85.9  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0118678  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1324  2-alkenal reductase  39.76 
 
 		 469 aa  85.1  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4002  protease Do  37.44 
 
 		 501 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6094  putative Serine protease do-like precursor  36.61 
 
 		 498 aa  84.7  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0637  protease Do  34.74 
 
 		 517 aa  84.3  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.136267  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3170  peptidase S1C, Do  32.98 
 
 		 515 aa  84.3  0.000000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.963921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0590  2-alkenal reductase  38.82 
 
 		 453 aa  84.7  0.000000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000722472  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0641  peptidoglycan binding domain-containing protein  27.63 
 
 		 589 aa  84  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.757288 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2235  protease Do  39.6 
 
 		 529 aa  84.3  0.000000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.355037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0188  protease Do  38.36 
 
 		 524 aa  83.6  0.000000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.463194 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1797  protease Do  34.87 
 
 		 520 aa  83.2  0.000000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2013  peptidase S1C, Do  35.83 
 
 		 480 aa  83.2  0.000000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.000140166  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1350  putative serine protease Do  35.68 
 
 		 524 aa  82.8  0.000000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0040  protease Do  32.52 
 
 		 484 aa  83.2  0.000000000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13730  HtrA serine protease  37.93 
 
 		 473 aa  82.8  0.000000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2354  protease Do  36.97 
 
 		 518 aa  82.4  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0228  protease Do  33.18 
 
 		 457 aa  82.8  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0244  protease Do  33.18 
 
 		 458 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0117444  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2733  protease do precursor  32.47 
 
 		 501 aa  82.4  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0138399  normal  0.054673 
 
 
-
 
NC_004310  BR1394  serine protease Do, putative  35.68 
 
 		 524 aa  82.8  0.00000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4295  protease Do  33.18 
 
 		 466 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000836052  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4529  protease Do  33.51 
 
 		 516 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.366084 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2778  protease Do  33.69 
 
 		 511 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.725165  normal  0.242961 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1855  hypothetical protein  26.91 
 
 		 593 aa  82  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0052  serine protease  33.87 
 
 		 483 aa  81.6  0.00000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00292411 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0504  peptidoglycan binding domain-containing protein  26.91 
 
 		 593 aa  82  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3198  protease Do  33.33 
 
 		 474 aa  81.6  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2815  protease Do  35.91 
 
 		 485 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.351815  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2041  peptidase S1C, Do  36.41 
 
 		 498 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2725  peptidase S1C, Do  39.24 
 
 		 497 aa  81.3  0.00000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1808  trypsin-like serine protease  31.86 
 
 		 285 aa  81.3  0.00000000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.0000335064  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2346  peptidase S1C, Do  40.56 
 
 		 496 aa  80.9  0.00000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.466246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2247  ATPase  32.13 
 
 		 464 aa  80.9  0.00000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000505452  normal  0.0343548 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1855  protease Do  32.43 
 
 		 504 aa  80.5  0.00000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.19147  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0671  protease Do  34.02 
 
 		 473 aa  80.5  0.00000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0470073  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2422  peptidase S1C, Do  38.73 
 
 		 501 aa  80.5  0.00000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.320344 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3394  protease Do  30.96 
 
 		 476 aa  80.1  0.00000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0792545  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2673  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  33.49 
 
 		 379 aa  80.1  0.00000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.314842 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4575  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  40.28 
 
 		 375 aa  80.1  0.00000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.059957  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1749  peptidase S1C, Do  31.43 
 
 		 473 aa  80.1  0.00000000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0901  protease Do  36.88 
 
 		 509 aa  79.7  0.00000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.24208  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1344  trypsin  36.81 
 
 		 594 aa  79.7  0.00000000000007  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0379667 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2656  protease Do  37.11 
 
 		 511 aa  79.7  0.00000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.419635 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3616  protease Do  34.73 
 
 		 467 aa  79.7  0.00000000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0184725  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2883  protease Do  37.11 
 
 		 511 aa  79.7  0.00000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2667  protease Do  34.78 
 
 		 520 aa  79.7  0.00000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3040  2-alkenal reductase  35.71 
 
 		 375 aa  79.3  0.00000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0397571 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0147  serine protease  36.96 
 
 		 485 aa  79.3  0.0000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000224788 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1391  peptidase S1C, Do  34.21 
 
 		 496 aa  79  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.407109 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0175  trypsin-like serine protease  34.38 
 
 		 347 aa  79.3  0.0000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0707716  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0534  2-alkenal reductase  33.16 
 
 		 395 aa  79.3  0.0000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1014  peptidase S1C, Do  34.55 
 
 		 476 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0606  protease Do  37.42 
 
 		 523 aa  79  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0210206 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5274  protease Do  38.56 
 
 		 501 aa  79  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3349  peptidase S1C, Do  36.36 
 
 		 499 aa  79.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.181903 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1953  peptidase S1C, Do  36.71 
 
 		 499 aa  79.3  0.0000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.100212  normal  0.0596559 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3457  protease Do  30.73 
 
 		 476 aa  79  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1431  trypsin-like serine protease  34.15 
 
 		 301 aa  79.3  0.0000000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1135  protease Do  37.41 
 
 		 535 aa  79.3  0.0000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1673  protease Do  31.32 
 
 		 505 aa  78.6  0.0000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0684799  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0641  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  34.76 
 
 		 381 aa  78.6  0.0000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1782  protease Do  32.45 
 
 		 498 aa  78.2  0.0000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0879  protease Do  32.9 
 
 		 476 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000781376  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2256  peptidase S1C, Do  34.48 
 
 		 498 aa  78.2  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.213133  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1382  protease Do  38.78 
 
 		 514 aa  78.2  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.490263  normal  0.542535 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1019  peptidase S1C, Do  37.25 
 
 		 525 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0197  HtrA2 peptidase  35.36 
 
 		 369 aa  78.2  0.0000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0752  2-alkenal reductase  31.69 
 
 		 372 aa  78.6  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0327336 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0157  peptidase S1C, Do  36.96 
 
 		 485 aa  78.6  0.0000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20250  2-alkenal reductase  33.33 
 
 		 264 aa  78.6  0.0000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1716  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  36.46 
 
 		 280 aa  78.6  0.0000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.56437  normal  0.319195 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2462  peptidase S1C, Do  34.87 
 
 		 471 aa  77.8  0.0000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1365  peptidase S1C, Do  34.51 
 
 		 482 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0859447  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>