40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2405 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2405  hypothetical protein  100 
 
 		 576 aa  1118    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0566608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0641  peptidoglycan binding domain-containing protein  49.12 
 
 		 589 aa  464  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.757288 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2734  peptidoglycan binding domain-containing protein  45.05 
 
 		 585 aa  459  9.999999999999999e-129  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1855  hypothetical protein  47.09 
 
 		 593 aa  448  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0504  peptidoglycan binding domain-containing protein  46.91 
 
 		 593 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2313  peptidoglycan binding domain-containing protein  45.3 
 
 		 596 aa  441  9.999999999999999e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0537  peptidoglycan binding domain-containing protein  28.62 
 
 		 412 aa  89.7  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.268147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3612  TPR repeat-containing protein  29.19 
 
 		 403 aa  80.1  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220413  normal  0.0189387 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2705  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  25.12 
 
 		 414 aa  70.1  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.169129  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2423  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  26.64 
 
 		 388 aa  70.1  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00407497 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1261  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  23.36 
 
 		 485 aa  65.9  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0421  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  27.52 
 
 		 406 aa  64.7  0.000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0365  peptidoglycan binding domain-containing protein  25.15 
 
 		 456 aa  64.3  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.396847  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2798  ATPase central domain-containing protein  28.5 
 
 		 855 aa  62.4  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.416059  normal  0.219212 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6421  peptidoglycan binding domain-containing protein  25 
 
 		 513 aa  60.8  0.00000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0047  peptidoglycan binding domain-containing protein  22.5 
 
 		 448 aa  59.7  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3400  trypsin-like serine protease  27.41 
 
 		 406 aa  59.7  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0618  peptidoglycan binding domain-containing protein  22.94 
 
 		 460 aa  59.3  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.559119  normal  0.773085 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0214  peptidoglycan binding domain-containing protein  23.82 
 
 		 454 aa  58.5  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.103118 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1528  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  26.92 
 
 		 311 aa  57.4  0.0000007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0039  hypothetical protein  23.4 
 
 		 447 aa  57  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.304092  normal  0.27217 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0088  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  23.16 
 
 		 448 aa  53.5  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1737  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  29.95 
 
 		 466 aa  52.4  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00165447  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2930  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  26.62 
 
 		 363 aa  51.6  0.00004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0248751 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4612  peptidoglycan binding domain-containing protein  34.21 
 
 		 244 aa  50.8  0.00006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1260  hypothetical protein  30.2 
 
 		 242 aa  48.5  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0234985 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1370  2-alkenal reductase  29.75 
 
 		 323 aa  48.5  0.0004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.876764 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3106  peptidoglycan binding domain-containing protein  36.05 
 
 		 159 aa  47.8  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0134  peptidoglycan binding domain-containing protein  35.14 
 
 		 450 aa  48.1  0.0005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2209  hypothetical protein  34.04 
 
 		 247 aa  47.8  0.0006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.421293 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4352  hypothetical protein  41.27 
 
 		 486 aa  47.4  0.0007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4743  peptidoglycan binding domain-containing protein  38.46 
 
 		 573 aa  45.4  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.258371  normal  0.341295 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2175  spore cortex-lytic enzyme  41.18 
 
 		 270 aa  45.4  0.003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3999  peptidoglycan binding domain-containing protein  40.82 
 
 		 568 aa  45.1  0.004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.121283  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6504  protease Do  28.78 
 
 		 502 aa  45.1  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0871  lytic murein transglycosylase  44.64 
 
 		 429 aa  44.3  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.874222  normal  0.184332 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0685  OpcA protein  39.29 
 
 		 440 aa  44.3  0.006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0954388 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6960  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase, putative signal peptide  47.27 
 
 		 464 aa  43.9  0.007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4363  lytic murein transglycosylase  45.45 
 
 		 469 aa  43.9  0.008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.831397  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0968  lytic murein transglycosylase  46.3 
 
 		 461 aa  43.9  0.009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164156  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>