More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3349 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6094  putative Serine protease do-like precursor  83.6 
 
 		 498 aa  758    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2346  peptidase S1C, Do  80.64 
 
 		 496 aa  763    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.466246  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4002  protease Do  88.1 
 
 		 501 aa  818    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2041  peptidase S1C, Do  92.79 
 
 		 498 aa  832    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3259  peptidase S1C, Do  85.17 
 
 		 497 aa  783    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.324344  normal  0.259222 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3349  peptidase S1C, Do  100 
 
 		 499 aa  981    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.181903 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2725  peptidase S1C, Do  81.84 
 
 		 497 aa  759    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1086  protease Do  62.42 
 
 		 501 aa  592  1e-168  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0760064 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0704  protease Do  59.45 
 
 		 500 aa  589  1e-167  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.762947  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2778  protease Do  61.63 
 
 		 511 aa  573  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.725165  normal  0.242961 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4529  protease Do  61.08 
 
 		 516 aa  565  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.366084 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2656  protease Do  60.32 
 
 		 511 aa  558  1e-158  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.419635 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2883  protease Do  60.12 
 
 		 511 aa  556  1e-157  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0606  protease Do  56.16 
 
 		 523 aa  535  1e-151  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0210206 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1733  protease Do  57.98 
 
 		 522 aa  526  1e-148  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.613226  hitchhiker  0.00274873 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1661  protease Do  59.57 
 
 		 498 aa  512  1e-144  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.179012 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1350  putative serine protease Do  52.33 
 
 		 524 aa  506  9.999999999999999e-143  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1394  serine protease Do, putative  52.33 
 
 		 524 aa  506  9.999999999999999e-143  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1797  protease Do  53.2 
 
 		 520 aa  506  9.999999999999999e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2014  protease Do  53.66 
 
 		 502 aa  475  1e-133  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2798  protease Do  51.89 
 
 		 588 aa  474  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.83064  normal  0.454962 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2812  serine protease  51.15 
 
 		 528 aa  468  9.999999999999999e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.498431  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2539  protease Do  50.58 
 
 		 578 aa  468  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.874075 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1746  protease Do  52.98 
 
 		 471 aa  468  9.999999999999999e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0922  protease Do family protein  49.14 
 
 		 496 aa  443  1e-123  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.726985  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2461  protease Do  50.52 
 
 		 487 aa  441  9.999999999999999e-123  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.282198 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2201  peptidase S1C, Do  51.88 
 
 		 508 aa  428  1e-118  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2733  protease do precursor  50.54 
 
 		 501 aa  421  1e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0138399  normal  0.054673 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0887  protease Do  50.11 
 
 		 493 aa  421  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0626906  normal  0.172287 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1999  protease Do  50.11 
 
 		 506 aa  414  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0697759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0355  serine protease  50.11 
 
 		 493 aa  415  1e-114  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.459558  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1135  protease Do  48.32 
 
 		 535 aa  409  1e-113  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3170  peptidase S1C, Do  47.07 
 
 		 515 aa  403  1e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.963921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1953  peptidase S1C, Do  49.09 
 
 		 499 aa  405  1e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.100212  normal  0.0596559 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1382  protease Do  48.45 
 
 		 514 aa  394  1e-108  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.490263  normal  0.542535 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0943  protease Do  44.44 
 
 		 491 aa  363  3e-99  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.250261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2022  protease Do  46.05 
 
 		 459 aa  363  5.0000000000000005e-99  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.303504 
 
 
-
 
NC_004310  BR0611  serine protease  43.6 
 
 		 513 aa  358  9.999999999999999e-98  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0610  serine protease  43.6 
 
 		 513 aa  358  9.999999999999999e-98  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0637  protease Do  42.8 
 
 		 517 aa  349  7e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.136267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2235  protease Do  44.49 
 
 		 529 aa  348  1e-94  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.355037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2667  protease Do  43.06 
 
 		 520 aa  344  2.9999999999999997e-93  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1773  protease Do  42.57 
 
 		 489 aa  343  5.999999999999999e-93  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000000225032  hitchhiker  0.000850393 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0188  protease Do  45.15 
 
 		 524 aa  340  2.9999999999999998e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.463194 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5052  protease Do  42.69 
 
 		 520 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.610685  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0763  protease Do  45.37 
 
 		 501 aa  337  2.9999999999999997e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3077  putative serine protease do-like precursor  40.31 
 
 		 527 aa  336  5e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0833  protease DO  41.98 
 
 		 497 aa  336  7e-91  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0653734  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0924  protease Do  41.65 
 
 		 527 aa  334  2e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.010153  normal  0.0275633 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4295  protease Do  43.18 
 
 		 466 aa  334  3e-90  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000836052  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2140  protease Do  44.78 
 
