More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_1855 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_0641  peptidoglycan binding domain-containing protein  78.32 
 
 		 589 aa  865    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.757288 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0504  peptidoglycan binding domain-containing protein  99.49 
 
 		 593 aa  1149    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1855  hypothetical protein  100 
 
 		 593 aa  1154    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2313  peptidoglycan binding domain-containing protein  46.46 
 
 		 596 aa  465  1e-129  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2734  peptidoglycan binding domain-containing protein  45.96 
 
 		 585 aa  460  9.999999999999999e-129  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2405  hypothetical protein  47.35 
 
 		 576 aa  456  1e-127  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0566608  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0537  peptidoglycan binding domain-containing protein  28.86 
 
 		 412 aa  111  5e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.268147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3612  TPR repeat-containing protein  30.81 
 
 		 403 aa  87.8  5e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220413  normal  0.0189387 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6421  peptidoglycan binding domain-containing protein  30.77 
 
 		 513 aa  84.7  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2705  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  28.57 
 
 		 414 aa  83.6  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.169129  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2798  ATPase central domain-containing protein  32.21 
 
 		 855 aa  82.8  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.416059  normal  0.219212 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0214  peptidoglycan binding domain-containing protein  26 
 
 		 454 aa  82  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.103118 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2423  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  26.91 
 
 		 388 aa  81.6  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00407497 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1261  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  25.42 
 
 		 485 aa  79.3  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0618  peptidoglycan binding domain-containing protein  25.81 
 
 		 460 aa  77.4  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.559119  normal  0.773085 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0365  peptidoglycan binding domain-containing protein  25.91 
 
 		 456 aa  77  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.396847  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0047  peptidoglycan binding domain-containing protein  22.9 
 
 		 448 aa  75.9  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0421  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  28.99 
 
 		 406 aa  68.6  0.0000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0075  peptidoglycan binding domain-containing protein  27.08 
 
 		 459 aa  67.8  0.0000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.542735 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0039  hypothetical protein  25.57 
 
 		 447 aa  67.4  0.0000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.304092  normal  0.27217 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0088  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  24.28 
 
 		 448 aa  66.2  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3400  trypsin-like serine protease  30.99 
 
 		 406 aa  65.9  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0721  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  31.49 
 
 		 392 aa  59.7  0.0000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1209  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  26.94 
 
 		 337 aa  59.7  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1737  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  26.6 
 
 		 466 aa  58.5  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00165447  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1391  peptidase S1C, Do  33.33 
 
 		 496 aa  58.5  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.407109 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2930  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  24.31 
 
 		 363 aa  57.8  0.0000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0248751 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1572  peptidase S1C, Do  32.64 
 
 		 468 aa  57.8  0.0000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0853453  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1716  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  30.81 
 
 		 280 aa  57.4  0.0000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.56437  normal  0.319195 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4130  peptidase S1, chymotrypsin:PDZ/DHR/GLGF  28.29 
 
 		 386 aa  57.4  0.0000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0342  2-alkenal reductase  29.79 
 
 		 402 aa  57.4  0.0000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.35857  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2932  HTRA-like serine protease signal peptide protein  30.5 
 
 		 403 aa  56.6  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2684  2-alkenal reductase  33.11 
 
 		 391 aa  56.6  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0366  2-alkenal reductase  29.08 
 
 		 401 aa  56.6  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.850857  normal  0.376935 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0875  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  27.27 
 
 		 385 aa  57  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3537  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  29.08 
 
 		 401 aa  56.6  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2668  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  29.08 
 
 		 401 aa  56.6  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0357  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  29.08 
 
 		 401 aa  56.6  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12639  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0418  2-alkenal reductase  29.08 
 
 		 401 aa  56.6  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00163437 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0439  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  29.08 
 
 		 401 aa  56.6  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2862  protease Do  29.71 
 
 		 404 aa  55.5  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.167767 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3209  protease Do  29.71 
 
 		 404 aa  55.8  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0934  trypsin domain protein  28.11 
 
 		 382 aa  55.5  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20250  2-alkenal reductase  29.76 
 
 		 264 aa  55.5  0.000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4138  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  34.38 
 
 		 752 aa  55.1  0.000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0248292 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0894  peptidoglycan-binding domain 1 protein  42.86 
 
 		 457 aa  55.1  0.000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1229  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  33.72 
 
 		 298 aa  55.1  0.000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0581563  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4435  trypsin domain protein  27.63 
 
 		 386 aa  54.7  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00143811  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2979  serine protease  29.08 
 
 		 387 aa  54.3  0.000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0816  periplasmic serine protease  27.37 
 
 		 462 aa  54.7  0.000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0094905  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1966  trypsin domain/PDZ domain-containing protein  30.56 
 
