More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2041 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4002  protease Do  87.05 
 
 		 501 aa  804    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2346  peptidase S1C, Do  81.6 
 
 		 496 aa  775    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.466246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6094  putative Serine protease do-like precursor  82.2 
 
 		 498 aa  757    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2041  peptidase S1C, Do  100 
 
 		 498 aa  975    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3259  peptidase S1C, Do  86.14 
 
 		 497 aa  788    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.324344  normal  0.259222 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3349  peptidase S1C, Do  93.19 
 
 		 499 aa  873    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.181903 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2725  peptidase S1C, Do  83.6 
 
 		 497 aa  765    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1086  protease Do  63.58 
 
 		 501 aa  594  1e-168  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0760064 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0704  protease Do  60.24 
 
 		 500 aa  591  1e-167  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.762947  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4529  protease Do  63.91 
 
 		 516 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.366084 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2778  protease Do  62.45 
 
 		 511 aa  568  1e-160  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.725165  normal  0.242961 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2656  protease Do  60.9 
 
 		 511 aa  553  1e-156  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.419635 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2883  protease Do  60.69 
 
 		 511 aa  551  1e-155  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1733  protease Do  57.11 
 
 		 522 aa  532  1e-150  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.613226  hitchhiker  0.00274873 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0606  protease Do  56.83 
 
 		 523 aa  533  1e-150  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0210206 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1661  protease Do  59.35 
 
 		 498 aa  520  1e-146  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.179012 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1797  protease Do  53.07 
 
 		 520 aa  500  1e-140  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1394  serine protease Do, putative  52.36 
 
 		 524 aa  501  1e-140  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1350  putative serine protease Do  52.36 
 
 		 524 aa  501  1e-140  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2014  protease Do  53.56 
 
 		 502 aa  478  1e-133  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2798  protease Do  51.19 
 
 		 588 aa  473  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.83064  normal  0.454962 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1746  protease Do  53.22 
 
 		 471 aa  468  1.0000000000000001e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2812  serine protease  52.09 
 
 		 528 aa  471  1.0000000000000001e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.498431  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2539  protease Do  50.89 
 
 		 578 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.874075 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2461  protease Do  50.71 
 
 		 487 aa  447  1.0000000000000001e-124  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.282198 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0922  protease Do family protein  46.46 
 
 		 496 aa  443  1e-123  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.726985  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0887  protease Do  50.85 
 
 		 493 aa  430  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0626906  normal  0.172287 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2201  peptidase S1C, Do  51.12 
 
 		 508 aa  427  1e-118  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2733  protease do precursor  51.07 
 
 		 501 aa  428  1e-118  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0138399  normal  0.054673 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0355  serine protease  50.87 
 
 		 493 aa  423  1e-117  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.459558  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1999  protease Do  50.87 
 
 		 506 aa  423  1e-117  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0697759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1953  peptidase S1C, Do  49.8 
 
 		 499 aa  415  9.999999999999999e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.100212  normal  0.0596559 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1135  protease Do  47.9 
 
 		 535 aa  412  1e-114  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1382  protease Do  49.17 
 
 		 514 aa  403  1e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.490263  normal  0.542535 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3170  peptidase S1C, Do  47.37 
 
 		 515 aa  400  9.999999999999999e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.963921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0943  protease Do  44.49 
 
 		 491 aa  368  1e-100  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.250261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2022  protease Do  45.86 
 
 		 459 aa  367  1e-100  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.303504 
 
 
-
 
NC_004310  BR0611  serine protease  45.01 
 
 		 513 aa  361  2e-98  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0610  serine protease  45.01 
 
 		 513 aa  361  2e-98  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2235  protease Do  44.66 
 
 		 529 aa  348  2e-94  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.355037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2667  protease Do  42.52 
 
 		 520 aa  347  2e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2140  protease Do  45.13 
 
 		 523 aa  345  2e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.750781  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0188  protease Do  45.21 
 
 		 524 aa  344  2e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.463194 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0637  protease Do  43.88 
 
 		 517 aa  344  2e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.136267  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2011  peptidase S1C, Do  43.61 
 
 		 526 aa  343  4e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.963752 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3362  peptidase S1C, Do  41.77 
 
 		 464 aa  342  8e-93  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000016609  decreased coverage  0.00312332 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3077  putative serine protease do-like precursor  41.67 
 
 		 527 aa  340  2.9999999999999998e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1773  protease Do  42.37 
 
 		 489 aa  340  5e-92  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000000225032  hitchhiker  0.000850393 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0763  protease Do  42.83 
 
 		 501 aa  339  5.9999999999999996e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5052  protease Do  42.8 
 
