More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4034 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_2020  multi-sensor signal transduction histidine kinase  53.53 
 
 		 771 aa  816    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1677  GAF sensor signal transduction histidine kinase  70.84 
 
 		 770 aa  1052    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4034  multi-sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 775 aa  1557    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3788  phytochrome  87.48 
 
 		 772 aa  1368    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0317187 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3080  bacteriophytochrome  58.28 
 
 		 783 aa  889    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1003  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  38.88 
 
 		 751 aa  450  1e-125  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.972748  hitchhiker  0.000165551 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0035  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.41 
 
 		 769 aa  401  9.999999999999999e-111  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4415  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.31 
 
 		 749 aa  400  9.999999999999999e-111  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.541129  normal  0.358425 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3852  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  38.52 
 
 		 765 aa  398  1e-109  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2403  ATP-binding region, ATPase-like  40.87 
 
 		 776 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0308443 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4111  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.15 
 
 		 760 aa  376  1e-103  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4151  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.15 
 
 		 760 aa  376  1e-103  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.193587 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4451  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.12 
 
 		 775 aa  375  1e-102  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3425  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.86 
 
 		 775 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0531418  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6244  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  39.5 
 
 		 849 aa  369  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2818  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.96 
 
 		 769 aa  366  1e-100  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0945314 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5067  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.5 
 
 		 1002 aa  363  8e-99  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2330  putative bacteriophytochrome  38.48 
 
 		 842 aa  359  8e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.766617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2352  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.87 
 
 		 760 aa  358  1.9999999999999998e-97  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2402  ATP-binding region, ATPase-like  41.04 
 
 		 762 aa  356  6.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0299776 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3780  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.86 
 
 		 779 aa  355  1e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.689927  normal  0.970382 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4450  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.23 
 
 		 758 aa  355  2e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0383  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.75 
 
 		 746 aa  348  3e-94  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.269133 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3673  putative PAS/PAC sensor protein  43.22 
 
 		 738 aa  345  2e-93  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.483009  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3424  GAF sensor signal transduction histidine kinase  40 
 
 		 758 aa  343  5.999999999999999e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.25862  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4021  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.47 
 
 		 1013 aa  342  1e-92  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.864375 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0539  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.76 
 
 		 751 aa  340  5e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.802089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3034  putative PAS/PAC sensor protein  38.87 
 
 		 856 aa  340  5e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0858916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2206  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.22 
 
 		 762 aa  339  9.999999999999999e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.15596  normal  0.128973 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3289  putative PAS/PAC sensor protein  39.12 
 
 		 855 aa  338  2.9999999999999997e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363327  normal  0.145052 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3364  response regulator  36.7 
 
 		 847 aa  334  3e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.427552 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2394  putative GAF sensor protein  36.7 
 
 		 847 aa  334  4e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.25898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1956  GAF sensor signal transduction histidine kinase  40.28 
 
 		 748 aa  333  7.000000000000001e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.727974  normal  0.121547 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4724  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.54 
 
 		 774 aa  332  1e-89  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.960478  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2356  phytochrome family protein, putative  39.37 
 
 		 755 aa  332  2e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.634458 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3339  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.17 
 
 		 748 aa  330  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1796  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.46 
 
 		 756 aa  329  9e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.232536 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2586  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  35.61 
 
 		 847 aa  325  2e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251983 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2574  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  36.28 
 
 		 844 aa  323  8e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.969915 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1902  bacteriophytochrome histidine kinase  34.98 
 
 		 745 aa  319  1e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.333534  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3504  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  35.6 
 
 		 745 aa  317  6e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.280312  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1182  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  37.04 
 
 		 846 aa  316  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75997  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0099  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.81 
 
 		 746 aa  314  3.9999999999999997e-84  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4270  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.79 
 
 		 751 aa  313  7.999999999999999e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.235212 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3496  bacteriophytochrome protein  35.77 
 
 		 852 aa  312  1e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.552776  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1284  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.54 
 
 		 791 aa  313  1e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0336702 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1309  putative PAS/PAC sensor protein  34.78 
 
 		 722 aa  310  9e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.543635 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3185  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.02 
 
 		 762 aa  309  1.0000000000000001e-82  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.97115  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4127  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.45 
 
 		 743 aa  308  3e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.313016  normal  0.0728263 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1484  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.35 
 
 		 1002 aa  306  7e-82  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1511  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.35 
 
 		 1002 aa  306  1.0000000000000001e-81  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3985  putative PAS/PAC sensor protein  35.57 
 