 		 425 aa  54.3  0.000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.0000431561  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1454  2-alkenal reductase  29.37 
 
 		 409 aa  54.3  0.000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00925037  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3546  2-alkenal reductase  29.08 
 
 		 407 aa  53.9  0.000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.416625  hitchhiker  0.00882944 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4915  2-alkenal reductase  26.9 
 
 		 385 aa  54.3  0.000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000128637  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0197  HtrA2 peptidase  27.06 
 
 		 369 aa  53.9  0.000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2013  peptidase S1C, Do  29.41 
 
 		 480 aa  53.9  0.000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.000140166  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0412  putative exported serine protease, HtrA/AlgW-like  29.08 
 
 		 407 aa  53.9  0.000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2121  2-alkenal reductase  30.57 
 
 		 525 aa  53.9  0.000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3652  serine protease  28.37 
 
 		 402 aa  53.9  0.000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3709  serine protease  28.37 
 
 		 402 aa  53.9  0.000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1673  protease Do  30.41 
 
 		 505 aa  53.5  0.00001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0684799  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0802  peptidase S1, chymotrypsin  28.93 
 
 		 379 aa  53.1  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3678  DegQ protease  28.37 
 
 		 388 aa  53.5  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.320686  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2320  PDZ/DHR/GLGF  31.33 
 
 		 351 aa  53.5  0.00001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.47953 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0888  2-alkenal reductase  28.29 
 
 		 380 aa  53.5  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3622  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  32.91 
 
 		 486 aa  53.1  0.00001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0344622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1726  protease Do  31.25 
 
 		 513 aa  53.5  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.618401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2750  serine protease  28.37 
 
 		 402 aa  52.4  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1803  serine protease  28.37 
 
 		 402 aa  52.4  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1934  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  25.73 
 
 		 364 aa  52.4  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.82848 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5561  peptidase S1C, Do  31.39 
 
 		 488 aa  52.4  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1773  protease Do  28.26 
 
 		 489 aa  52.8  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000000225032  hitchhiker  0.000850393 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0713  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  26.17 
 
 		 362 aa  52.4  0.00002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3417  peptidase S1C, Do  30.07 
 
 		 467 aa  52.8  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.966592  normal  0.139479 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_04311  trypsin-like serine protease  26.98 
 
 		 362 aa  52.4  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0908  2-alkenal reductase  26.97 
 
 		 386 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.544315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3254  serine protease  28.37 
 
 		 402 aa  52.4  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2700  serine protease  28.37 
 
 		 388 aa  52  0.00003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0682  protease Do  28.77 
 
 		 494 aa  52  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.160737  normal  0.370456 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0758  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  27.97 
 
 		 375 aa  52  0.00003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0147516  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3362  peptidase S1C, Do  26.67 
 
 		 464 aa  52  0.00003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000016609  decreased coverage  0.00312332 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3611  2-alkenal reductase  31.54 
 
 		 396 aa  52  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.249525  normal  0.817359 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0807  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  27.66 
 
 		 398 aa  52.4  0.00003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18270  trypsin-like serine protease with C-terminal PDZ domain  34.52 
 
 		 432 aa  52  0.00003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.13889  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2745  2-alkenal reductase  28.37 
 
 		 403 aa  52  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.526629  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0905  protease Do  27.59 
 
 		 502 aa  52  0.00003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0590  2-alkenal reductase  25.21 
 
 		 453 aa  52  0.00003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000722472  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02108  protease signal peptide protein  31.39 
 
 		 490 aa  51.6  0.00004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07340  trypsin-like serine protease with C-terminal PDZ domain  29.93 
 
 		 552 aa  51.6  0.00004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.191801 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0037  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  30.6 
 
 		 307 aa  51.6  0.00004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2079  HtrA2 peptidase  27.72 
 
 		 420 aa  51.6  0.00004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.376096  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5001  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  30.77 
 
 		 341 aa  51.6  0.00004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.951966  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2323  peptidase S1C, Do  29.58 
 
 		 463 aa  51.6  0.00004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.052989  normal  0.164438 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4612  peptidoglycan binding domain-containing protein  42.25 
 
 		 244 aa  51.6  0.00004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3156  peptidase S1C, Do  28.87 
 
 		 464 aa  51.6  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.967436  normal  0.845897 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5280  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  30.86 
 
 		 341 aa  51.6  0.00004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3233  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  28.37 
 
 		 398 aa  51.6  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4912  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  30.77 
 
 		 341 aa  51.6  0.00004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.899758  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1169  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  23.81 
 
 		 384 aa  51.6  0.00004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4548  2-alkenal reductase  26.32 
 
 		 386 aa  51.6  0.00004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>