 		 520 aa  339  8e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.610685  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3911  protease Do  43.13 
 
 		 485 aa  338  9e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0871  protease Do  43.42 
 
 		 500 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0833  protease DO  39.48 
 
 		 497 aa  335  7.999999999999999e-91  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0653734  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5428  protease Do  42.77 
 
 		 508 aa  333  3e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.025142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1014  peptidase S1C, Do  42.59 
 
 		 476 aa  333  4e-90  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1368  serine protease DO-like protease  42.6 
 
 		 491 aa  333  4e-90  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.200414  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0924  protease Do  41.96 
 
 		 527 aa  333  6e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.010153  normal  0.0275633 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2354  protease Do  39.69 
 
 		 518 aa  332  1e-89  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4295  protease Do  42.42 
 
 		 466 aa  330  5.0000000000000004e-89  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000836052  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0331  trypsin domain/PDZ domain-containing protein  42.77 
 
 		 464 aa  329  6e-89  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00109847  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1073  protease Do  41.75 
 
 		 527 aa  328  9e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.952362 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3443  peptidase S1C, Do  42.33 
 
 		 528 aa  328  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.203092  normal  0.0980299 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0901  protease Do  43.6 
 
 		 509 aa  323  3e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.24208  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3242  putative trypsin-like serine protease  42.53 
 
 		 483 aa  323  4e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.263085  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6504  protease Do  41.08 
 
 		 502 aa  323  6e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3978  protease Do  42.32 
 
 		 483 aa  323  6e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0104728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0942  protease Do  42.17 
 
 		 506 aa  322  8e-87  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0681927  normal  0.773505 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0308  protease Do  42.7 
 
 		 481 aa  322  8e-87  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.582048 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3140  hypothetical protein  42.71 
 
 		 483 aa  322  9.999999999999999e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.673481  normal  0.234219 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1841  peptidase S1C, Do  41.46 
 
 		 528 aa  318  1e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1441  peptidase S1C, Do  41.06 
 
 		 523 aa  318  1e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5887  protease Do  41.6 
 
 		 504 aa  317  3e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0228  protease Do  40.08 
 
 		 457 aa  317  4e-85  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5235  protease Do  41.48 
 
 		 501 aa  316  5e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0671  protease Do  43.78 
 
 		 473 aa  315  1.9999999999999998e-84  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0470073  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1019  peptidase S1C, Do  41.36 
 
 		 525 aa  311  1e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1195  peptidase S1C, Do  40.81 
 
 		 516 aa  311  2e-83  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5274  protease Do  41.26 
 
 		 501 aa  310  2.9999999999999997e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5157  protease Do  40.9 
 
 		 503 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0527663 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4692  protease Do  40.9 
 
 		 503 aa  310  4e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.601387  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5124  protease Do  45.52 
 
 		 496 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.38057 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1611  protease Do  40.47 
 
 		 482 aa  307  2.0000000000000002e-82  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.4051  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1467  serine protease, MucD  39.88 
 
 		 473 aa  307  3e-82  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.627151  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0859  peptidase S1C, Do  40.37 
 
 		 477 aa  306  5.0000000000000004e-82  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.078917  normal  0.0183856 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1003  peptidase S1C, Do  40.37 
 
 		 477 aa  306  5.0000000000000004e-82  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0749587  normal  0.0653423 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3827  protease Do  45.24 
 
 		 496 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0244  protease Do  40.28 
 
 		 458 aa  303  3.0000000000000004e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0117444  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2013  protease Do  44.75 
 
 		 524 aa  303  4.0000000000000003e-81  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.316391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0434  protease Do family protein  39.87 
 
 		 505 aa  303  5.000000000000001e-81  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1343  protease Do  39.48 
 
 		 481 aa  302  1e-80  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.139056  normal  0.641282 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2005  protease Do  41.26 
 
 		 475 aa  301  1e-80  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4136  protease Do  44.73 
 
 		 496 aa  301  2e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0984  protease Do  39.15 
 
 		 485 aa  301  2e-80  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3331  peptidase S1C, Do  41.83 
 
 		 510 aa  300  5e-80  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.107916  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1102  protease Do  40.88 
 
 		 469 aa  299  6e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.432426  normal  0.334771 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3516  protease Do  41.21 
 
 		 537 aa  298  1e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.277095 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2174  protease Do  41.81 
 
 		 490 aa  299  1e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.281026 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3083  trypsin-like serine protease  40.81 
 
 		 462 aa  298  2e-79  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2013  peptidase S1C, Do  40.97 
 
 		 480 aa  297  3e-79  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.000140166  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1088  protease Do  39.96 
 
 		 498 aa  290  3e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.648763  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>