 		 732 aa  306  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.525883  normal  0.142655 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4519  putative GAF sensor protein  36.23 
 
 		 755 aa  305  2.0000000000000002e-81  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3740  phytochrome  34.58 
 
 		 732 aa  305  3.0000000000000004e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.103591  decreased coverage  0.000116427 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2162  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  34.78 
 
 		 745 aa  304  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.894867  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7207  putative PAS/PAC sensor protein  33.27 
 
 		 508 aa  303  8.000000000000001e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1419  putative PAS/PAC sensor protein  38.16 
 
 		 770 aa  301  2e-80  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6428  bacteriophytochrome  36.36 
 
 		 723 aa  301  3e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.688062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0975  putative bacteriophytochrome  37.52 
 
 		 728 aa  298  3e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1726  putative PAS/PAC sensor protein  34.8 
 
 		 731 aa  297  5e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3914  Phytochrome central region domain protein  31.76 
 
 		 509 aa  297  6e-79  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.218618 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3458  putative PAS/PAC sensor protein  37.74 
 
 		 760 aa  296  7e-79  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0932578 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2385  phytochrome:GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal:HWE histidine kinase  34.71 
 
 		 1003 aa  293  1e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.460117  normal  0.215255 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10700  putative bacteriophytochrome  36.68 
 
 		 728 aa  291  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1986  putative GAF sensor protein  35.66 
 
 		 798 aa  290  7e-77  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.932658  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2652  bacteriophytochrome, putative  34.46 
 
 		 993 aa  289  2e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.163581  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2377  ATP-binding region, ATPase-like  33.67 
 
 		 759 aa  288  2e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.974028  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3686  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.6 
 
 		 709 aa  287  5.999999999999999e-76  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.206553 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.2 
 
 		 799 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.721204  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0150  phytochrome sensor signal transduction histidine kinase  28.03 
 
 		 752 aa  284  5.000000000000001e-75  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2444  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.16 
 
 		 721 aa  281  3e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0911916  normal  0.976086 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2978  putative GAF sensor protein  37.4 
 
 		 567 aa  280  5e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.186  normal  0.0306937 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13140  bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)  35.66 
 
 		 772 aa  280  6e-74  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9083  bacteriophytochrome protein  35.86 
 
 		 856 aa  280  8e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03310  GAF domain protein  34.88 
 
 		 625 aa  275  2.0000000000000002e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0453757  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.87 
 
 		 757 aa  265  2e-69  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2793  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.7 
 
 		 763 aa  265  3e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.172208  normal  0.714834 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4458  putative GAF sensor protein  30.99 
 
 		 844 aa  262  2e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3820  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.95 
 
 		 755 aa  258  3e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.869603  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0125  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.56 
 
 		 759 aa  258  4e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.812946  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2169  putative GAF sensor protein  32.12 
 
 		 812 aa  254  5.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0312851 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3723  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.36 
 
 		 871 aa  251  3e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.086011 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4562  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.9 
 
 		 874 aa  251  5e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0865092  normal  0.846022 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  33.81 
 
 		 980 aa  248  3e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4449  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.2 
 
 		 875 aa  244  3e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01099  bacteriophytochrome protein  31.8 
 
 		 822 aa  245  3e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.506628  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4111  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  33.61 
 
 		 931 aa  244  3e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4453  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  49.22 
 
 		 376 aa  244  3.9999999999999997e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4081  histidine kinase dimerisation/phosphoacceptor  31.03 
 
 		 895 aa  243  1e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.628066  normal  0.498394 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3141  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.2 
 
 		 762 aa  241  2.9999999999999997e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.583701  normal  0.345899 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4279  diguanylate phosphodiesterase  34.23 
 
 		 936 aa  241  5e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1235  phytochrome-like protein  27.18 
 
 		 506 aa  236  1.0000000000000001e-60  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2405  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  49.57 
 
 		 376 aa  236  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.90978  normal  0.0505439 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2910  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.72 
 
 		 783 aa  232  2e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0200681  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3192  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.67 
 
 		 864 aa  229  1e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0309229 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2235  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  32.57 
 
 		 865 aa  223  8e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3427  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  46.41 
 
 		 378 aa  223  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.117  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00897  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:Histidine kinase A, N-terminal  28.23 
 
 		 884 aa  222  1.9999999999999999e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.717501  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3782  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  49.57 
 
 		 377 aa  218  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  33.4 
 
 		 689 aa  214  3.9999999999999995e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>