33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0365 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_0365  peptidoglycan binding domain-containing protein  100 
 
 
456 aa  902    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.396847  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0618  peptidoglycan binding domain-containing protein  70.56 
 
 
460 aa  626  1e-178  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.559119  normal  0.773085 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0214  peptidoglycan binding domain-containing protein  70.18 
 
 
454 aa  601  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.103118 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0047  peptidoglycan binding domain-containing protein  63.18 
 
 
448 aa  556  1e-157  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0088  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  64.33 
 
 
448 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0075  peptidoglycan binding domain-containing protein  65.19 
 
 
459 aa  531  1e-149  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.542735 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0039  hypothetical protein  59.87 
 
 
447 aa  510  1e-143  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.304092  normal  0.27217 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1389  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  28.54 
 
 
484 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1393  peptidoglycan binding domain-containing protein  28.91 
 
 
491 aa  120  6e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00241156 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1668  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  32.51 
 
 
500 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.844138 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1737  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  34.83 
 
 
466 aa  116  8.999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00165447  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0401  peptidoglycan binding domain-containing protein  30.77 
 
 
487 aa  98.2  3e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.039914  normal  0.803318 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0641  peptidoglycan binding domain-containing protein  26.75 
 
 
589 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.757288 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1855  hypothetical protein  25.91 
 
 
593 aa  77  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2734  peptidoglycan binding domain-containing protein  23.64 
 
 
585 aa  76.3  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0504  peptidoglycan binding domain-containing protein  25.91 
 
 
593 aa  75.9  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1102  peptidoglycan binding domain-containing protein  27.82 
 
 
490 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2313  peptidoglycan binding domain-containing protein  24.7 
 
 
596 aa  64.3  0.000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2405  hypothetical protein  25.15 
 
 
576 aa  64.7  0.000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0566608  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1261  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  22.73 
 
 
485 aa  61.2  0.00000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0287  peptidase S1C, Do  30.05 
 
 
465 aa  50.1  0.00009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1742  serine protease  32.24 
 
 
461 aa  48.9  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.378867  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0388  protease Do  32.24 
 
 
461 aa  47.4  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2507  protease Do  31.69 
 
 
461 aa  47  0.0006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0254484  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6606  HtrA2 peptidase  27.7 
 
 
393 aa  46.2  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.211294  normal  0.127864 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2476  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  27.96 
 
 
486 aa  44.7  0.003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0494  peptidase S1C, Do  26.05 
 
 
506 aa  44.3  0.005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2662  peptidase S1C, Do  29.84 
 
 
491 aa  43.9  0.006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3516  protease Do  26.32 
 
 
537 aa  43.5  0.007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.277095 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0355  serine protease  27.27 
 
 
493 aa  43.5  0.008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.459558  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1999  protease Do  27.27 
 
 
506 aa  43.1  0.009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0697759  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3170  peptidase S1C, Do  34.21 
 
 
515 aa  43.5  0.009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.963921  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2098  peptidase S1C, Do  32.43 
 
 
461 aa  43.5  0.009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>