 		 523 aa  333  4e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.750781  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0871  protease Do  41.86 
 
 		 500 aa  333  4e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2354  protease Do  41.29 
 
 		 518 aa  333  4e-90  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3911  protease Do  42.7 
 
 		 485 aa  333  4e-90  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1014  peptidase S1C, Do  43.68 
 
 		 476 aa  332  8e-90  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2011  peptidase S1C, Do  42.77 
 
 		 526 aa  332  8e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.963752 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1368  serine protease DO-like protease  42.48 
 
 		 491 aa  330  3e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.200414  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3362  peptidase S1C, Do  41.63 
 
 		 464 aa  330  3e-89  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000016609  decreased coverage  0.00312332 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5428  protease Do  42.62 
 
 		 508 aa  329  6e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.025142  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1073  protease Do  41.29 
 
 		 527 aa  328  9e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.952362 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3140  hypothetical protein  41.38 
 
 		 483 aa  324  2e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.673481  normal  0.234219 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3443  peptidase S1C, Do  41.32 
 
 		 528 aa  323  6e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.203092  normal  0.0980299 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0308  protease Do  42.67 
 
 		 481 aa  322  9.000000000000001e-87  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.582048 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0901  protease Do  43.97 
 
 		 509 aa  322  9.999999999999999e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.24208  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0942  protease Do  41.48 
 
 		 506 aa  322  9.999999999999999e-87  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0681927  normal  0.773505 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3242  putative trypsin-like serine protease  40.77 
 
 		 483 aa  318  1e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.263085  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3978  protease Do  40.57 
 
 		 483 aa  318  2e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0104728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1841  peptidase S1C, Do  39.92 
 
 		 528 aa  317  4e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1441  peptidase S1C, Do  38.86 
 
 		 523 aa  316  6e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0984  protease Do  41.58 
 
 		 485 aa  316  6e-85  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0331  trypsin domain/PDZ domain-containing protein  41.55 
 
 		 464 aa  315  9.999999999999999e-85  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00109847  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6504  protease Do  43.33 
 
 		 502 aa  313  3.9999999999999997e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1467  serine protease, MucD  40.24 
 
 		 473 aa  313  4.999999999999999e-84  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.627151  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5235  protease Do  42.49 
 
 		 501 aa  311  2e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5887  protease Do  41.74 
 
 		 504 aa  309  5.9999999999999995e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0228  protease Do  39.64 
 
 		 457 aa  307  2.0000000000000002e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5274  protease Do  40.63 
 
 		 501 aa  307  2.0000000000000002e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5124  protease Do  45.38 
 
 		 496 aa  307  3e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.38057 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0859  peptidase S1C, Do  40.33 
 
 		 477 aa  307  3e-82  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.078917  normal  0.0183856 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1003  peptidase S1C, Do  40.33 
 
 		 477 aa  307  3e-82  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0749587  normal  0.0653423 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1195  peptidase S1C, Do  41.14 
 
 		 516 aa  307  4.0000000000000004e-82  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0671  protease Do  42.92 
 
 		 473 aa  306  4.0000000000000004e-82  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0470073  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4692  protease Do  41.46 
 
 		 503 aa  306  7e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.601387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5157  protease Do  41.46 
 
 		 503 aa  306  7e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0527663 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0434  protease Do family protein  38.51 
 
 		 505 aa  305  9.000000000000001e-82  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1019  peptidase S1C, Do  40.56 
 
 		 525 aa  305  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3827  protease Do  44.99 
 
 		 496 aa  304  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3331  peptidase S1C, Do  42.37 
 
 		 510 aa  302  8.000000000000001e-81  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.107916  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4136  protease Do  44.47 
 
 		 496 aa  300  6e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1611  protease Do  41.15 
 
 		 482 aa  300  6e-80  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.4051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1343  protease Do  39.87 
 
 		 481 aa  299  7e-80  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.139056  normal  0.641282 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0244  protease Do  40.64 
 
 		 458 aa  298  1e-79  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0117444  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2013  protease Do  44.25 
 
 		 524 aa  298  1e-79  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.316391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2005  protease Do  41.45 
 
 		 475 aa  297  2e-79  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3516  protease Do  40.19 
 
 		 537 aa  297  4e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.277095 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2174  protease Do  41.29 
 
 		 490 aa  296  5e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.281026 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3083  trypsin-like serine protease  41.67 
 
 		 462 aa  294  2e-78  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2013  peptidase S1C, Do  40.27 
 
 		 480 aa  294  2e-78  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.000140166  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1102  protease Do  40.39 
 
 		 469 aa  293  4e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.432426  normal  0.334771 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1088  protease Do  40.08 
 
 		 498 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.648763  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>